Перумов верное слово: Ник Перумов «Верное слово»

Содержание

Читать «Верное слово» — Перумов Ник, Зарубина Дарья — Страница 1

Ник Перумов, Дарья Зарубина

Верное слово

Это слово ищу на земле

Я – невольник раздумья и чести,

Как печальная ищет во мгле

Память сердца пропавших без вести.

Р. Гамзатов «Верное слово» (1965–1966) Перевод Я. Козловского

© Зарубина Д., Перумов Н., 2016

© Оформление. ООО «Издательство «Э», 2016

Пролог

Летели за окнами пустынные поля, заброшенные дикие полустанки, маленькие провинциальные вокзальчики, где по платформе бродили дородные пёстроситцевые бабы с лотками домашнего печева.

Вихрастый парень в голубой соколке выглянул в окно, проводил глазами длинные лабазы станции, захлопал по карманам – не звякнет ли пара медячков.

– Володя, не будет копейки? Пирогов на станции возьму.

– Много ты разъешься на копейку, – усмехнулся его сосед по купе, угрюмый молодой человек, длинный, усатый и тщательно, волосок к волоску – в шестом-то часу утра – причёсанный. Смахнул с пиджака невидимую пылинку. – Только бы выпрашивать. Знаю ведь, что у тебя, Михась, денежки всегда есть. А ведёшь себя… Иногда признаться тошно, что я с тобой. И не скажешь, что ты маг дипломированный, один из лучших на курсе. Ведь мог вверх пойти. Что ты прилип к своему Потёмкину? Третий год в ассистентах. Думаешь, в аспирантуру возьмёт?

– И возьмёт, – насупился Михаил, – как место будет. Сейчас, сам понимаешь…

– Да я-то понимаю, – самодовольно провёл ладонью по усам Владимир. – То-то он тебя, без пяти минут аспиранта, в деревню отправил. Кур гонять.

– Так не меня одного, – огрызнулся Михаил.

Повисло молчание. Поезд шёл всё медленнее и, наконец, с глухим лязгом остановился у вокзала. Апрельское небо, влажное, синее до боли, отражалось в лужах талой воды. Мимо вагона прошёл рабочий, солнечные зайцы бросились из разбуженной лужи в окна купе.

Угрюмый Михаил вышел на платформу, размял в пальцах папиросу, закурил, глядя под ноги. Владимир выбрался следом, постоял рядом, покачиваясь на каблуках, но так и не придумал, как извиниться, и поднялся в тамбур.

– Кури. – Михаил протянул ему папиросу.

Ещё помолчали.

– Думаешь, не возьмёт меня в аспиранты Отец? – проговорил Михаил почти с отчаянием, обводя взглядом пустое здание вокзала. Словно в ответ ему на втором пути резко вскрикнул гудок пригородного поезда.

Оба вздрогнули. Нехороший знак.

– Может, и возьмёт, кто его разберёт. Декан – человек непростой. Нам про фронтовые его подвиги все уши прожужжали, но сдаётся мне, Мишаня, и осьмушки мы не знаем о том, как товарищ Потёмкин на фронте гидру фашистскую бил. Может, не такие, как ты, ему надобны в аспиранты?

– Это какие – такие? – обиделся за себя и научного руководителя Михаил.

– Простой ты, – спокойно рубанул Володя, затянулся и продолжил: – Прямой, как осиновая жердь. А в большой магии нужны другие: наблюдательные, осторожные. Такие, кто знает, где помолиться, а где и так постоять.

– Как ты, например, – уел товарища будущий потёмкинский аспирант.

– Ну, например, – величаво отмахнулся Володя. Видно было, что всё он давно для себя решил и дорогу свою в светлом будущем видел ясно. – Только не въедешь в большую магию с таким, как Отец. Да, силён, да, умён как бес, а выше декана не прыгнул. Моя ставка повернее твоей будет.

Проводница кашлянула в кулак за спиной магов, попросила занять места. Они погасили сигареты: Михаил – в залитой до краёв водой урне, Владимир – бросив в ближайшую лужу. Скорчившийся окурок поплыл в апрельской синеве между облаками.

– Вроде всё так ты говоришь. Твой посильнее Отца будет и, думаю, пострашнее. Одно слово, Кощей. Только вряд ли ты при нём дальше, чем до «кушать подано», дорастёшь, Володька. И без меня знаешь, какая у него свита – старого посола, и неслабого. На нас, магов от сохи, свысока смотрят, через губу разговаривают. Просил ведь ты отмазать тебя от этой деревенской идиллии. И что? Мелкая сошка – чёрная вошка ты для Кощея. Только и всего. Охота ли тебе копаться в чужом грязном исподнем с его соглядатаями? Разве не должны быть у мага чистые руки?

– Вот именно, – огрызнулся Владимир сердито, – должны. За этим Иннокентий Януарьевич и его товарищи и следят. И ты, не знаючи, не наговаривай и моих рук раньше времени не пачкай. Думаю, и у Отца, и у половины института рыльце в пушку. Маги магами, а, как латиняне древние говаривали, эраре хуманум эссе. Нет такого мага, человек ли, кто не споткнулся и в грязь не угодил. Но один очистился, а иному не отмыться никогда. И честнее службы, чем обезвредить тех, кто грязью имя революции и страны советской мажет, нет. Что хочешь мне говори!

Маги обиженно замолчали. Владимир сел к окошку, снова закурил, пуская дым верхом. Михаил вынул карты, разложил на столике, задумался, кусая карандаш.

Когда проводница заглянула в купе и предложила чаю, ей никто не ответил. Девушка постояла немного в дверях и ушла, пожав плечами.

У маленького деревянного вокзала городка Карманова их никто не встретил. Маги постояли на платформе, потом на привокзальной площади у запертого газетного киоска, покрутились, не зная, в какую сторону идти. Вправо и влево картина открывалась одна и та же: заросшие сиренями палисады, невысокие домики в один или два этажа, куры да собаки той особенной общероссийской породы, какая скоро выводится в небольших городках, где псов редко сажают на цепь, предоставляя полную свободу.

Раз или два кто-то забрехал на них из-под калитки. Курица кинула грязный ком на блестящие сапоги Володи, и он обругал её вполголоса, вызвав ещё один заливистый приступ лая из ближнего палисада.

Наконец маги отыскали на дальней улице бредущего с ночной смены старика, который указал им, где искать контору.

Председатель горисполкома сердито швырял сапогом комья грязи, перепачканный шофёр копался в заглохшем «уазике», непрерывно бранясь сердитым шёпотом. Маги представились, подписали документы. Оставили чемоданчики в исполкоме и, не желая задерживаться в захудалом Карманове и с явным намерением уехать вечерним поездом, отправились на место.

Стоит ли говорить, что к вечеру они не вернулись.

Председатель с дюжиной добровольцев с неделю или около того разыскивал чужаков в ближайших лесах, но не преуспел. Телеграммы в столицу давать не стал, а звонить побоялся – прибрал чемоданчики пропавших магов и самолично отвёз в Москву, в институт, из которого те прибыли.

Отцова забота

– Что, взяли?.. Взяли, да?.. Пять девчат, пять девочек было всего, всего пятеро!.. А не прошли вы, никуда не прошли и сдохнете здесь, все сдохнете!..

Борис Васильев. «А зори здесь тихие…»

– Угарова! Матюшин! Машка, Игорь, оглохли, что ли?

Машка обернулась первой. Она всегда реагировала на долю секунды раньше Игоря. И раньше, в детстве, когда умудрялась осалить его, едва игра начнётся, после чего Игорю приходилось гоняться за ней по двору, пока Машке самой не надоест бегать. И потом, на фронте, когда фриц уже выцеливал его из засады, но Машка успела выстрелить раньше. За тот фронтовой должок Игорь так и не рассчитался, – их развела война, его на Первый Украинский, её на Первый Белорусский – зато понакопил новых за время учёбы. То там Рыжая вытянет, то тут подскажет. Вот и сейчас оказалась быстрее – перехватила бегущего Фимку, выросла перед ним, не дав налететь на Игоря.

– Ефим, ты чего кричишь?

– Чего, чего! Декан срочно вызывает, вас обоих. Виктор Арнольдович сказал, немедля, мол, из-под земли, Ефим…

– Иди в баню, Фим, – оборвал Игорь, – честное слово, не до шуток. Ты-то уже отмучился. А нам ещё до распределения…

– Два пучка нервов и один холодный труп, если будешь куражиться, – саркастически подхватила Угарова. – Так что… ха-ха отменяется. В очереди стоим. Талоны на светлое завтра получать.

Дарья Зарубина — Верное слово читать онлайн бесплатно

Ник Перумов, Дарья Зарубина

Верное слово

Это слово ищу на земле

Я – невольник раздумья и чести,

Как печальная ищет во мгле

Память сердца пропавших без вести.

Р. Гамзатов «Верное слово» (1965–1966) Перевод Я. Козловского

© Зарубина Д., Перумов Н., 2016

© Оформление. ООО «Издательство «Э», 2016

Летели за окнами пустынные поля, заброшенные дикие полустанки, маленькие провинциальные вокзальчики, где по платформе бродили дородные пёстроситцевые бабы с лотками домашнего печева.

Вихрастый парень в голубой соколке выглянул в окно, проводил глазами длинные лабазы станции, захлопал по карманам – не звякнет ли пара медячков.

– Володя, не будет копейки? Пирогов на станции возьму.

– Много ты разъешься на копейку, – усмехнулся его сосед по купе, угрюмый молодой человек, длинный, усатый и тщательно, волосок к волоску – в шестом-то часу утра – причёсанный. Смахнул с пиджака невидимую пылинку. – Только бы выпрашивать. Знаю ведь, что у тебя, Михась, денежки всегда есть. А ведёшь себя… Иногда признаться тошно, что я с тобой. И не скажешь, что ты маг дипломированный, один из лучших на курсе. Ведь мог вверх пойти. Что ты прилип к своему Потёмкину? Третий год в ассистентах. Думаешь, в аспирантуру возьмёт?

– И возьмёт, – насупился Михаил, – как место будет. Сейчас, сам понимаешь…

– Да я-то понимаю, – самодовольно провёл ладонью по усам Владимир. – То-то он тебя, без пяти минут аспиранта, в деревню отправил. Кур гонять.

– Так не меня одного, – огрызнулся Михаил.

Повисло молчание. Поезд шёл всё медленнее и, наконец, с глухим лязгом остановился у вокзала. Апрельское небо, влажное, синее до боли, отражалось в лужах талой воды. Мимо вагона прошёл рабочий, солнечные зайцы бросились из разбуженной лужи в окна купе.

Угрюмый Михаил вышел на платформу, размял в пальцах папиросу, закурил, глядя под ноги. Владимир выбрался следом, постоял рядом, покачиваясь на каблуках, но так и не придумал, как извиниться, и поднялся в тамбур.

– Кури. – Михаил протянул ему папиросу.

Ещё помолчали.

– Думаешь, не возьмёт меня в аспиранты Отец? – проговорил Михаил почти с отчаянием, обводя взглядом пустое здание вокзала. Словно в ответ ему на втором пути резко вскрикнул гудок пригородного поезда.

Оба вздрогнули. Нехороший знак.

– Может, и возьмёт, кто его разберёт. Декан – человек непростой. Нам про фронтовые его подвиги все уши прожужжали, но сдаётся мне, Мишаня, и осьмушки мы не знаем о том, как товарищ Потёмкин на фронте гидру фашистскую бил. Может, не такие, как ты, ему надобны в аспиранты?

– Это какие – такие? – обиделся за себя и научного руководителя Михаил.

– Простой ты, – спокойно рубанул Володя, затянулся и продолжил: – Прямой, как осиновая жердь. А в большой магии нужны другие: наблюдательные, осторожные. Такие, кто знает, где помолиться, а где и так постоять.

– Как ты, например, – уел товарища будущий потёмкинский аспирант.

– Ну, например, – величаво отмахнулся Володя. Видно было, что всё он давно для себя решил и дорогу свою в светлом будущем видел ясно. – Только не въедешь в большую магию с таким, как Отец. Да, силён, да, умён как бес, а выше декана не прыгнул. Моя ставка повернее твоей будет.

Проводница кашлянула в кулак за спиной магов, попросила занять места. Они погасили сигареты: Михаил – в залитой до краёв водой урне, Владимир – бросив в ближайшую лужу. Скорчившийся окурок поплыл в апрельской синеве между облаками.

– Вроде всё так ты говоришь. Твой посильнее Отца будет и, думаю, пострашнее. Одно слово, Кощей. Только вряд ли ты при нём дальше, чем до «кушать подано», дорастёшь, Володька. И без меня знаешь, какая у него свита – старого посола, и неслабого. На нас, магов от сохи, свысока смотрят, через губу разговаривают. Просил ведь ты отмазать тебя от этой деревенской идиллии. И что? Мелкая сошка – чёрная вошка ты для Кощея. Только и всего. Охота ли тебе копаться в чужом грязном исподнем с его соглядатаями? Разве не должны быть у мага чистые руки?

– Вот именно, – огрызнулся Владимир сердито, – должны. За этим Иннокентий Януарьевич и его товарищи и следят. И ты, не знаючи, не наговаривай и моих рук раньше времени не пачкай. Думаю, и у Отца, и у половины института рыльце в пушку. Маги магами, а, как латиняне древние говаривали, эраре хуманум эссе. Нет такого мага, человек ли, кто не споткнулся и в грязь не угодил. Но один очистился, а иному не отмыться никогда. И честнее службы, чем обезвредить тех, кто грязью имя революции и страны советской мажет, нет. Что хочешь мне говори!

Маги обиженно замолчали. Владимир сел к окошку, снова закурил, пуская дым верхом. Михаил вынул карты, разложил на столике, задумался, кусая карандаш.

Когда проводница заглянула в купе и предложила чаю, ей никто не ответил. Девушка постояла немного в дверях и ушла, пожав плечами.

У маленького деревянного вокзала городка Карманова их никто не встретил. Маги постояли на платформе, потом на привокзальной площади у запертого газетного киоска, покрутились, не зная, в какую сторону идти. Вправо и влево картина открывалась одна и та же: заросшие сиренями палисады, невысокие домики в один или два этажа, куры да собаки той особенной общероссийской породы, какая скоро выводится в небольших городках, где псов редко сажают на цепь, предоставляя полную свободу.

Раз или два кто-то забрехал на них из-под калитки. Курица кинула грязный ком на блестящие сапоги Володи, и он обругал её вполголоса, вызвав ещё один заливистый приступ лая из ближнего палисада.

Наконец маги отыскали на дальней улице бредущего с ночной смены старика, который указал им, где искать контору.

Председатель горисполкома сердито швырял сапогом комья грязи, перепачканный шофёр копался в заглохшем «уазике», непрерывно бранясь сердитым шёпотом. Маги представились, подписали документы. Оставили чемоданчики в исполкоме и, не желая задерживаться в захудалом Карманове и с явным намерением уехать вечерним поездом, отправились на место.

Стоит ли говорить, что к вечеру они не вернулись.

Председатель с дюжиной добровольцев с неделю или около того разыскивал чужаков в ближайших лесах, но не преуспел. Телеграммы в столицу давать не стал, а звонить побоялся – прибрал чемоданчики пропавших магов и самолично отвёз в Москву, в институт, из которого те прибыли.

Отцова забота

– Что, взяли?.. Взяли, да?.. Пять девчат, пять девочек было всего, всего пятеро!.. А не прошли вы, никуда не прошли и сдохнете здесь, все сдохнете!..

Борис Васильев. «А зори здесь тихие…»

– Угарова! Матюшин! Машка, Игорь, оглохли, что ли?

Читать дальше

Верное слово by Nick Perumov

Nick Perumov (Russian: Ник Перумов ) is the pen name of Nikolay Daniilovich Perumov (Russian: Николай Даниилович Перумов; born 21 November 1963), a Russian fantasy and science fiction writer.
Perumov was born November 21, 1963 in Leningrad, USSR. He began writing short stories since he was a teenager, and after reading The Lord of the Rings in the early 1980s, he became a fantasy fan. After studying at the Leningrad Polytechnical Institute, Perumov worked at a research institute, and later as a translator.

In 1985-1991 he his debut ‘Кольцо Тьмы ‘ (The Ring of Darkness), a fantasy triology, which consisted of two novels: Эльфийский Клинок (Elven Blade),Черное Копье (Black Lance)and Адамант Хенны. The events of the book took place in J. R. R. Tolkien’s Middle-earth, 300 years after the War of the Ring. Perumov initially regarded his novel as just a fan fiction written for friends, until one of his colleagues offered to publish it. In 1993 the duology, re-edited and renamed ‘Кольцо Тьмы’ (The Ring of Darkness) was published in Severo-Zapad publishing, which paid Perumov just $300. The Ring of Darkness has sold at least 100,000 copies, and ranked high in popularity among Russian fantasy readers. At the same time it also provoked a controversy in Tolkien fandom. Some Tolkien fans considered that no one has the right to write sequels to The Lord of the Rings and to change Middle-earth’s history. Other critics argue that Perumov eroded the edge between Good and Evil by giving Uruk-hai humanlike behaviour.

After the success of his debut, Perumov decided to start a career of professional writer. He wrote the novel ‘Гибель Богов’ (Godsdoom), the first to be set in Упорядоченное (The Consistent), his universe of multiple connected worlds. The Consistent became the main locale of his following books, including the most known, 8-volume series Хранитель Мечей (The Keeper of Swords).

Perumov’s books published in overall number of more than 4 millions of copies and translated to many languages, Northern and Eastern European mostly. One of his books, Godsdoom has also been translated to English. At Eurocon 2004 he was awarded as the best fiction writer of Europe.

Perumov now lives in the United States of America, where he works at a research center as a microbiologist. He claims writing is his ‘hobby’, while science is his work.

From Wikipedia, the free encyclopedia

%d0%b2%d0%b5%d1%80%d0%bd%d0%be%d0%b5%20%d1%81%d0%bb%d0%be%d0%b2%d0%be — с русского на все языки

Все языкиРусскийАнглийскийИспанский────────Айнский языкАканАлбанскийАлтайскийАрабскийАрагонскийАрмянскийАрумынскийАстурийскийАфрикаансБагобоБаскскийБашкирскийБелорусскийБолгарскийБурятскийВаллийскийВарайскийВенгерскийВепсскийВерхнелужицкийВьетнамскийГаитянскийГреческийГрузинскийГуараниГэльскийДатскийДолганскийДревнерусский языкИвритИдишИнгушскийИндонезийскийИнупиакИрландскийИсландскийИтальянскийЙорубаКазахскийКарачаевскийКаталанскийКвеньяКечуаКиргизскийКитайскийКлингонскийКомиКомиКорейскийКриКрымскотатарскийКумыкскийКурдскийКхмерскийЛатинскийЛатышскийЛингалаЛитовскийЛюксембургскийМайяМакедонскийМалайскийМаньчжурскийМаориМарийскийМикенскийМокшанскийМонгольскийНауатльНемецкийНидерландскийНогайскийНорвежскийОрокскийОсетинскийОсманскийПалиПапьяментоПенджабскийПерсидскийПольскийПортугальскийРумынский, МолдавскийСанскритСеверносаамскийСербскийСефардскийСилезскийСловацкийСловенскийСуахилиТагальскийТаджикскийТайскийТатарскийТвиТибетскийТофаларскийТувинскийТурецкийТуркменскийУдмуртскийУзбекскийУйгурскийУкраинскийУрдуУрумскийФарерскийФинскийФранцузскийХиндиХорватскийЦерковнославянский (Старославянский)ЧеркесскийЧерокиЧеченскийЧешскийЧувашскийШайенскогоШведскийШорскийШумерскийЭвенкийскийЭльзасскийЭрзянскийЭсперантоЭстонскийЮпийскийЯкутскийЯпонский

 

Все языкиРусскийАнглийскийИспанский────────АлтайскийАрабскийАрмянскийБаскскийБашкирскийБелорусскийВенгерскийВепсскийВодскийГреческийДатскийИвритИдишИжорскийИнгушскийИндонезийскийИсландскийИтальянскийКазахскийКарачаевскийКитайскийКорейскийКрымскотатарскийКумыкскийЛатинскийЛатышскийЛитовскийМарийскийМокшанскийМонгольскийНемецкийНидерландскийНорвежскийОсетинскийПерсидскийПольскийПортугальскийСловацкийСловенскийСуахилиТаджикскийТайскийТатарскийТурецкийТуркменскийУдмуртскийУзбекскийУйгурскийУкраинскийУрумскийФинскийФранцузскийЦерковнославянский (Старославянский)ЧеченскийЧешскийЧувашскийШведскийШорскийЭвенкийскийЭрзянскийЭсперантоЭстонскийЯкутскийЯпонский

Верное слово — Ник Перумов » Страница 74 » Аудиокниги — Онлайн библиотека

Сима едва ли разобралась бы сейчас в чувствах, что ею владели. Единственное, чего она не испытывала, это страха. Что могла сделать ей Саша? Снова превратить в полусумасшедшего демона? Так это уже было. Что значит несколько минут безумия и боли, если в памяти не изгладились и не изгладятся никогда одиннадцать кармановских лет? Тогда Сима знала, что никто не придёт на помощь. Не поможет даже умереть. Сейчас всё было иначе. Она доверяла девчатам и Игорю, по-своему доверяла даже Решетникову – уж профессор не допустит, чтобы под Кармановом снова поселился демон.

Утро было сырое, в лесу остро пахло прелью и грибами. Листья плотно слиплись и вместо шороха издавали под резиновым сапогом какой-то слезливый тихий вздох.

Матюшин и Решетников с группой добровольцев ушли на холм ещё засветло. Просидев за бумагами до утра, Маша и профессор решили, что достаточно будет трёх контуров магических шашек, но, чтобы раньше времени не активизировать Сашу, устанавливать их поручили не магам, а добровольцам из числа поисковиков, что ходили в лес вместе с Леной и Ниной. Хотя Солунь была уверена, что катализатором появления Саши является не только близость человека, но и гул проходящего через городок поезда, Игорь и Александр Евгеньевич, на всякий случай, держали наготове пассивизирующие формулы. Чтобы отпугнуть мшаника, сперва решено было использовать детский плач, но спустя четверть часа кармановцы попросили пощады – ревущих мальцов у каждого хватало и дома. Против Моцарта они не возражали.

Женщины дождались утра на квартире председателя.

– Доброго утра! – бодро бросила Сима, входя на кухню. Маша и Лена молча сидели над остывшими чашками – видно, решали, кому будить старосту, и очень удивились, увидев, как Сима входит не со стороны комнаты, а с улицы, отряхивая плащ, покрытый редкими каплями.

– Что сидим?

– Поезда ждём, – не задумываясь, привычно ответила Маша на знакомую студенческую шутку.

– И правда, поезда, – усмехнулась Сима. – Значит, ещё два с половиной часа. А я встала пораньше, решила пройтись. Люблю осень.

Девчата кивнули, то ли признаваясь в любви к осени, то ли из готовности соглашаться с Симой во всём, лишь бы ей было спокойнее. Посидели, выпили чаю, говоря о знакомом и нестрашном. Незаметно разговор перешёл на Учителя, и Серафима с досадой вспомнила, что не взяла с собой ни одной его фотографии – не хотела тревожить сердце. В Карманове и так всё напоминало о Викторе. Оказалось, что фото Отца есть у Матюшиных. Выпускная фотография курса. Они вспомнили студенческие годы, снова вскипятили чайник, разлив по полчашки – по целой выпить не оставалось времени.

Потом Лена и Сима оделись и вышли. Маша провожала их, то и дело бросаясь поправить одной из подруг платок, смахнуть невидимую соринку с плаща, спрятать под косынку выбившуюся прядь. Стояла на крыльце, пока они не скрылись из виду.

Серафима думала, что хорошо запомнила, как идти к Сашиному холму, но этим поздним утром лес показался ей таким чужим, что она испугалась: ну как не припомнит дорогу? Но в отдалении слышался Моцарт, глухой и хрипловатый в записи. Маги двинулись на полные легковесной жизнерадостности звуки и уже успели заметить между деревьями Игоря и Решетникова, наблюдающих издалека за работой добровольцев, когда музыка утихла. Мужчины обернулись, услышав шаги. Матюшин помахал приветственно, и тут из динамика вкрадчиво зазвучала новая мелодия. Профессор тотчас крикнул, чтобы переменили запись, но Сима уже услышала знакомые ноты.

– Реквием? – узнала и Лена.

– Елена Васильевна, – махнул сердито Решетников, – ну что вы, право слово. Мы же с вами учёные. Отчего все эти суеверия…

– Да я разве… – виновато попыталась оправдаться Лена. Сима прошла мимо неё, остановилась, вслушиваясь в далёкие звуки приближающегося поезда.

– Отзывайте людей, Александр Евгеньевич, начинаем через двенадцать минут, – не попросила – приказала она, и профессор тотчас крикнул добровольцам, давно закончившим закладку снарядов, чтобы возвращались в город. Они опасливо оглядывались.

– Если мшаника боитесь, забирайте магнитофон, – махнул председатель, и мужики под прикрытием спасительной музыки поспешно скрылись в лесу, по дороге ловко сматывая провода и лишь раз или два оглянувшись на магов.

Сима шла по жёлтой траве, потемневшей от влаги. Большие резиновые сапоги хлопали на ходу, и она сняла их, пошла по полю в чулках, чувствуя, как промокают подошвы. Земля дышала холодом подступающей осени. Бабье лето мелькнуло и скрылось, докрасна накалив яблоки в садах. Симе захотелось яблок, сварить варенье с яблочными дольками и рябиной, есть его, запивая чаем с мятой. Это ощущение определялось просто и честно – ей не хотелось умирать.

Впервые со смерти Вити Серафима почувствовала себя живой. Вложив всю силу этой жажды существовать в простенькое заклинание концентрации, она переплела пальцы, втягивая руки перед собой.

Жест. Слово. Символ. Аттрактор.

Буровато-жёлтый цвет пожухшей травы налился лимонно-зелёным, хвоя обступавших поляну сосен заблестела бутылочным стеклом. Фигуры магов на краю поляны превратились в синие силуэты: Игорь, как самый слабый, мерцал ультрамарином, васильковая Лена о чём-то разговаривала с почти антрацитовым Решетниковым, и Сима подумала, что профессор явно скромничал, говоря о своих двадцати по Риману.

Цвета сгустились, одновременно расплываясь пёстрым ковром, на котором широкими мазками и полосами виднелись поверхностные токи силы. Алый, испещрённый перекрученными лиловыми струйками, как мышца, оплетённая сосудами, тянулся след движения самой Серафимы. К нему уже слетелись белыми мухами мелкие лесные духи, закопошились, собирая крохи волшебства. Но тотчас бросились в стороны, когда вдали коротко вскрикнул поезд.

Сима сплела руки, заставляя токи магии обвиться вокруг пальцев. Зов вышел неожиданно сильным. Снизу, из глубины, оттуда, где чувствовалось гнилостное шевеление болота, поднималось навстречу зовущему магу нечто, всего пятнадцать лет назад бывшее Сашей. Неуклюжей, некрасивой, безнадёжно влюблённой в своего учителя боевой магии.

Теперь оно обрело силу, о которой девчонка с первой парты могла только мечтать. Обрело силу и потеряло всё – имя, тело, разум. Остался лишь едва уловимый в толще магических токов пульс последнего стремления.

– Вернись, – прошептала Сима, сосредотачиваясь на мерцающем пятнышке приближающейся сущности.

– Пора! – крикнул с края поляны профессор. Хотя сущность шла на призывающего мага, не делая ни малейшей попытки изменить траекторию, Решетников всё же огородил себя и остальных крепким охранным заклятьем, которое держал в одиночку, позволяя коллегам сэкономить силы на случай, если Серафима не справится.

«Пора», – повторила про себя староста. Поезд – шумный грохочущий товарняк – вышел на прямую, параллельно с болотом. Напротив Сашиной могилы его ждал неприятный поворот, перед которым стоило сбросить скорость, но на прямом отрезке пути состав шёл звонко и легко. Эхо разносило по лесу ровный пульс колёс.

Книги (страница оформляется) — Ник Перумов

Кольцо Тьмы
Эльфийский клинок
Черное копье
Адамант Хенны (1995г)
Переработанный Адамант был поделен на две новые книги:
Небо Валинора. Адамант Хенны (2018г)
Небо Валинора. Кровь Арды (в работе)

Хроники Хьёрварда
Гибель Богов
Воин Великой Тьмы
Земля без радости
Тысяча лет Хрофта. Боргильдова битва
Тысяча лет Хрофта. Молодой Маг Хедин
Раб Неназываемого (в процессе написания)

Летописи Разлома
Хранитель Мечей
Алмазный меч. Деревянный Меч
Рождение Мага.
Странствия Мага. в 2х томах
Одиночество Мага. в 2х томах
Война Мага. в 5ти томах
Зачарованный Лес
Дочь Некроманта. Вернуть Посох
Эльфийская стража (Лемех и Борозда)
Когда мир изменился
Когда мир изменился (новая книга о Фессе)

Гибель Богов-2
Память Пламени.
Удерживая небо.
Пепел Асгарда
Асгард Возрожденный
Хедин, враг мой в 2х томах
Прошедшая Вечность
Орёл и Дракон
Душа бога
Душа бога — 2 (в работе)

Сказки Упорядоченного
Охотники.  в 2х томах
Крыши Академии (повести приквел к Охотникам)
Война Ангелов.  в 2х томах
Восстание безумных богов: Северная ведьма
Магия крови (в работе)
Мои путешествия с Кларой Хюммель (повесть)

Молли Блэкуотер
Молли из Норд-Йорка. Повесть
Книга 1. За краем мира
Книга 2. Сталь, пар и магия
Книга 3. Остров крови
Ведуньин Двор (повесть-приквел к циклу)
Книга 4. Маги и мониторы (планируемое продолжение)

Империя превыше всего
Череп на рукаве.
Череп в небесах.

Семь Зверей Райлега
Тёрн.
Алиедора.
Имя Зверя.  в 2х томах

Техномагия
Разрешенное волшебство.
Враг неведом.
Зона магов (не окончена)

Я-Всеслав
Я-Всеслав.

Александровскiе кадеты.
Александровскiе кадеты. в 2х томах

Рассказы в сборниках:
Испытано на себе — антология «Никого над нами».
Волчье поле в соавторстве с Верой Камшей — антология «Наше дело правое».
Воевода и Ночь — антология «Герои на все времена».
Сентябрьское пламя — антология «Исправленному верить».
Отцова забота в соавторстве с Дарьей Зарубиной — антология «Дети Хедина» — составлен полностью командой авторов объединенных Ником Перумовым.
Неправильное лето — антология «Некроманты» составлен полностью командой авторов объединенных Ником Перумовым.
Течь тебе кровью — антология «У Обелиска» составлен полностью командой авторов объединенных Ником Перумовым, и посвящен 70летию Победы в Великой Отечественной Войне..
Патриаршие пруды — аудиорассказ из сборника «Москва 2050»
След змея — аудио-интерактивный рассказ для mmorpg Lost Ark,

Книги написанные в соавторстве:
Черная кровь. со Святославом Логиновым
(продолжение Черной Крови — Черный смерч. Ник Перумов не участвовал в её написании.
Армагеддон.   в 2х томах, с Аленом Коулом.
Похитители душ. с Полиной Каминской. — первые два тома в соавторстве, а третий том Каминская дописывала самостоятельно.
Не время для драконов. с Сергеем Лукьяненко.
Не место для людей. с Сергеем Лукьяненко.
Млава Красная. с Верой Камшой.
Верное слово с Дарьей Зарубиной

Книги написанные под псевдонимом:
Конан и карусель богов. 3 романа в одной книге

Интервью читателей mirf.ru с Ником Перумовым | Фантасты

20 ноября на нашем сайте состоялось онлайн-интервью с известнейшим русскоязычным фантастом Ником Перумовым. Читатели могли задавать вопросы в комментариях и тут же получить ответ. За два часа Ник ответил на сотню с лишним вопросов — но эта была лишь часть. Недавно писатель вернулся из поездки и смог ответить на оставшиеся вопросы читателей. Мы публикуем все вопросы ответы в одном материале.

Смотрите также

Опубликовано: 21.03.2010

Он отважился продолжить «Властелина Колец». Он стал автором самого масштабного фэнтезийного цикла в российской фантастике. Выход каждой его книги становится событием, а его творчество вызывает самую разнообразную гамму чувств.

нет комментариев

Опубликовано: 20.11.2015

Известнейший фантаст отвечает на ваши вопросы в комментариях.

нет комментариев

Когда же нам ждать:

Продолжения о Фессе
Про самого же Фесса («проснувшегося» :)) я пишу повесть «Когда мир изменился».

«Раб Неназываемого», «Белую кровь рассвета» и подобные долги?
Это зависит прежде всего от пожеланий издательства. Книгоиздание висит на волоске, и, если не «переквалифицироваться в управдомы», будет плохо 🙂 «Раба» я хотел выпускать сразу после «Хедина, врага моего», но тут властно вмешалась совсем иная история — Молли — и я написал в очень короткий срок эту книгу. Тем не менее два эти оставшихся долга продолжают оставаться у меня в ближайших планах, особенно «Раб», где имеется очень солидный задел. Тем не менее, он, боюсь, интересен только самым-самым преданным читателям… А что же «Белая кровь рассвета» и о ней я буду говорить, когда закончу Раба 🙂

Продолжение дилогии «Империя превыше всего»?
Третья и четвертая книга у меня придуманы, но в первую очередь нужно закончить эпопею Гибель богов-2. Она сейчас более спешный и насущный проект. Всё остальное уже после.

Продолжение «Млавы красной», «Чёрную метель»?
Я уже вернулся — Вера Викторовна подключится, как только окончательно будет довольна «Рассветом». А пока что в Анассеополе у нас гремит нежданная зимняя гроза, Николай Леопольдович Тауберт допоздна сидит в кабинете, несмотря на протесты супруги, а стрелки Сажнева готовятся к решающему штурму Анксальта…

Похоронены ли окончательно «Случай под Кубинкой», «Кормовые -пли!» и «41»?
Если б у меня было шесть рук и шесть голов 🙂
«Кормовые» похоронены. То, что я собирался сделать, прекрасно получилось у Глеба Дойникова в его «Варяге».
«Случай под Кубинкой» и «41» не похоронены. Но это очень сложная для меня духовная работа. Не писательская, а именно духовная. Для романа «41» требуется очень много передумать и прочувствовать самому. Чтобы не было профанации.

Планируете ли вы продолжение «Армагеддона» или «Похитителей Душ»?
Армаггедон — точно нет. «Похитителей» я, как бы парадоксально это ни звучало, потихоньку использую то тут, то там — темы, идеи и т.д. Многие приемы. «Похитители» вообще одна из моих недооцененных книг. Но писать прямое продолжение, — нет, в планах нет.

Какова судьба у «Адаманта Хенны» и «Неба Валинора»?
Адамант и Небо пишу, но, поскольку конец там тот же самый, перспектив издания маловато.

«Восстание Безумных Богов» — надеяться ли нам дождаться издания?
У меня был такой план. Но вспомните, «Сильмариллион» Толкина увидел свет лишь после его смерти, а двадцать лет поклонники только и довольствовались, что аппендиксами да намеками 🙂 Но ВББ, как и Охотники — это вбоквеллы, которые я хочу написать.

Будут ли ещё выходить книги серии «Миры Ника Перумова»?
Судьба всего этого не определена 🙁 Увы, пока порадовать нечем.

Что за книга намечается с Дарьей Зарубиной «Верное слово»?
Переиздание всего опубликованного об этом мире («Отцова забота» + если не ошибаюсь, мой рассказ «Течь тебе кровью») + новая повесть «Верное слово».

Как вы относитесь…

к жанру славянское фэнтези? К примеру, «Трое из леса» и «Волкодав».
Волкодав очень люблю. Прекрасная книга, одна из немногих настольных. Трое из леса же, напротив, не пошло от слова «совсем». К славянскому фэнтези отношусь хорошо, считаю, что его должно быть больше. Вот, чуть прикоснулся к нему в «Молли Блэкуотер» 🙂

к фильму «Трудно быть богом» А. Германа?
Я не осознал всей глубины этого фильма и не досмотрел.

к сериалам «Игра Престолов» и «Тайный Город»?
Не смотрел. 🙂 «Игру Престолов» я бросил читать на начале третьей книги, «Тайный Город» у нас не показывали, а пиратки я не смотрю принципиально. 🙂

Советы молодым писателям

Ник, что вы можете посоветовать начинающему писателю?
Глобальный вопрос. 🙂
Рекомендация нумеро уно: имейте надёжную работу, оставляющую вам силы и время на творчество.
Рекомендация нумеро дуо: обязательно заканчивайте начатое! Даже если разонравилось, «не торкает», приучайте себя доводить историю до конца.
Рекомендация нумеро трес: пишите каждый день. «Пишите страницу. Не можете — пишите абзац. Не можете абзац — фразу. Или слово. Или букву! 🙂 Но обязательно пишите!»

В какое издательство лучше обратиться молодому автору со своей фантастической книгой, если деньги его особо не интересуют, но хочется получить нормальное сотрудничество?
Молодому автору — однозначно идти в «Армаду», она же «Альфа-книга». Они издают множество дебютных книг и этим отличаются от других.

Об экранизациях

Экранизации ваших книг в виде фильмов, мультфильмов, аниме или сериалах будет ли?! Если да, то каких книг?
Одна небольшая студия взялась за аниме «Рождение мага», по собственной инициативе. Но больше ничего нет и быть не может. Да и я сам от этих ребят давно ничего не слышал.

Какое из ваших произведений достойно экранизации в первую очередь и почему? Ожидать ли в обозримом будущем какие-либо новости в этом плане?
Достойны экранизации, на мой взгляд, «Алмазный Меч, Деревянный Меч» или «Алиедора». Возможно, «Череп». Могла бы очень неплохо получиться ещё неопубликованная «Молли Блэкуотер». Достаточно компактные, законченные истории.
Но разумеется, никаких экранизаций никогда не будет. Вот кто пилит бабло, так это киношники, выбивая деньги из госбюджета. Писателям никакой господдержки не полагается, даже пиратские сайты закрывают с такой осторожностью, как яйца несут. 🙂

А еще бы хотелось увидеть какую-нибудь качественную игру по Упорядоченному. Ведь какая стратегия или rpg мола бы выйти.:)
К сожалению, после не шибко удачного опыта с АМДМ и НВДД предложений больше не было 🙂

О судьбах произведений

Какова судьба конкурса работ на сборник «Когда Мир Изменился» ?
Мы закончили предварительный отбор рассказов. Отобрали те, что прошли и те, что «прошли условно», которые надо дорабатывать, но где есть, как я это называю, «искра благородного безумия». Теперь в зависимости от того, как пойдет работа, будем смотреть — объявлять ли второй тур, если издательство, к примеру, отвергнет что-то из того, что мы предложим.

«Семь зверей Райлега». После прочтения последних двух книг из серии сложись впечатление, что они писались как-то впопыхах. Так ли это? И, если так, то почему? Первые две книги очень понравились.
Потому что из пятикнижия пришлось делать трилогию. 7ЗР, как говорится, «не пошли», и издательство попросило меня свернуть лавочку. Отсюда многие, увы, странные моменты в последнем томе. 🙁 Почему книги не пошли — судить, наверное, не мне. «Писать надо лучше» 🙂
Трудно сказать, как эту серию надо было продвигать, тем не менее, она распродалась наконец. Правда, издательство не горит желанием переиздавать 7ЗР 🙂 А мне жаль эти книги, потому что Некрополис мой любимый пришлось урезать втрое 🙂

Известность к вам пришла после трилогии «Кольцо тьмы». Сейчас, спустя столько лет и книг, как вы относитесь к своему дебюту, изменилось ли отношение с возрастом и опытом? И решились бы вы сейчас на такую авантюру?
Сейчас, почти четверть века спустя, я бы, конечно, написал КТ иначе. Стилистически, не сюжетно. Сейчас я вижу в ней ошибки, огрехи, заблуждения. По-хорошему её стоило бы переписать — но она уже своеобразный «памятник эпохе». Мне было донельзя интересно её писать, это было прекрасное время. Сейчас я бы, конечно, сделал то же самое. Другое дело, что вышло бы оно по-иному 🙂

Ник, а что с перспективой дальнейшего использования краудфандинга? У вас есть удачный опыт, но видится, что это была разовая попытка. А еще меня, как фаната вашего творчества со стажем, напрягает упоминание темы денег из ваших «уст», Ник Перумов, и бьется за деньги, а не справедливость?! Не может быть!!!
С общественным финансированием на данный момент я закончил. Опыт был неудачен. Требуются новые подходы. Мы, что называется, над ними работаем.
Что же касается денег, то, простите, писательство — это моя профессия. 🙂 Мне же предлагается работать забесплатно, что тоже вполне возможно, если бы у меня была какая-то другая необременительная работа, оставляющая много свободного времени.

Как изменились Вы и Ваше восприятие мира в процессе написания Летописи Разлома? Ведь между первой и последней книгой в истории Фесса прошло 8 лет. Получилась ли у Вас именно та история, которую хотелось рассказать или она менялась с течением времени?
Разумеется, изменилось всё. История, мир, я сам. Сперва я хотел просто написать АМДМ, где Фесс был второстепенным персонажем, а главным героем должен был стать Император. Потом думал обойтись краткой трилогий Рождение Мага — Странствие Мага — Война Мага. Но не получилось, именно потому, что история властно сама рассказывала себя. Поэтому тут как хлопок одной ладонью или игра на железной флейте без отверстий. История всегда «та» и всегда «не та». Она плавно меняется и «различие, не порождающее различий, не есть различие».

В книгах «Воин Великой Тьмы» и «Земля без радости» были прямые отсылки к книге «1000ЛХ». И насколько можно понять, в там описываются события, не вошедшие в итоговый вариант «1000ЛХ». Тогда какие истории, не вошедшие в «1000ЛХ», вы имели ввиду, но все же не рассказали ?
Вы совершенно правы, опубликован уже совершенно иной, глубоко переработанный вариант 1000ЛХ. Первая была, как я теперь понимаю, неким аналогом Сильмариллиона, то есть сборников рассказов, историй и баек, лишь внешне и зачастую весьма формально связанных с историей Хрофта.

О героях и времени

Сколько примерно тысяч лет длилась эпоха Молодых Богов, и сколько тысяч лет правили Хедин и Ракот?!
Невозможно ответить. 🙂 Я никогда — и совершенно сознательно — не составлял хронологии. Прежде всего из-за вывертов времени в Упорядоченном. Одно скажу точно — Молодые Боги правили дольше.

Давно хотелось спросить: в какое время в Хъёрвард выпал Фолко и его друзья???
Мы знаем, что Старый Хрофт посещал молодой мир Арды уже после Боргильдовой Битвы. Следовательно, Фолко и Ко могли попасть в Хъёрвард уже во времена правления Молодых Богов.

Когда происходит действие «Кольца тьмы» хронологически относительно таких событий, как Боргильдова битва и т. д. А также в какую примерно эпоху происходит действие «Эльфийской стражи»: по отношению, например, к Фессу это прошлое или будущее?
В моей саге я сознательно допускал анахронизмы. Про «Эльфийскую Стражу» могу сказать — это случилось до Фесса. Кольцо тьмы после 1000ЛХ, это точно 🙂 Дальше сложно.

Вконтакте выложен отрывок под названием «Охотники» — этакий сюжетный уклон от генеральной линии «хороших парней» Упорядоченного. Выглядит впечатляюще! Планируете ли создать из этого нечто большее?
Да, это «вбоквелл» 🙂 как на нашем жаргоне именуется подобный жанр. Я писал слишком много эпики об Упорядоченном, боги и истинные маги — а о людях как-то маловато 🙂 Да, сейчас я веду как минимум два проекта одновременно (правда, стилистически разных, как ХВМ и Молли), так что Охотники вполне имеют шансы.

Мне очень понравилась сага о некроманте Фессе, есть ли у Вас в планах ещё что-нибудь подобное, без огромного количества могущественных персонажей и миров?!
Да, и, наверное, «Охотники» как раз будут удовлетворять этому критерию, как и «Когда мир изменился».

Можете ли вы что-нибудь сказать о Лордах Хаоса, будут ли такие сущности фигурировать в дальнейшем?
Лорды Хаоса остаются у меня пока что непознанными и непознаваемыми. Формат данной встречи не позволяет углубиться в дебри астрофизики, но скажу так, теорию струн я там стараюсь задействовать, когда пытаюсь объяснить сам себе «как оно всё» 🙂

Будет ли вообще концовка у цикла об Упорядоченом?
Есть концовка у Саги о Фессе.
Будет концовка у Саги о Хедине и Ракоте.
Будет ли концовка вообще у Упорядоченного? Я не задаюсь такими вопросами :)))

Хотелось бы узнать о судьбе Ялини и отведена ли ей какая либо роль в происходящем в Упорядоченном?
Ищут пожарные, ищет милиция… Сыграет ли роль? Может. Но это зависит больше от Хедина и Ракота, сумеют ли справиться сами или придется собирать «широкую антитеррористическую коалицию» 🙂

Можно узнать когда будут происходить действия Водопада до или после Восстания Ракота?
Это очень сложный вопрос. Можно, конечно, ответить в стиле Вась.Вась.Головачёва — «когда надо, тогда и будут происходить!» 🙂 на самом деле, время в Упорядоченном штука весьма растяжимая, и сюжет Водопада строился на перекрытии его со многими поворотными пунктами судьбы Упорядоченного…

Вопросы по произведениям

Вопрос по ГБ1. У Хедина был План — он хотел спасти друга. И всё. Убивать Ямерта, ну или хотя бы свергать его Хедин не планировал. Почему Хрофт согласился? И участвовал по-полной, считая, что это его первый и последний шанс. Хрофт же наверняка был ознакомлен с Планом Хедина. Если бы не появление Неназа, все бы было не так, и единственный шанс Хрофта ушел на вытаскивание Ракота со Дна миров.
План был куда сложнее. Хедин спасал друга, но спасти его он мог лишь создав свой собственный центр силы, не зависящий от прихотей Молодых Богов. Хрофт понимал, что это его шанс. Ибо за все предыдущие века и тысячелетия все другие Поколения Истинных Магов так и не породили никого, равного Хедину или Ракоту.

Что значит золотой луч? Если это божественность, почему он падал и на Сурта?
Всё не столь механистично. Муспелль, кстати, исчез совсем с лица Хъёрварда, в то время как залы Хель, к примеру, уцелели. Золотой луч — символ связи с трансцендентным, прежде всего, дорога к Абсолюту.

Ник, планируется ли реанимировать кого-то ещё из героев книг по Упорядоченному, выходивших в прошлом, в продолжении эпопеи «Гибель Богов»?
Реанимировать? В принципе, я хотел вернуть в повествование персонажей «Земли без радости», но пока что им не находится места. Думаю.

Ник, скажите, а не хотели ли вы связать Упорядоченное и нашу планету, было бы не плохо, если бы «Земляне» были втянуты в разборку высших сил, тем более что, Клара Хюммель бывала в нашем мире. Было бы интересно. как бы маги отреагировали на небоскребы и автомобили, ведь они такого не видели….
У меня часто были подобные мысли, но мне постоянно казалось, что подобное разрушит стилистическое единство Саги. Ну, всё равно что бросить через Межреальность армады танков и стратегических бомбардировщиков 🙂 Тем не менее, частично ваши желания начали осуществляться в пока ещё не вышедшей книге «…тот против нас!» 🙂

Николай Даниилович, давно хотел узнать — культ Спасителя имеет в основе какую-либо реально существующую организацию/организации, или это абстрактный образ?
Культ Спасителя, несмотря на внешнее сходство с христианством, имеет весьма существенные отличия. Главное в христианстве (особенно в православии) — напряжённый духовный труд в надежде достичь спасения души, причём никто это спасение гарантировать не может. Спаситель же — тот, кто «спасает», приходит и спасает. Всех. При этом, как вы помните, там есть множество нюансов оного спасения, однако нигде на доктринальном уровне нет необходимости духовного роста, отказа от соблазна, борьбы с безнравственностью и грехом…

Ник, «Хедин, враг мой, кто не с нами тот против нас». Это же как обращение от Упорядоченного к Хедину … Что бы он действовал! Кто с не с Хедином (в одной коалиции), то он враг ему. Так можно понять посыл в названии книги?
Немного более сложно. 🙂 Кто не с нами, тот против нас — в Упорядоченном всем пришла пора делать выбор. Более того, пришла пора определять, в чём этот выбор состоит. И тем, кто противостоял Хедину, и тем, кто шёл за ним. Но и ему самому, вы правы, тоже пора определиться. И, как мне кажется, в конце книги «Тот против нас!» выбор он делает.

Планируется ли в ГБ-2 раскрыть, почему в ГБ-1 остальные Молодые боги не участвовали в битве против Хедина, Ракота и Хрофта — за исключением Ямерта и второго брата?
Потому что уже тогда Ямерт являлся «абсолютным Молодым Богом». Он замкнул всё на себя и участие остальных братьев было бы чисто формальным (типа «и мне тоже подраться!»). Плюс к тому погубившая Молодых Богов самоуверенность.

О писателе

Николай Данилович, что привело вас на путь писателя? Ваши книги очень интересны!
На путь писателя привело почти полное отсутствие нормального фэнтэзи в СССР 🙂 и эпический восторг от чтения «Хоббита» году этак в 78-м. Когда тебе чего-то не хватает, как нас учили, «сделай сам!». ну вот я и сделал…

Многих поражает, насколько вы плодовитый автор. В текстах — столько играющих роль в итоге мелочей, деталей; изобилие персонажей и сюжетных линий. И все это пересекается в самых неожиданных вариациях. И конечно интересно, какие примерно объемы текста вы выдаете за день? В среднем и по максимуму?! 🙂 Как боретесь с творческими блоками — не бывает ситуаций, когда неделю (или больше) не получается писать ничего путного?
Напротив, будь я по-настоящему плодовитым автором, написал бы самое меньшее вдвое больше. Не как в 2007-10 годах, когда я позволял себе по полтора года работать над одной книжкой… Поэтому в день получается маловато, не больше 10 тыс. знаков. Сейчас я прилагаю все усилия, чтобы этот предел увеличить. С творческими блоками борюсь переключением на другой проект, другую книгу; поэтому параллельно работаю сразу над несколькими.

Давно хотелось задать пару вопросов одному из любимых авторов. 1. Какая из ваших книг вам нравится самому больше всего? (У меня вот любимая ваша книга это «Гибель богов»). 2. Как проводите сейчас свое свободное время?
Книги — как дети. Нельзя любить какую-то больше других. Но замечено правильно — АМДМ, Алиедора и Имперская Дилогия. Хотя вот сейчас мне кажется, что я написал очень приличную книгу «За краем мира» («Приключения Молли Блэкуотер», т.1)
Свободное время провожу с семьёй. 🙂 воспитываю детей. Раньше поигрывал в WoW. Персонаж Niacris на сервере Bladefist, маг-бладэльфийка. 🙂 Должна была быть ниндзя :), но мне никогда не нравился их стиль игры 🙂

Если читая ваши книги у читателя появилось желание — писать самому. Как когда-то и у вас с Толкином. Вы взгляните на то что напишет этот человек? И выскажите свое мнение о написанном?
Я исключительно за. Я много лет веду мастер-класс на Росконе, и, хотя с просьбами оценить творчество ко мне обращается в личке Вконтакта очень много людей, кратко я это могу сделать.

Не могли бы вы рассказать, как продаются ваши электронные книги в плане организации процесса, как всё это выглядит для писателя?
Для писателя всё выглядит очень просто: права передаются издательству Эксмо, которое потом и размещает мой текст на разных площадках. С продаж я получаю определенный процент. Контракт с издательством включает и размещение электронной версии текста на выбираемых ими площадках.

Как вы относитесь к варгеймам, коллекционным миниатюрам? И скульптингу персонажей из ваших произведений?
Прекрасно отношусь. К Вархаммеру, например. У самого стоит несколько их миниатюр. Целый мир глубокой игры, со сложными правилами и прочим; мир, где можно отыграть модуль, а потом написать книгу 🙂 Книги по вселенной Вархаммера я тоже, кстати, читаю. По своим книгам миниатюр, если честно, пока не видел, но увидеть бы хотел!

∗∗∗

За сведение спасибо Сергею Козыреву из ВК-группы «Ник Перумов и его творчество».

Кстати, мы уже готовим следующее интервью — с фантастами Мариной и Сергеем Дяченко, авторами сценария и повести-первоисточника, по которым снят недавний российский фэнтези-фильм «Он — дракон». Интервью состоится в субботу, 12 декабря, в 22:00 по Москве.

Из «Географ глобус пропил»

Алексей Иванов

Алексей Иванов родился в Перми на Урале в 1969 году. Изучал журналистику, а затем историю искусств в Екатеринбургском государственном университете. По возвращении в Пермь работал экскурсоводом в местном турагентстве. Путешествие по Уралу и обширному таежному краю вдохновило Алексея на изучение краеведения и истории. Он организовал краеведческий кружок для студентов, учредил краеведческий музей, получивший впоследствии статус государственного музея.

Автор семи книг, он получил огромное национальное признание за Сердце тайги и Золото восстания , что принесло ему ряд престижных литературных премий, в том числе «Книга года-2003» от журнала Book Review , «Проза года-2005», в конкурсе «Книга года», литературной премии «Ясная Поляна» («Толстовская премия»), номинациях на премию «Национальный бестселлер», «Русский Букер», литературную премию «Большая книга».

Права на экранизацию трех романов автора проданы, фильмы находятся в производстве. Драма « Царь » Павла Лунгина по сценарию Иванова прошла при аншлагах и получила высокие оценки Каннского кинофестиваля (программа «Специальные показы») в мае 2009 года, а затем открыла программу Московского кинофестиваля.

Иванов сейчас живет в Перми, постоянно пишет прозу и сценарии.

» Подробнее об Алексее Иванове

Переведено с русского к Лив Блисс

Лив Блисс живет в Белых горах Аризоны со своим мужем Джимом и целым рядом гораздо более диких существ.Она переводит ежеквартальные журналы М. Э. Шарпа «Русские исследования в литературе» и «Русские исследования в истории» . Ее последний перевод художественной литературы, Godsdoom; Книга Хагена Ника Перумова была опубликована издательством Zumaya Publications в 2007 году.

» Подробнее о Лив Блисс

Power of Potter: Закон об авторском праве и его влияние на сиквелы и пародии | Форум современных языковых исследований

Аннотация

При использовании автором в качестве оружия авторское право служит для защиты прав на его или ее творение.Однако анализ утилитарных теорий и теорий естественных прав позволяет увидеть, что более широкие цели, лежащие в основе закона об авторском праве, в основном заключаются в поощрении обучения; то есть авторское право поощряет создание новых произведений на общее благо общества не обязательно за счет экспансионистского взгляда на авторское право, а за счет ограничения прав автора. Эта проблема отражена в исках о нарушении прав против второстепенных авторов сиквелов и пародий. Многочисленные недавние дела, связанные с книгами о Гарри Поттере, являются хорошим примером чрезвычайно успешного автора, осуществляющего свои законные права в ущерб литературе, обучению и науке, и особенно в ущерб будущему развитию и существованию ценных литературных форм, таких как сиквелы и пародии.

Коммерческий успех и судебные иски

Феномен Гарри Поттера не нуждается в представлении читателям. Семь книг пользовались коммерческим успехом во всем мире, проведя недели на первом месте в чартах бестселлеров как для взрослых, так и для детей. 1 В период с 1997 года (год публикации первой книги серии) по 2007 год было продано 325 миллионов экземпляров книг. 2 Родители во всем мире положительно отзываются о влиянии книг о Гарри Поттере на читательские привычки их детей. 3 За книгами последовала очень успешная серия официальных экранизаций, товаров для персонажей 4 , электронных видеоигр, настольных игр, DVD, тематического парка, 5 и конвенций. 6 Книги также породили неофициальные и в большинстве случаев несанкционированные переводы, 7 пародии, 8 фан-сайты, 9 фанфики, 10 электронные и бумажные энциклопедии, посвященные книгам, 11 Болливудский фильм, 12 и художественные документальные фильмы. 13

После множества несанкционированных производных работ Роулинг, ее издатели и Warner Bros, которым принадлежат права на фильм и продажу, подали ряд исков. 14 Также были иски против Роулинг и др. приходилось защищаться. 15 В то время как юридические споры в основном касались нарушения авторских прав, возбужденных либо Роулинг, либо против нее, кроме того, были иски в отношении других оснований для действий, таких как клевета и шантаж, и судебные запреты, вынесенные для защиты тайны книги перед запуском.

Целью данной статьи является рассмотрение действий по нарушению авторских прав. В частности, я остановлюсь на международных судебных процессах, возбужденных против авторов книг «Гарри Поттер и леопард идут вверх к дракону », изданных в Китае, «Гарри Поттер в Калькутте », изданных в Индии, и «Таня Гроттер и волшебный контрабас» . , изданный в России и сам переведенный на несколько языков, включая английский. 16

Вышеупомянутые иски связаны со степенью защиты, которой может на законных основаниях пользоваться владелец авторских прав.Книги о Гарри Поттере и связанные с ними судебные процессы находятся в центре внимания этого вопроса из-за эффективности, с которой книги захватили воображение публики, и огромного коммерческого успеха, который они принесли своему автору и издателям. Книги о Гарри Поттере настолько ценны с коммерческой точки зрения, что Роулинг и ее издатели по понятным причинам нападают на любую попытку извлечь выгоду из книг или их персонажей всеми мыслимыми средствами, доступными в арсенале закона об авторском праве.

Международные иски касались книг, которые можно классифицировать как несанкционированные продолжения, пародии или даже фанфики на книги о Гарри Поттере. Сюжеты этих костюмов ни в коем случае не являются единственными доступными несанкционированными производными — действительно существует множество несанкционированных версий книг о Гарри Поттере, некоторые из которых более креативны, чем другие. Как правило, в них участвует главный герой Гарри Поттера, но действие происходит в рамках оригинальных сюжетов и литературных пейзажей (как в «Гарри Поттер и леопард идут вверх к дракону » и « «Гарри Поттер в Калькутте »), или в них могут быть разные персонажи и сюжеты. которые имеют некоторое сходство с Гарри Поттером ( Таня Гроттер ).Нет никаких сомнений в том, что некоторые из этих книг являются во многих отношениях оригинальными и самостоятельными творческими произведениями (ниже будет более глубокий их анализ), и ясно, что они не являются ни несанкционированными прямыми переводами серии Поттер , и при этом они не имеют рабского сходства с персонажами и сюжетами Поттера.

Главный вопрос, на который пытается ответить эта статья, заключается в том, оказывает ли закон об авторском праве пагубное влияние на развитие сиквелов, пародий и фанфиков как самостоятельных литературных жанров.Судебные процессы одного автора, связанные с ее единственной серией книг, могут оказать глубокое влияние на закон об авторском праве в отношении того, как он относится к этим жанрам, что, в свою очередь, повлияет на их выживание и развитие.

Общий принцип авторского права заключается в том, что, будучи производными от оригинала, такие виды работ являются нарушением авторских прав, если они не разрешены. Тем не менее, некоторые юридические комментаторы ставят под сомнение мертвую хватку владельцев авторских прав и, в частности, задаются вопросом, должен ли быть установлен больший баланс между правами, которые владелец авторских прав имеет в отношении своих творений, в частности, его персонажей, и правом, которое у широкой публики есть отношение к созданию новых произведений на основе этих персонажей и сюжетов. 17 Опасность заключается в том, что слишком сильная защита авторских прав может стать похоронным звоном для творческого развития давно устоявшихся жанров сиквелов, пародий и фанфиков.

В этой статье мы попытаемся ответить на эти вопросы, сначала оценив цели и идеалы закона об авторском праве, особенно в отношении того, как они связаны с миром книг и издательского дела. Затем следует оценка ценности производных произведений, таких как сиквелы и пародии, с конкретным анализом самих производных произведений Поттера, перемежающимся анализом соответствующих судебных решений.

Общий статус пародий и сиквелов в соответствии с действующим законодательством об авторском праве

В целом закон об авторском праве защищает владельцев авторских прав от несанкционированного копирования или определенного использования их произведений в течение фиксированного периода времени, с учетом определенных исключений, предусмотренных законодательством. 18 Минимальные стандарты охраны изложены в Бернской конвенции, 19 международном договоре, регулирующем применение закона об авторском праве, который в настоящее время подписали 164 страны, 20 , включая Великобританию и США.Бернская конвенция также допускает создание исключений из охраны авторских прав; т. е. при определенных обстоятельствах произведение может быть воспроизведено без явного разрешения владельца авторских прав.

Вопрос по пародиям и сиквелам следующий. По самой своей природе создание пародии или продолжения охраняемого авторским правом произведения требует воспроизведения части или всего произведения. Как правило, воспроизведение будет считаться нарушением закона, если, во-первых, воспроизведение осуществляется без предварительного разрешения владельца авторских прав и, во-вторых, если воспроизводится или существенная часть рассматриваемого произведения. 21 Материальность воспроизводства, безусловно, является расплывчатой ​​концепцией, которую нелегко измерить. Принятый подход к вопросу материальности в Великобритании был изложен Палатой лордов в своем решении по делу Designers Guild v Williams (2000), 22 , которое заключается в том, что вопрос в значительной степени заключается в том, и определяется важностью воспроизведенной части по отношению к оригинальной работе, охраняемой авторским правом , а не объемом выполненной работы.

Что касается пародий и сиквелов, необходимо сделать два важных замечания в отношении подхода, изложенного в Гильдии дизайнеров . Первый относится к юридическому значению или взгляду на «важность». Вопрос о том, является ли воспроизведенная часть важной, является сложным вопросом и был предметом многочисленных дискуссий в британской судебной практике. 23 Здесь достаточно сказать, что ортодоксальная точка зрения состоит в том, что нарушение прав происходит только в том случае, если взятая часть была существенной или жизненно важной частью произведения. 24 Один из способов определить, является ли взятая часть существенной или важной, состоит в том, чтобы спросить, является ли она мгновенной и легко узнаваемой.

Очевидно, что для того, чтобы пародия или продолжение произведения, охраняемого авторским правом, функционировали или были признаны как таковые, отличительный и узнаваемый стиль или качество произведения, охраняемого авторским правом, обязательно должны быть воспроизведены в пародии или продолжении. Отсюда ясно, что там, где речь идет об авторском праве, юридически важная или существенная часть оригинального произведения почти наверняка будет использована в пародии или сиквеле.

Еще один важный момент, на который следует обратить внимание в отношении теста на нарушение прав в Гильдии дизайнеров , когда речь идет о пародиях и сиквелах, заключается в том, что важность взятой части измеряется по отношению к оригинальной работе, а не работе ответчика. Следовательно, для целей нарушения не имеет значения, что ответчик усердно работал и преобразовал исходное произведение во что-то совершенно другое. 25 Вот почему, несмотря на то, что оно может существенно отличаться от оригинального произведения, пародия или сиквел обычно расцениваются как явное нарушение оригинала.

Следует также отметить фиксированный срок охраны творческих произведений в соответствии с законом об авторском праве. 26 В настоящее время такие произведения, как книги, музыка и искусство, охраняются в течение жизни их автора плюс еще 70 лет после его или ее смерти. После этого работа становится общедоступной, а это означает, что пародии, сиквелы и т. д. могут быть сделаны без разрешения, не опасаясь судебного разбирательства. Однако существуют потенциальные проблемы, связанные с неимущественными правами, 27 , особенно в тех случаях, когда такие права признаются бессрочно, чего в настоящее время нет в Великобритании или США. 28

Следует также отметить, что в настоящее время в Соединенном Королевстве пародии, как правило, считаются нарушением прав на оригинальные произведения, на которых они основаны, хотя недавно в парламент поступили призывы ввести исключение из авторского права Великобритании. 29 В США на создание пародии могут распространяться исключения в отношении добросовестного использования, предусмотренные законодательством США об авторском праве. Более подробно это обсуждается далее в статье.

Авторское право: цели и идеалы

На данном этапе важно хотя бы наметить провозглашенные цели данной отрасли права, чтобы ответить на поставленные выше вопросы о балансе интересов автора и публики.

В самом широком смысле ученые сформулировали две основные теории авторского права: утилитарный или консеквенциалистский подход, с одной стороны, и теорию, основанную на естественных правах, с другой. 30 Первая точка зрения закладывает основу для режима авторского права в США, но ее также можно проследить до Статута Анны, 31 , принятого в Великобритании в 1710 году, который считается первым источником современного закона об авторском праве. . Ограниченные монополии, предусмотренные Статутом Анны и законом США об авторском праве 32 , предназначены для поощрения инноваций и творчества, чтобы повысить уровень обучения в области искусства и науки.Другими словами, создателям предоставляются определенные исключительные права (например, право делать копии и распространять их), которые призваны стимулировать их к созданию и инновациям. Финансовые вознаграждения и защита действуют как стимулы к творчеству, и поэтому следует не только то, что авторы создают больше произведений, но и то, что больше людей поощряются к созданию новых произведений. Однако эти права обязательно ограничены по продолжительности и объему, чтобы гарантировать, что авторы не имеют неограниченной монополии на свои произведения — их творения остаются доступными для третьих лиц для дальнейшего использования или улучшения этих произведений, не опасаясь судебного разбирательства со стороны их авторов. .Следовательно, предоставление исключительных прав владельцам авторских прав вместе с определенными ограничениями их прав соответствует утилитарному принципу Бентама, гарантируя, что закон об авторском праве работает таким образом, чтобы максимизировать «наибольшее благо для наибольшего числа». 33

Противоположным утилитаризму является взгляд Локка на собственность, согласно которому каждый человек имеет естественную собственность в труде своего тела и в работе своих рук. 34 Когда речь идет об авторском праве, это означает, что автор имеет естественные права на свое творческое произведение: вопрос заключается в степени этих прав.Оправдывает ли эта интерпретация или объясняет бесконечный контроль над всеми аспектами произведения, включая все возможные производные от фильмов и DVD до различных литературных жанров, таких как сиквелы, пародии и даже лексиконы? Утверждалось, что это на самом деле увеличит количество создаваемых новых произведений, потому что издатель был бы более готов платить за роман, если бы знал, что может иметь лицензионные права не только на продажу книг. 35

Слишком сильное применение Локка к авторскому праву означало бы, что широкая публика не сможет вообще использовать произведение владельца авторских прав, даже в смысле использования произведения для создания новых произведений ; другими словами, это наложило бы оковы на потенциальный творческий вклад третьих лиц.Общее воздействие такого подхода будет заключаться в снижении уровня творчества в обществе. Салман Рушди предостерегал от этого, обращаясь к читателям, которые глубоко тронуты историями, с которыми они сталкиваются, говоря: «[Т] ​​те, у кого нет власти над историей, которая доминирует в их жизни, власти пересказать ее, переосмыслить, деконструировать ее, шутить над этим и изменять его по мере того, как времена меняются, действительно бессильны, потому что они не могут думать по-новому». со стороны автора в отношении не только своего творения, но и всех произведенных на его основе произведений, следует помнить, что на него распространяется принцип «ненанесения вреда», что отражено в следующем отрывке:

Таким образом, все, что он выводит из того состояния, в котором его создала и оставила природа, он смешал со своим трудом и присоединил к нему что-то свое, и тем самым сделал это своей собственностью.Будучи изъятым им из общего состояния, в которое его поместила природа, к нему его трудом присоединено нечто, исключающее общее право других людей. Поскольку этот труд является несомненной собственностью рабочего, никто, кроме него, не может иметь права на то, с чем он когда-то был соединен, по крайней мере там, где осталось достаточно и столько же общего для других. 37

Другими словами, наделение собственностью плодов своего труда допустимо, пока это не причиняет вреда общему благу или что «достаточно и столько же хорошего [остается] общим для других» ‘. 38 Применяя этот аспект теории Локка, можно утверждать, что она оправдывает не только права на чье-либо произведение, но также и ограничения этих прав, позволяющие публике в полной мере наслаждаться произведением, в частности, позволяя третьим лицам делать использование произведения для создания новых. 39 Также стоит рассмотреть недавнее эмпирическое исследование, проведенное в одном из университетов США для проверки теории о том, что усиление защиты авторских прав повысит стимулы к созданию новых произведений и, следовательно, приведет к увеличению количества произведенных произведений. 40 Исследователи проанализировали корреляцию, если таковая имеется, между количеством регистраций авторских прав, сделанных в США, и законодательными актами и решениями Верховного суда, которые привели к изменениям в защите авторских прав в тот же период времени. Исследование пришло к выводу, что существует мало эмпирических или теоретических подтверждений утверждения о том, что усиление защиты авторских прав приведет к увеличению количества новых творений.

На первый взгляд, есть основания утверждать, что применение либо утилитаристской, либо теории естественных/локковских прав к авторскому праву вполне может привести к аналогичному выводу: ограничение объема прав, принадлежащих владельцам авторских прав, может фактически привести к в повышении общего уровня творчества в обществе.

Производные книги о Гарри Поттере и их ценность для общества

Производные книги о Гарри Поттере не являются дословными переводами книг: они представляют собой их подделки или фанфики. Некоторые более креативны, чем другие. В Гарри Поттер и Леопард идут к дракону сюжет в значительной степени взят из книги Дж. Р. Р. Толкина Хоббит с вкраплениями оригинальных отрывков. Что касается Гарри Поттер в Калькутте , 41 Гарри приглашен в Калькутту по воле местного мальчика, и вместе они переживают волшебные приключения, в которых Гарри встречается со знаменитыми персонажами из бенгальской литературы.С другой стороны, в сериале Таня Гроттер рассказывается о девушке-волшебнице, которая, как и Гарри, сирота и посещает школу волшебников. 42 Хотя первая книга серии напоминает сюжеты и события из книг о Гарри Поттере, сюжеты последующих 12 или около того книг отличаются от них. Понятно, что книги Тани Гроттер основаны на книгах о Поттере: хотя они и не являются строго продолжениями, они больше похожи на параллели, и в них появляется сам Поттер.Также утверждалось, что это пародии, 43 вопрос, который обсуждается ниже. Роулинг и ее издателям удалось получить судебные запреты против авторов и издателей книг «Гарри Поттер и Леопард идут вверх к дракону » и « Таня Гроттер », а иск против «Гарри Поттер в Калькутте » был урегулирован во внесудебном порядке.

Как было сказано выше, были и другие творческие проекты, основанные на книгах о Гарри Поттере. В другом несанкционированном продолжении, Гарри Поттер и китайская фарфоровая кукла , 44 Гарри Поттер узнает, что Волан-де-Морт планирует объединиться со своим китайским коллегой Яндомортом.В еще одном, «Гарри Поттер и полукровка-родственник» , Гарри становится злым и вынужден бороться с азиатскими волшебниками, набравшимися на него. 45 Еще более креативным и амбициозным является несанкционированное продолжение под названием Гарри Поттер и разборки , в котором китайский мальчик требует большего после того, как его отец прочитал первые шесть книг серии о Гарри Поттере. Его отец соглашается, рассказывая историю в стиле « Арабских ночей» , в результате чего получается роман из 250 000 слов, который следует из шестой книги.

Надо признать, что Гарри Поттер и Леопард идут к дракону не хватает охраняемой креативности на любом уровне. Это не попытка сплести новый сюжет с участием Гарри Поттера, и почти наверняка это вопиющая попытка извлечь выгоду из его имени. Утверждается, что такая книга, которая, очевидно, представляет собой коммерческое предприятие, надеющееся получить быструю прибыль, не заслуживает защиты, и иск Роулинг оправдан на этом основании. Производство такой книги сродни производству продукта с товарным знаком, похожим на другой зарегистрированный товарный знак, в надежде ввести потребителей в заблуждение (что в Великобритании было бы нарушением Закона о товарных знаках 1994 г.).Мотивы чисто коммерческие и паразитические. Такую книгу, однако, следует отличать от других, которые выходят за рамки простого включения имени Гарри Поттера, как в случае с книгами «Гарри Поттер в Калькутте » и « Таня Гроттер », а также с другими уже упомянутыми несанкционированными романами.

Понятно, почему владельцы авторских прав защищают свою работу до такой степени, что они решительно возражают против сиквелов (и их родственных, таких как приквелы, параллели, мидквелы, спин-оффы и т.). Во-первых, сиквелы потенциально прибыльны. Индустрия кино, телевидения и видеоигр очень четко иллюстрирует этот потенциал, особенно хорошим примером является телесериал Star Trek . Один только успех его спин-оффов адекватно иллюстрирует вознаграждение производных работ: 11 самых кассовых фильмов собрали в среднем 146 миллионов долларов США каждый. 46 Сиквелы или пародии на коммерчески успешные произведения используют этот успех, особенно если они производятся в то время, когда оригинальное произведение находится на пике своей популярности.

Вторая причина носит более эмоциональный характер. Авторы по понятным причинам относятся к своим творениям ревниво, так что любое отклонение от их концепции их творения было бы для них анафемой. Действительно, существует теория (восходящая к гегелевской и кантовской философии), согласно которой произведение автора является выражением его личности, самости или воли и, следовательно, заслуживает щедрой правовой защиты не только от копирования, но и от искажения и искажения. 47 Исходя из этой теории, автору важнее уважение, почет и восхищение.Следуя с этой точки зрения, сиквелы, пародии и тому подобные произведения, не отражающие верно авторскую концепцию своего оригинального творения, являются искажениями и искажениями, от которых оригинальное произведение должно охраняться. Представление о том, что сиквелы, пародии и тому подобное могут быть нежелательны для авторов оригинала, неудивительно. Мэтью Арнольд, как известно, считал пародию «мерзким искусством», а Хемингуэй считал ее «последним прибежищем разочарованного писателя». 48 Что касается сиквелов, то стоит только вспомнить, как Сервантес обиделся на продолжение Аллеванеды к Дон Кихот . 49

Однако такие производные произведения, в отличие от чисто паразитических произведений, таких как «Гарри Поттер» и «Леопард идет вверх к дракону» , не только сами по себе имеют долгую историю, но и служат обществу во многих отношениях. Крайне важно понимать ценность этих жанров, когда мы рассматриваем пределы защиты авторского права, особенно когда закон об авторском праве может быть оправдан на основе достижения баланса между правами автора и правами публики.

Стоимость сиквелов

Чтобы проиллюстрировать тот факт, что сиквелы, приквелы и т. д. приносят пользу обществу, давайте кратко оценим примеры, предлагаемые известными параллельными историями, написанными в связи с «» Чосера «Троил и Крессида » и « Джейн Эйр » Шарлотты Бронте. Ученые приветствовали эти параллельные тексты как важные литературные произведения сами по себе, проливая ценный свет на персонажей и события, которые они заимствовали из более ранних произведений.

Роберт Генрисон, шотландский поэт 15 -го -го века, написал эпическое поэтическое продолжение романа Троил и Крессида , сосредоточив внимание на героине, которая в продолжении умирает от проказы. Одним из преимуществ такого продолжения, особенно написанного относительно близким современником Чосера, является то, что оно дает современным читателям представление о том, как произведения Чосера читались и воспринимались в его время. 50 Утверждалось, что Генрисон в своем продолжении дает нам другой взгляд на любовь, спрашивая, какой должна быть реакция, когда возлюбленный становится старым и непривлекательным. 51

Широкое Саргассово море — заслуженно известный приквел к фильму « Джейн Эйр », в котором Джин Риз рассказывает историю жизни Берты Рочестер, начиная с ее детства на Ямайке и заканчивая смертью в Торнфилд-Холле. Рис хотел вдохнуть жизнь в этого персонажа, которого сама Бронте призналась, что изобразила далеко не идеально. 52 Более широкое значение работы Риз заключается в том, чтобы говорить от имени всех женщин Вест-Индии через ее мастерское изображение Берты, а также решать самые разные проблемы, от колониализма до расовых конфликтов. Широкое Саргассово море само по себе является значительным литературным произведением и принесло Риз, наряду с другими ее произведениями, множество похвал.

Генри Дженкинс, эксперт в области массовых коммуникаций и средств массовой информации, много писал о фанфикшне, явлении, особенно распространенном в эпоху Интернета. Обычно его определяют как производные произведения, основанные на идентифицируемых сегментах популярной культуры, созданные фанатами и поклонниками. 53 Он объясняет цель фанфики следующим образом:

Энциклопедические амбиции трансмедийных текстов часто приводят [ sic ] к тому, что можно было бы рассматривать как пробелы или излишества в развертывании истории: то есть они вводят потенциальные сюжеты, которые невозможно рассказать полностью, или дополнительные детали, которые намекают на большее, чем можно раскрыть.У читателей, таким образом, есть сильный стимул продолжать развивать эти элементы истории, прорабатывая их через свои предположения, пока они не обретут собственную жизнь. Фанфики можно рассматривать как несанкционированное расширение этих медиа-франшиз в новых направлениях, которые отражают желание читателя «заполнить пробелы», которые они обнаружили в коммерческом материале. 54

Дженкинс также изучил фанфики, написанные в честь книг о Гарри Поттере, чтобы выяснить, как глобальное явление, такое как книги Роулинг, может по-разному восприниматься в разных культурах и традициях. 55 Он делает интересное наблюдение об особом восприятии русскими культурных ценностей, которое основано на часто цитируемом ленинском изречении «Искусство принадлежит народу». /или переписать культурно важный контент с Запада. Известные примеры включают Волшебник страны Оз и Пиноккио , 56 , русские версии которых были опубликованы в 1936 году. С тех пор, несмотря на падение железного занавеса и импорт законов об авторском праве с Запада, такие значения остались нетронутыми в русской культуре и обществе.В 1991 году был опубликован роман « Кольцо тьмы », действие которого происходит в Средиземье Толкина. Кольцо тьмы впоследствии получило признание критиков, а его автор Ник Перумов был признан в 2004 году лучшим писателем-фантастом в Европе. 57 Утверждалось, что отношение Перумова к персонажам Толкина более сочувственное и даже более тонкое, чем собственная характеристика Толкина. Действительно, в то время как персонажи Толкина определенно хороши или плохи, Перумов исследует их «серые» области. 58

Что интересно в книгах о Поттере, когда они впервые появились в России, так это то, что они были относительно непопулярны. 59 Пошли неофициальные переводы разной степени качества. Этому способствовало, в первую очередь, недовольство читателей низким качеством официальных переводов, и огромные сети расцвели переводчиками-любителями, которые делились своими мнениями и мыслями о том, как следует переводить имена и тексты. 60 Хотя прямые переводы явно нарушают авторские права, это явление в России, по крайней мере, иллюстрирует страсть, с которой читатели питаются к книгам, и их стремление к более глубокому их пониманию, будь то посредством самих переводов или путем написания продолжений для развития свои любимые персонажи дальше.Возможно, такие попытки переводов и сиквелов — это тоже просто попытки соотнести себя с местной культурой и менталитетом. Тим Ву из юридической школы Колумбийского университета утверждал, что Таня Гроттер и Гарри Поттер в Калькутте не являются прямой заменой книг о Поттере, что нанесет ущерб финансовым доходам Роулинг и ее издателей, а являются дополнениями или адаптациями, подходящими для местных условий. , культуры и мировоззрения. 61 Местные писатели знакомят Поттера с местными литераторами (как в «Гарри Поттер в Калькутте» ) или знакомят персонажей с культурами и ситуациями, которые могут быть связаны с местными детьми.

Другим аспектом рассматриваемых произведений является то, что элементами сходства между оригиналом и производными являются темы и идеи, или даже просто сцен на ярмарке для детской фантастической книги, основанной на волшебниках и битвах между добром и злом. 62 Такие элементы не защищены законом об авторском праве. Что касается книг Tanja Grotter , то главная героиня — девочка-сирота, посещающая школу магии, на что Роулинг, конечно же, не может претендовать на монополию.Даже другие точки сходства, такие как очки и черты лица (родинка в случае Гроттера и шрам в виде молнии в случае Поттера), являются тривиальными чертами, которые не могут быть монополизированы одним автором. Гроттер летает на волшебном контрабасе, а Поттер летает на более обычной ведьминской метле. Нет ничего инновационного в том, чтобы летать на или , и в любом случае летать на контрабасе, возможно, более инновационно, чем на метле. 63

Существуют также юридические аргументы против защиты сиквелов, которые основаны на общепринятом правовом принципе, согласно которому персонажи являются независимыми произведениями, охраняемыми законом об авторском праве, и, следовательно, любое произведение, изображающее известного персонажа, будет нарушать авторские права в этот персонаж.Общий юридический принцип заключается в том, что чем более определен и развит характер, тем больше вероятность того, что он защищен законом. Уважаемый судья США Лэрнед Хэнд Дж. в деле Николс против Universal Pictures Corp. (1931 г.) сказал, что «чем менее развиты персонажи, тем меньше они могут быть защищены авторским правом: это наказание, которое должен понести автор за такое нечеткое их обозначение». ‘ 64 Проблема с этим тестом заключается в отсутствии четких указаний относительно того, насколько очерченным и развитым должен быть характер, чтобы его можно было защитить.Хотя ясно, что наемный убийца мафии в костюме в тонкую полоску, говорящий с нью-йоркским бронксским акцентом, или рыцарь в сияющих доспехах являются обычными описаниями и не являются отличительными, неясно, сколько еще нужно сделать для защиты под закон. Развитие литературного персонажа — это гораздо больше, чем список атрибутов — это постепенный процесс, который включает в себя более тонкие черты, такие как взаимодействие персонажа с другими персонажами и его реакция на определенные ситуации. 65 Персонаж переплетается со всей повестью и сложно сказать, что персонаж можно отнести к самостоятельному литературному произведению. Вдобавок к сложности, в отличие от графических персонажей, читатели не могут визуально воспринимать литературные персонажи — они могут быть созданы только разумом или воображением читателя, которым не хватает определенности. 66

Таким образом, сиквел и его родственники, такие как приквел и параллельные истории, являются, пожалуй, ценными литературными жанрами.Их ценность подытожена одним литературоведом, который сказал в рецензии на « Широкое Саргассово море » и, в частности, в отношении персонажа Берты Рочестер, которая, оставаясь исключительно в руках Бронте, осталась бы невзрачным персонажем, «если бы она намеревалась преподать урок, может быть, чтобы напомнить читателю, что невозможно вынести окончательное суждение, пока каждый участник не получит шанс рассказать свою версию истории». однако будьте литературной классикой, такой как Широкое Саргассово море , чтобы заслужить защиту.Закон не должен использоваться в качестве инструмента для отделения зёрен от плевел в литературе — юристы и судьи не способны это делать. Будут ли такие тексты достойным дополнением к литературе и культуре, решать читающей публике.

Действительно ли пародии — обывательский враг творческого гения?

Какую бы форму она ни принимала, пародия вносит ценный вклад в литературу и общество. 68 Обычно утверждается, что пародия предназначена для создания комического эффекта, и действительно, некоторые суды предпочли признать комедийный элемент истинной ценностью пародии. 69 Кроме того, бесспорно, это форма критики, которая считается истинной ценностью пародий. 70 Само собой разумеется, что критика играет необходимую и решающую роль в развитии и прогрессе всех видов искусства. Рецензируют и критикуют произведение не только целевая аудитория или профессиональные критики. На других авторов может каким-то образом и в какой-то степени повлиять новая работа, и они, в свою очередь, могут создавать работы, которые в той или иной степени, явно или неявно, являются критикой оригинала.Сами эти новые произведения могут в свою очередь подвергаться критике и сами влиять на дальнейшее поколение новых произведений, и критический процесс начинается заново. Таким образом, пародия как форма критики играет роль в этом процессе развития. 71

Важно отметить роль пародии как формы критики, особенно когда речь идет об авторском праве. Это связано с тем, что одним из исключений из нарушения авторских прав является критика. В США критика обычно признается формой «добросовестного использования», которая была кодифицирована в соответствии со статьей 17 U.SC §107, в то время как в Великобритании раздел 30(1) Закона об авторских правах на промышленные образцы и патенты 1977 года гласит, что добросовестное обращение с произведением в целях критики или рецензирования, как правило, не считается нарушением. Доктрина «добросовестного использования» признает, что определенные ограниченные виды использования произведения, охраняемого авторским правом, могут быть разрешены законом. В США общий принцип заключается в том, что может быть разрешено «преобразующее» использование оригинального произведения. Другими словами, может быть разрешено последующее использование оригинального произведения, которое наполняет оригинал новым смыслом, пониманием и выражением, при условии, что это использование является «добросовестным» — еще один расплывчатый юридический термин, который обычно означает, что последующее использование, как правило, не должно эксплуатировать оригинальную работу.

Поттер против Тани Гроттер

Ответчики по делу Tanja Grotter утверждали, что книги предназначались для пародий, но этот аргумент они проиграли в голландских судах. 72 Дмитрий Емец, автор книг Таня Гроттер , утверждал, что это ироническая пародия. Сходство, каким бы оно ни было, служило увеличению контраста между книгами Поттера и Гроттера. Таня Гроттер постоянно нерешительна в своих действиях, в отличие от персонажей книг о Поттере, которые обычно либо явно плохие, либо хорошие, упрощенный подход, который, по словам Йемца, был обычной характеристикой книг, написанных в западном мире.Емец также утверждал, что он издевался над коммерциализацией книг о Поттере, заставляя одного из своих персонажей писать любовные письма кому-то с инициалами «HP». Он также утверждал, что книг Тани Гроттер были в русской обстановке, пытаясь пародировать российское общество. 73

Голландский суд не был впечатлен. Во-первых, суд пришел к выводу, что целью пародии был «юмор, а не соревнование», и посчитал, что произведения Емца наносят ущерб рынку книг о Поттере.Во-вторых, Суд не принял бы пародии, не предназначенные для пародирования самого оригинального произведения. Нидерландский суд был не одинок в этом подходе — другие суды также указывали, что они с подозрением относятся к произведениям, которые пародируют факторы, выходящие за рамки самого произведения. 74 В конце концов, зачем выбирать именно это произведение, чтобы пародировать что-то другое? Однако такой аргумент фактически закрыл бы произведения для художников и писателей, которые хотят пародировать более общие темы, такие как общество и политика. 75 Кроме того, несмотря на то, что в некоторых юрисдикциях, в частности в США, пародия может быть разрешена в соответствии с исключением «добросовестного использования» в связи с заявлением о нарушении авторских прав, судьи могут действовать по своему усмотрению при оценке применения такого исключения. существенно, что судьи иногда берут на себя оценку качества рассматриваемой пародии. Я утверждаю, что такое узкое определение или трактовка пародии нежелательны для здорового развития и будущего существования этой ценной литературной формы.

Пародии и добросовестное использование в законе об авторском праве

Как правило, пародии, сатиры, памфлеты, пародии и подобные произведения заимствуют или используют известные элементы известных сущностей для создания комедийного эффекта. В отличие от сатиры и других форм комедии, пародии нацелены на уже существующие тексты и традиционно имеют комический характер. 76 Чтобы комедия была эффективной, пародия должна использовать достаточно узнаваемые элементы, чтобы ее собственная аудитория могла распознать произведение, из которого эти элементы взяты.Вопрос о том, является ли такое использование нарушением прав, зависит от того, является ли изъятие существенной частью, которая охраняется законом об авторском праве. 77 Понятие существенности в авторском праве является мерой не количества, а качества. Чем более узнаваема и важна присвоенная часть, тем больше вероятность того, что она будет признана существенной в случае нарушения авторских прав. Изъятие наиболее узнаваемых охраняемых элементов произведения, охраняемого авторским правом, почти наверняка будет равносильно нарушению авторских прав, хотя некоторые узнаваемые элементы, например техника или стили, обычно не подлежат охране; как и очень простые идеи — такие, как, например, жанр ужасов с участием вампиров.

Много было написано о пародиях и законах, особенно в отношении прецедентного права, принятого в США, и в отношении отсутствия исключений в отношении пародий в Великобритании. 78 Следует отметить, что Великобритания в настоящее время не признает пародии в качестве такого исключения. В 2006 году правительство Великобритании заказало всеобъемлющий обзор законов об интеллектуальной собственности в стране. 79 В обзоре было предложено, inter alia , ввести в законодательном порядке исключение для карикатур, пародий или подделок, 80 , и была сделана конкретная ссылка на дело США Campbell v Acuff-Rose (обсуждается ниже) .

Теперь я обращусь к тенденции судов ограничивать исключение только пародиями, которые критикуют или комментируют непосредственно основную работу, а также к тенденции судов оценивать качество пародии, которую они оценивают. Эти проблемы вступают в игру из-за широкого применения в США их исключения «добросовестного использования» в законе об авторском праве, о чем должны знать законодатели Великобритании, если они захотят включить пародию в качестве исключения. Исключение преднамеренно широкое, что позволяет судьям проявлять большую свободу действий.Верховный суд США в деле Stuart v Abend (1990) заявил, что добросовестное использование является «справедливым правилом разума, которое позволяет суду избегать жесткого применения закона об авторском праве, когда иногда это душит само творчество, которым этот закон и является». предназначен для воспитания». 81 Доктрина добросовестного использования была в конечном счете кодифицирована в 1976 году, но осталась в основном нетронутой, оставив только гибкие руководящие принципы для рассмотрения судами. 82

Наиболее влиятельным на сегодняшний день делом о пародиях в США является Кэмпбелл против Acuff-Rose Music Inc .(1994). 83 Рэп-группа 2 Live Crew пародировала «Oh Pretty Woman» Роя Орбисона, а правообладателями оригинальной песни Orbison были Acuff-Rose Music. Подсудимые утверждали, что их пародия была добросовестным использованием. Campbell важен по двум причинам. Во-первых, он разъяснил толкование и применение общих принципов добросовестного использования, изложенных в законодательстве. В связи с этим, с точки зрения горе-пародистов, достоинства решения Верховного Суда по делу Campbell двояки: во-первых, в отношении второго фактора четырехфакторного руководства, закрепленного в законодательстве, в котором говорится, что суды должны быть более строгими и тщательными в отношении степени копирования, если оригинальное произведение имеет высокий уровень творчества, суд пояснил, что пародии обязательно должны копировать значительную часть оригинального произведения, поскольку это носит характер пародии, и, следовательно, второй фактор должен иметь мало внимания.Во-вторых, в отношении четвертого фактора, который оценивает степень, в которой произведение, нарушающее авторские права, узурпировало рыночную долю оригинального произведения, Верховный суд подчеркнул, что коммерциализация пародии не должна быть определяющим фактором в решении. В этой степени, в своей щедрой интерпретации факторов руководства, Верховный суд усилил цели закона об авторском праве, то есть поощрение интеллектуального руководства. 84

Вторая причина важности Campbell заключается в указании Верховного суда о том, что для того, чтобы пародия подпадала под анализ добросовестного использования пародии, она должна быть настоящей пародией, в том смысле, что она комментирует или критикует оригинальную работу. 85 В связи с этим суд отличил пародию от сатиры. Суд пришел к выводу, что если вторичная работа не комментирует непосредственно исходную работу, то ответчик просто использует оригинальную работу, «чтобы привлечь внимание или избежать рутинной работы при разработке чего-то нового», и поэтому справедливость использования и присвоение оригинальной работы уменьшается. 86 Теперь это означает, что суды низшей инстанции в правовой системе США должны будут определить, является ли представленная им второстепенная работа настоящей пародией или сатирой.Из этого следует, что для этого судьи должны определить истинное значение произведения и установить его связь с оригинальным произведением.

Верховный суд в Campbell , помня о бремени, которое они возложили на нижестоящие суды, услужливо посоветовал, что хороший или плохой вкус пародии не должен быть фактором при определении. Это направление помогло бы в некоторой степени исправить предыдущую тенденцию судов подвергать цензуре пародии, которые они сочли недостойными защиты: в делах Walt Disney Productions против Air Pirates и MCA Inc.v Wilson , 87 , оба из которых касались произведений непристойного содержания, суды США, очевидно, подвергли пародии цензуре на том основании, что они были неприятны. В связи с этим я приветствую решение Верховного суда по делу Кэмпбелл. Однако проблематичным остается четкое указание определять, является ли пародия настоящей пародией или нет.

Подводные камни «Кэмпбелла»

Результатом Кэмпбелла является требование, чтобы судьями были художественные и литературные критики, а это не их место.Их компетенция лежит в сфере права, и сферы их влияния должны оставаться в сфере права. Действительно, это отражено в решениях, вынесенных на всех трех уровнях в Кэмпбелл. Судьи всех трех уровней по разным причинам не согласились, является ли произведение настоящей пародией: это свидетельствует о причудливости стандартов, применяемых судами, когда они пытаются выйти за рамки закона. 88

Кроме того, общеизвестно, что трудно, даже невозможно определить пародию с какой-либо уверенностью.Пародия, как мы уже видели, может принимать разные формы. Наряду с сатирой, бурлеском и стилизацией, в число пародийных форм также входят аллюзия, карикатура, пародия, ирония и т. д. например, устраняет комический элемент 90  ) или, по крайней мере, исследует арсенал пародийных форм. 91

Помимо аргумента о том, что судьи и адвокаты не должны быть поставлены в положение вынесения решений, требуемых Кэмпбелл , также прискорбно, что только очень узкое определение пародии выиграло бы от справедливого использовать исключение — т.е.е. только те, которые нацелены на само основное произведение («Целевая пародия»), будут освобождены; пародии, высмеивающие общество в целом («Пародия на оружие»), не будут. 92 Одной из причин, выдвигаемых учеными-юристами, является тот факт, что владельцы авторских прав вряд ли дадут лицензию на использование своей работы для «нацеливания» на свою работу, и поэтому у «нацеленных пародистов» мало или совсем нет шансов практиковать свои права. искусство без лицензии. Однако, с другой стороны, «оружейные пародисты» могут выбирать из любого количества произведений, высмеивающих общество, и поэтому им следует обращаться к правообладателям за лицензией. 93 Но другие юридические комментаторы отмечают, что правообладатели с такой же вероятностью откажут в выдаче лицензий «пародистам оружия». 94

Это определение отвергает пародии, подобные созданным в Tanja Grotter , и затрудняет для пародистов комментирование и критику общества в целом. Как заявил один комментатор, пишущий о деле Гроттера, и с особой ссылкой на точку зрения другого ученого о важности «общих культурных символов»,

Поскольку эти культурные символы — это то, что мы разделяем, вести содержательный диалог между членами общества , мы должны быть в состоянии использовать их в этом диалоге.Однако эти символы принимают форму знаков и текстов, которые защищены законом о товарных знаках и авторском праве, поэтому чрезмерное соблюдение этого закона может […] задушить содержательный диалог в обществе. 95

Я с пониманием отношусь к включению сатирической пародии на «оружие» в качестве исключения из нарушения авторских прав. По существу, успех пародии во многом зависит от литературных знаний ее аудитории. Пародия была описана как основная форма саморефлексии, важный и ценный способ примирения с произведениями прошлого. 96 На этом основании можно утверждать, что такие тексты, как книги о Гарри Поттере, которые пользуются таким необычайным успехом и известны огромному количеству людей во всем мире, поддаются пародии, особенно с целью передачи сатирического сообщение как можно более широкой аудитории. Послание сатирика об обвинении общества в целом имеет гораздо большее влияние, когда он использует произведение, столь же чрезвычайно популярное, как книга Поттера, чем если бы он использовал более малоизвестное произведение.Поэтому можно утверждать, что в сегодняшнем мире, в котором преобладает популярная культура и, что более важно, где такая популярная культура легко и глобально доступна, практика использования популярных произведений с целью высмеивания общества, политики и других вопросов должна быть более охотной. защищал.

Заключение

Влияние закона об авторском праве на ценные художественные и литературные формы сиквелов и пародий слишком очевидно. Отсутствие исключения для них может привести к уменьшению производства этих видов работ из-за боязни судебных разбирательств.Хотя в некоторых юрисдикциях, таких как Голландия и США, пародиям, возможно, предоставляется исключение, слишком строгое определение и слишком либеральное усмотрение со стороны судей могут привести к ситуации, когда сатира полностью запрещена законом. Особенно когда речь идет о книге, подобной книгам из серии Поттер, ценность сиквелов и сатир становится еще более очевидной, и успех судебного разбирательства против таких второстепенных авторов окажет удушающий эффект на создание новых произведений.Конечно, это идет вразрез с идеалами и целями авторского права: поощрять обучение.

© Автор (2012). Опубликовано Oxford University Press для суда Университета Сент-Эндрюс. Все права защищены. Университет Сент-Эндрюс является благотворительной организацией, зарегистрированной в Шотландии: № SC013532.

Riboswitches and the RNA World

Cold Spring Harb Perspect Biol. 2012 февраль; 4(2): а003566.

Кафедра молекулярной, клеточной и биологии развития; кафедра молекулярной биофизики и биохимии; Медицинский институт Говарда Хьюза, Йельский университет, Нью-Хейвен, Коннектикут 06520-8103

Copyright © 2012 Cold Spring Harbour Laboratory Press; Все права защищены. Эта статья цитировалась в других статьях PMC.

Резюме

Рибопереключатели представляют собой структурированные некодирующие домены РНК, которые избирательно связывают метаболиты и контролируют экспрессию генов (Mandal and Breaker 2004a; Coppins et al.2007 г.; Рот и Брейкер, 2009). Почти все примеры известных рибопереключателей находятся в некодирующих областях матричных РНК, где они контролируют транскрипцию или трансляцию. О новых классах рибопереключателей сообщается примерно три раза в год (Ames and Breaker 2009), и было показано, что они избирательно реагируют на фундаментальные метаболиты, включая коферменты, нуклеооснования или их производные, аминокислоты и другие низкомолекулярные лиганды.

Характеристики некоторых рибопереключателей предполагают, что они могут быть современными потомками древней сенсорной и регуляторной системы, которая, вероятно, функционировала до появления ферментов и генетических факторов, состоящих из белка (Nahvi et al.2002 г.; Витрещак и др. 2004 г.; Брейкер 2006). Если это правда, то некоторые структуры и функции рибопереключателей, которые так хорошо служат современным клеткам, могут точно отражать возможности РНК-сенсоров и переключателей, существовавших в мире РНК. В этой статье будут рассмотрены некоторые характеристики современных рибопереключателей, которые могут иметь отношение к древним версиям этих РНК, чувствительных к метаболитам.

1. РИБОСВИТЧИ И ИХ ДВИЖУЩИЕСЯ ЧАСТИ

Термин «рибопереключатель» был введен для обозначения РНК, которые контролируют экспрессию генов путем связывания метаболитов без необходимости использования белковых факторов.Совсем недавно это название стало использоваться для РНК, подобных рибопереключателям, которые реагируют на изменения температуры (Johansson 2009; Klinkert and Narberhaus 2009), связывание тРНК (Gutiérrez-Preciado et al. 2009) или связывание ионов металлов (Cromie et al. и др., 2006; Данн и др., 2007). Хотя функции РНК, охватываемые этим расширенным определением, безусловно, были бы полезны в мире РНК, обсуждение в дальнейшем будет сосредоточено на рибопереключателях, которые эволюционировали, чтобы реагировать на небольшие органические соединения.

Рибопереключатели должны формировать молекулярные архитектуры достаточной сложности, чтобы выполнять две основные функции: молекулярное распознавание и конформационное переключение. Каждый из простых рибопереключателей несет один аптамер, который воспринимает один лиганд, и одну экспрессионную платформу, которая обычно контролирует экспрессию генов с помощью единого механизма. Поскольку только четыре типа мономеров используются РНК для формирования карманов селективного связывания для метаболитов-мишеней, последовательности и структуры аптамеров, как правило, поразительно хорошо сохраняются на больших расстояниях эволюции (например,г., см. Grundy and Henkin 1998; Гельфанд и др. 1999 г.; Сударсан и др. 2003 г.; Нахви и др. 2004). Это сохранение последовательности и структуры служит основанием для отнесения представителей рибопереключателей к определенным классам (). Аспекты складок третичной структуры, используемые аптамерами рибопереключателей, более подробно представлены в Garst et al. (2010).

Классы проверенных и потенциальных рибопереключателей, расположенные в порядке убывания относительно их частоты в геномах примерно 700 видов бактерий.Классы, по крайней мере, с некоторым биохимическим или генетическим подтверждением (закрашенные столбцы), названы в честь лиганда, который наиболее прочно связан. Несколько названий соединений указывают на то, что существуют варианты сайта связывания с измененной специфичностью лиганда. Кандидаты в рибопереключатели, функции связывания лиганда которых не подтверждены (незакрашенные столбцы), названы в честь генов, которые обычно связаны с мотивом.

Платформа экспрессии каждого бактериального рибопереключателя обычно расположена ниже аптамера, где он оценивает статус связывания лиганда РНК и соответствующим образом регулирует экспрессию генов (Mandal and Breaker 2004a; Barrick and Breaker 2007).Для РНК характерны альтернативные фолдинговые структуры, и различия в фолдинге могут быть использованы для влияния на несколько различных процессов, влияющих на эффективность экспрессии генов. Следовательно, платформы экспрессии имеют тенденцию быть гораздо менее консервативными в ходе эволюции по сравнению с аптамерными доменами.

Установленные или предсказанные механизмы генной регуляции, опосредованной рибопереключателем. Наиболее распространенными механизмами являются ( A ) терминация транскрипции, ( B ) инициация трансляции и ( C ) контроль сплайсинга (у эукариот).Более редкие механизмы, наблюдаемые или предсказанные у некоторых видов бактерий, включают ( D ) интерференцию транскрипции или, возможно, антисмысловое действие, ( E ) двойной контроль транскрипции и трансляции и ( F ) лиганд-зависимое саморасщепляющееся действие рибозима. Цифры в обозначении шагов, которые важны для кинетически управляемых рибопереключателей (Wickiser et al. 2005a,b; Gilbert et al. 2006). Цифры обозначают (1) сворачивание аптамера, (2) стыковку лиганда, (3) сворачивание платформы экспрессии и (4) скорость РНК-полимеразы (РНКП).В B Rho представляет собой белок терминатора транскрипции (Skordalakes and Berger 2003).

Представители всех экспериментально подтвержденных классов рибопереключателей могут связывать целевой лиганд без необходимости в белковых факторах. Кроме того, по крайней мере некоторые представители каждого класса предсказали или экспериментально доказали структуры РНК, находящиеся в платформах экспрессии, которые могли бы независимо контролировать экспрессию генов. Другими словами, одной РНК достаточно, чтобы осуществлять молекулярное распознавание и действия по контролю над генами без обязательной помощи белковых факторов.Как и в случае с древними рибозимами, любые рибопереключатели Мира РНК, вероятно, должны были бы функционировать в среде, лишенной генетически кодируемых белков. Однако белки могут быть непосредственно вовлечены в сворачивание и действие некоторых современных рибопереключателей, так же, как белковые факторы помогают крупным рибозимам, таким как РНКаза P (Sharin et al. 2005) и саморасщепляющиеся рибозимы (Halls et al. 2007).

Аптамеры могут быть структурно предварительно организованы в различной степени в отсутствие лиганда, но связывание лиганда индуцирует, по крайней мере, некоторую структурную реорганизацию или стабилизацию субструктур аптамера, что, следовательно, влияет на укладку и функцию соседней экспрессионной платформы.Именно это зависимое от метаболитов взаимодействие между аптамером и платформой экспрессии используется рибопереключателем для модуляции экспрессии генов с помощью различных механизмов.

2. СОВРЕМЕННЫЕ МЕХАНИЗМЫ КОНТРОЛЯ ГЕН С ПОМОЩЬЮ RIBOSWITCH

Один из наиболее распространенных механизмов, используемых бактериальными рибопереключателями, включает модуляцию терминации транскрипции (A) (Barrick and Breaker 2007). Формирование сильного стебля, за которым следует ряд остатков уридина, представляет собой внутренний терминатор транскрипции (Gusarov and Nudler 1999; Yarnell and Roberts 1999), который заставляет РНК-полимеразу останавливать транскрипцию и, в конечном итоге, высвобождать матрицу ДНК и зарождающийся продукт РНК.Связывание лиганда с аптамером контролирует образование стебля терминатора, обычно путем регуляции образования конкурирующей вторичной структуры или антитерминатора. Точно так же взаимоисключающие структуры пар оснований используются рибопереключателями для контроля доступа рибосом к сайту связывания рибосомы или последовательности Шайна-Дальгарно (SD), тем самым регулируя инициацию трансляции (B). Этот механизм можно использовать для регуляции трансляции полноразмерных мРНК, но, возможно, белок терминатора транскрипции Rho (Skordalakes and Berger 2003) будет распознавать зарождающиеся мРНК, которые не транслируются активно из-за контроля доступа к SD с помощью рибопереключателя, вызывая тем самым терминацию транскрипции. также.

Самый распространенный класс рибопереключателей, открытый на сегодняшний день, реагирует на кофермент тиаминпирофосфат (TPP) (Миронов и др., 2002; Винклер и др., 2002b; Баррик и Брейкер, 2007). Этот рибопереключатель довольно часто встречается у растений и грибов (Sudarsan et al. 2003), представители которых, как было показано, контролируют сплайсинг (C) (Kubodera et al. 2003; Cheah et al. 2007; Croft et al. 2007; Bocobza et al. 2007; Вахтер и др., 2007). Необходимы дополнительные данные для подтверждения предполагаемого существования класса эукариотических рибопереключателей, реагирующих на аргинин (Borsuk et al.2007), но вполне вероятно, что у эукариот будет обнаружено больше рибопереключателей, связывающих метаболиты. Поскольку эукариотические рибопереключатели TPP, по-видимому, чаще всего контролируют сплайсинг, интроны могут быть отличными носителями для экспрессии рибопереключателей и регуляторной функции и, следовательно, могут привести к будущим открытиям рибопереключателей.

В некоторых случаях у бактерий аптамер рибопереключателя находится выше по течению от внутреннего стебля терминатора транскрипции, который формируется с использованием нуклеотидов SD (D). Такое расположение должно позволять терминацию транскрипции, контролируемую метаболитами, а также обеспечивать контроль инициации трансляции для любых мРНК, прогресс транскрипции которых распространяется на кодирующую область.

Кроме того, рибопереключатели не обязательно функционируют исключительно для контроля экспрессии соседней ORF, но могут действовать бимолекулярным образом на другие РНК, даже после того, как они модулируют экспрессию локального гена. Одним из возможных примеров этого является рибопереключатель SAM-I, идентифицированный биоинформатикой (Родионов и др., 2004), который транскрибируется в противоположном направлении по отношению к генам, которые он контролирует. Экспериментальный анализ этого рибопереключателя (André et al. 2008) подтверждает выработку антисмысловой РНК в ответ на изменение уровня серы.Однако истинный механизм контроля генов может быть не из-за спаривания оснований между смысловыми и антисмысловыми транскриптами. Скорее, конкуренция между РНК-полимеразами, инициирующимися на конвергентных промоторах за транскрипцию мРНК, по сравнению с РНК, связанной с рибопереключателем, может быть доминирующим механизмом контроля (E).

Один из наиболее интересных механизмов генного контроля, опосредованного рибопереключателем, объединяет активность связывания лиганда и рибозима (F). Представители класса рибопереключателей glmS функционируют как саморасщепляющиеся рибозимы, реагирующие на метаболиты (Winkler et al.2004). Лигандом для этого рибозим-рибопереключателя является глюкозамин-6-фосфат (GlcN6P), продукт метаболизма белка, экспрессия которого контролируется РНК. Рибозимная конструкция glmS из Bacillus subtilis расщепляется с индуцированной GlcN6P константой скорости почти 100/мин (Brooks and Hampel 2009), что более чем в 1 миллиард раз превышает константу скорости спонтанного расщепления РНК. переносом фосфоэфира. Саморасщепление рибозима инициирует быстрое разрушение связанной с ним кодирующей области мРНК посредством селективной деградации нуклеазой (Collins et al.2007).

3. ВОЗМОЖНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ДЛЯ РЕГУЛИРОВАНИЯ РИБОЗИМОВ

РИБОЗИМЫ

Кажется разумным предположить, что рибозимы, регулируемые метаболитами, могли быть преобладающими в организмах мира РНК. Однако некоторые особенности механизмов рибопереключателя, описанные выше, не будут применимы в гипотетической клетке Мира РНК. Возможно, существовал механизм, включающий внутренние шпильки терминации транскрипции, но эти шпильки должны были контролировать транскрипцию с помощью рибозима РНК-полимеразы, а не белковых полимеразных ферментов.Конечно, экспрессионные платформы, контролирующие доступ рибосом к SD-последовательности, не могли иметь значения до тех пор, пока не был установлен хотя бы примитивный аппарат трансляции.

Организмы Мира РНК могли легко использовать многочисленные аллостерические рибозимы с архитектурными особенностями, подобными тем, которые были созданы в лаборатории путем слияния аптамеров с рибозимами (Breaker 2002; Silverman 2003). Такие аллостерические рибозимы могли появиться в результате перестроек генома РНК, которые помещали аптамеры рядом с рибозимами, так что модуляция структуры, опосредованная лигандом, влияет на соседнюю структуру, критическую для активности рибозимов.В качестве альтернативы лиганд мог действовать как кофактор, непосредственно участвующий в ускорении химической стадии рибозима, а не как аллостерический эффектор. Современный пример участия кофактора наблюдается с рибозимами glmS , где GlcN6P активно участвует в саморасщеплении рибозима glmS (Cochrane et al. 2009).

Саморасщепляющиеся рибозимы также могли иметь функциональных гомологов в мире РНК, которые регулировались низкомолекулярными лигандами.Было показано, что прививка аптамера к структурно чувствительной области рибозима группы I (Hougland et al. 2006) приводит к зависимому от лиганда сплайсингу и контролю генов в клетках (Thompson et al. 2002). Учитывая, что рибозимы группы I используют гуанозин или одно из его фосфорилированных производных для инициации первой стадии сплайсинга, возможно, по крайней мере, некоторые представители этих РНК служат в современных клетках рибопереключателями, реагирующими на метаболиты. Эта функция согласуется с тем фактом, что многие рибозимы группы I связаны со сходными генами, что подразумевает функциональную связь, подобную наблюдаемой между рибопереключателями и генами, которые они контролируют.Если это правда, рибозимы группы I могут быть одним из старейших и наиболее распространенных из всех известных классов рибопереключателей.

4. Функция связывания связывания лиганда и кинетика функции рибосвич

Aptamers

Aptamers рибосвич может крепко связывать их целевые лиганды со значениями констант диссоциации ( K D ), начиная от среднего микромолара, измеренного для привязки к GLCN6P на GLMS рибозимы (Winkler et al. 2004) до среднего пикомолярного диапазона, как это наблюдается у некоторых представителей рибопереключателей, которые связывают TPP (Welz and Breaker 2007), FMN (Lee et al.2009) и c-di-GMP (Сударсан и др., 2008). Для Escherichia coli наличие одной молекулы на клетку соответствует концентрации в низком наномолярном диапазоне. Таким образом, пикомолярные значения K D для аптамеров как минимум на два порядка лучше, чем требуется рибопереключателю для обнаружения таких редких соединений, как одно на клетку!

Существует несколько возможных объяснений парадокса K D и концентрации метаболитов (Ames and Breaker 2009).Возможно, условия, используемые для оценки сродства лигандов, не являются хорошим приближением к клеточным условиям, и фактические значения K D могут быть намного хуже. Также известно, что нуклеотиды, фланкирующие аптамерные домены, могут снижать измеренные значения K D , предположительно за счет формирования альтернативных складок, конкурирующих с лиганд-рецепторной структурой. Таким образом, аффинность аптамеров рибопереключателя может быть ниже в отношении зарождающихся транскриптов, поскольку они появляются из РНК-полимеразы.Другая гипотеза, которая разрешила бы это противоречие, заключается в том, что некоторые рибопереключатели могут не достигать равновесия со своим целевым метаболитом, но они полагаются на кинетику фолдинга РНК и связывания лиганда для правильной модуляции экспрессии генов. Другими словами, скорость ассоциации лиганда, а не константа равновесия, отражающая сродство к лиганду, может быть критическим фактором, определяющим концентрацию лиганда, необходимую для запуска действия рибопереключателя. Если лиганд не свяжется до того, как РНК-полимераза пройдет за стебель терминатора, транскрипция будет прогрессировать до завершения, даже если в конечном итоге произойдет связывание лиганда.

Доказательства важности кинетики связывания лиганда получены в результате анализа FMN рибопереключателя из оперона ribD B. subtilis (Wickiser et al. 2005b). Этот рибопереключатель действует посредством терминации транскрипции, в результате чего связывание лиганда позволяет сформировать терминаторный стебель (А). Исследование показало, что концентрация, необходимая для запуска эффективной терминации транскрипции, более чем в 10 раз превышает значение K D , измеренное для минимального домена аптамера.Кроме того, проведение реакций транскрипции в условиях, которые ускоряют скорость полимеризации РНК (например, повышение концентрации NTP или использование мутаций для удаления сайтов паузы РНК-полимеразы), создает потребность в еще более высокой концентрации FMN для запуска терминации.

Кинетическая функция рибопереключателя FMN. ( A ) Модели последовательности и вторичной структуры рибопереключателя ribD FMN из B. subtilis (Winkler et al. 2002a). РНК функционирует как генетический «выключатель», в котором связывание FMN стабилизирует образование P1, предотвращает образование антитерминаторного стебля и позволяет сформировать терминаторный стебель, подавляющий экспрессию генов.( B ) Упрощенная кинетическая схема функционирования рибопереключателя ribD FMN , изображенного на A . Шаги, представленные черными и серыми стрелками, приводят к терминации и продукции полноразмерной мРНК соответственно. Подробности см. в другом месте (Wickiser et al. 2005b).

Эти и связанные с ними данные (Wickiser et al. 2005a; Gilbert et al. 2006) показывают, что по крайней мере некоторые рибопереключатели управляются не термодинамически, а зависят от кинетики транскрипции, фолдинга РНК и связывания метаболитов для настройки необходимой концентрации лиганда. запустить генетический контроль.Интересно, что в некоторых случаях эта характеристика может дать рибопереключателям преимущество перед белковыми генетическими факторами (Ames and Breaker 2009). Кинетически управляемый рибопереключатель можно настроить так, чтобы он реагировал на различную концентрацию метаболита путем накопления мутаций в аптамере, которые изменяют константу скорости ассоциации лиганда. Возможно, более вероятны мутации в диапазоне нуклеотидов, связывающих аптамер с платформой экспрессии, которые изменяют время, необходимое РНК-полимеразе для достижения стебля терминатора.Кинетически управляемые рибопереключатели могут снижать или повышать концентрацию, необходимую для запуска функции, просто вставляя или удаляя нуклеотиды в этом линкере соответственно. Рибопереключатели Мира РНК, возможно, использовали подобные характеристики, чтобы испытать более плавный эволюционный ландшафт, где функциональная настройка могла происходить за счет мутаций вне связывающих и каталитических участков рецепторов и рибозимов.

5. СКОЛЬКО СУЩЕСТВУЕТ В НАСТОЯЩЕЕ ВРЕМЯ КЛАССОВ RIBOSWITCH?

Точное определение того, что представляет собой отличительный класс рибопереключателей, может быть затруднено из-за различий в последовательности, структуре и функции аптамеров.Например, одна или несколько мутаций в ядре гуаниновых аптамеров рибопереключателя могут изменять специфичность лиганда к аденину (Mandal and Breaker 2004b) или 2′-дезоксигуанозину (Kim et al. 2007), соответственно. Эти мутации приводят к изменениям кармана связывания, но глобальная архитектура РНК остается в основном неизменной (Serganov et al. 2004; Edwards and Batey 2009). Альтернативно, некоторые аптамеры рибопереключателя несут существенные различия в последовательности и структурных элементах, которые удалены от их почти идентичных ядер связывания лиганда (см. обсуждение рибопереключателя SAM позже).Алгоритмы сравнительного анализа последовательностей объединяют эти РНК в разные группы, несмотря на тот факт, что они используют сходные сайты связывания для связывания одного и того же лиганда (Weinberg et al. 2008).

На основе консервативного подхода к классификации было идентифицировано в общей сложности 17 классов рибопереключателей, по крайней мере с некоторой экспериментальной проверкой, в которых представители сгруппированы либо по сходной глобальной архитектуре, либо по сходной архитектуре сайта связывания (). Также было идентифицировано по крайней мере семь классов-кандидатов на рибопереключатели, хотя для этих кандидатов не сообщалось о доказательствах связывания метаболитов.Анализ количества представителей в каждом классе может быть проведен, чтобы определить, были ли описаны почти все классы рибопереключателей или же еще предстоит открыть много других (Ames and Breaker 2009).

Есть несколько причин, по которым важно оценить, сколько классов рибопереключателей еще может быть открыто в современных клетках. С точки зрения RNA World, каждое новое открытие рибопереключателя дает дополнительную информацию о структурном потенциале, который примитивные организмы могли использовать давным-давно.Конечно, может быть трудно или даже невозможно доказать, что данный класс рибопереключателей является прямым потомком класса, существовавшего в рибоорганизме. Тем не менее, эти открытия также обеспечивают более полное понимание роли, которую играют РНК, чувствительные к метаболитам, в современных клетках. Обнаружение последовательностей рибопереключателей в геномах организмов позволяет выявить новые генетические регулоны для соединений, которые распознаются РНК (например, см. Sudarsan et al. 2008). Связывание генов с неизвестной функцией со специфическими метаболитами через сети регуляции рибопереключателей дает подсказки, полезные для установления функции белка.Более того, если некоторые из этих рибопереключателей контролируют ключевые метаболические процессы в патогенных организмах, то они могут служить новыми мишенями для разработки антибактериальных соединений (Blount, Breaker, 2006; Breaker, 2009).

График классов рибопереключателей в порядке убывания частоты встречаемости () показывает, что количество представителей этих классов не сортируется случайным образом. Если предположить, что алгоритмы поиска в биоинформатике, используемые для идентификации новых классов, выявляют наиболее распространенные примеры в базах данных последовательностей, то, естественно, появляется все больше классов, которые имеют все меньше представителей.Это распределение похоже на ожидаемое для явлений, которые следуют степенному закону (Ames and Breaker 2009). Если эта связь сохраняется, то мы предполагаем, что более 100 новых классов рибопереключателей могут существовать даже у примерно 700 видов бактерий, чьи геномы были полностью секвенированы. Фактическое количество классов бактериальных рибопереключателей, которые в конечном итоге будут обнаружены, может быть намного больше из-за огромного количества новой информации о геномной ДНК, которую еще предстоит секвенировать.

6.ЧТО-ТО ОСОБЕННОЕ В СЭМЕ?

S -аденозилметионин (SAM; A) представляет собой кофермент, полученный путем слияния аминокислоты l-метионина с АТФ, при котором удаляется трифосфатная часть АТФ. Соединения, такие как SAM и другие нуклеотидоподобные коферменты, были предложены как реликвии из мира РНК (White III 1976). Таким образом, организмы мира РНК нуждались в рибозимах для синтеза этого соединения, вероятно, использовали аптамеры для восприятия этого соединения и использовали рибозимы, которые использовали это соединение в качестве метилирующего агента.Когда SAM используется в качестве кофермента для реакций метилирования, побочным продуктом после переноса метильной группы является S -аденозилгомоцистеин (SAH; A). Это соединение похоже по структуре на SAM, что создает значительные трудности в молекулярном распознавании для ферментов и рецепторов, которым необходимо избирательно связывать только SAM или только SAH. Однако эта точная молекулярная дискриминация важна, потому что SAH токсичен для клеток и его необходимо избирательно перерабатывать для регенерации SAM.

Аптамеры Riboswitch, которые реагируют на кофермент SAM или его метаболическое производное SAH.( A ) Химическая структура SAM и SAH. ( B ) Три варианта класса аптамеров SAM-I. Несмотря на существенные различия в последовательности и структурных субдоменах, семейства аптамеров SAM-I (Grundy and Henkin 1998), SAM-IV (Weinberg et al. 2008) и SAM-I/SAM-IV (Weinberg et al. 2010) несут общую лиганд-связывающее ядро ​​(нуклеотиды, заштрихованные зеленым), включая идентичность нуклеотидов, которые непосредственно контактируют с SAM (красные полужирные буквы). ( C ) Второе суперсемейство специфичных для SAM рибопереключателей использует либо SAM-II (Corbino et al.2005) или семейства аптамеров SAM-V (Poiata et al. 2009), которые также несут общее связывающее лиганд ядро. Аннотации соответствуют описанию для B . ( D ) Последовательность и структурные особенности аптамеров SAM-III (Fuchs et al. 2006), представляющих третий класс SAM-специфических рибопереключателей. ( E ) Последовательность и структурные особенности аптамеров SAM/SAH (Weinberg et al. 2010), которые генетически отслеживают рибопереключатели SAM, но более прочно связывают SAH. ( F ) Отдельный класс аптамеров, которые генетически отслеживают рибопереключатели SAH и избирательно связывают SAH, в то же время сильно дискриминируя SAM (Wang et al.2008).

Интересно, что существует по крайней мере пять различных классов рибопереключателей, которые связывают SAM или его производное SAH (Wang and Breaker 2008). Рибопереключатели SAM-I (B) строго различают SAM и SAH, используя карбонильные атомы кислорода (O2) двух остатков U для создания частично отрицательно заряженной поверхности, которая притягивает характерный положительный заряд, присутствующий на сере SAM (Montange and Batey 2006). ). Консервативные нуклеотиды, образующие связывающий карман аптамеров SAM-I, также присутствуют в двух дополнительных структурных семействах SAM-IV (Weinberg et al.2008) и SAM-I/SAM-IV (Вайнберг и др., 2010). Хотя эти три структурных семейства были обнаружены в разное время, поскольку они сгруппированы отдельно с помощью алгоритмов биоинформатики, они, по-видимому, используют разные вспомогательные структуры для формирования идентичных лиганд-связывающих ядер.

Аналогичная ситуация наблюдается для рибопереключателей SAM-II и SAM-V (C). Аптамеры рибопереключателя SAM-II (Corbino et al. 2005) образуют связывающий карман, который частично избирательно распознает SAM за счет использования карбонильных атомов кислорода (O4) для связывания положительного заряда серы (Gilbert et al.2008). Аптамеры SAM-V (Poiata et al. 2009) представляют другой структурный член семейства, но представители несут отличительные последовательности, которые фланкируют предполагаемое связывающее лиганд ядро, которое, по-видимому, идентично таковому, образованному SAM-II. Неясно, возникли ли члены структурных суперсемейств, чаще всего представленных рибопереключателями SAM-I и SAM-II, путем дивергентной или конвергентной эволюции, но их существование помогает продемонстрировать разнообразие структур, которые могут использоваться РНК для поддержки образования идентичные карманы связывания метаболитов.

Рибопереключатели SAM-III или SMK (Fuchs et al. 2006) представляют собой третий отдельный класс SAM-связывающих РНК. Опять же, SAM связан более прочно, чем SAH, в значительной степени за счет использования положительного заряда серы, который распознается карбонильным кислородом (O4) остатка U (Lu et al. 2008). В остальном лиганд-связывающее ядро ​​отличается от двух классов, обсуждавшихся ранее. Интересно отметить, что аптамеры рибопереключателя, исследованные подробно до сих пор, полагаются только на карбонильные атомы кислорода из остатков U для взаимодействия с положительным зарядом серы.Атомы фосфатного кислорода, по-видимому, идеально подходят для ассоциации с положительно заряженными лигандами, и все же на сегодняшний день не обнаружено никаких рибопереключателей SAM, использующих это возможное взаимодействие.

Существует четвертый отдельный класс рибопереключателей SAM, но представители этого класса не проводят строгого различия между SAM и SAH. Аптамеры SAM/SAH (Weinberg et al. 2010) исключительно малы для природных РНК, связывающих метаболиты (всего 43 нуклеотида), и на самом деле связывают SAH как минимум в пять раз прочнее, чем SAM.Однако этот мотив всегда генетически связан с генами биосинтеза SAM, что позволяет предположить, что SAM является биологически значимым лигандом. Скорее всего, SAH не достигает концентрации, необходимой для неадекватного запуска функции рибопереключателя.

Гораздо большая дискриминация в пользу SAH и против SAM достигается с помощью пятого отдельного класса рибопереключателей в этой серии (Wang et al. 2008). Рибопереключатели SAH генетически связаны с генами ферментов, которые расщепляют SAH, чтобы предотвратить его токсическое накопление, и которые перерабатывают компоненты для регенерации SAM.Учитывая, что концентрации SAM, вероятно, выше, чем концентрации SAH, рибопереключатели SAH должны сильно дискриминировать SAM. Действительно, репрезентативный рибопереключатель SAH, по-видимому, дискриминирует SAM примерно в 1000 раз. Это различение предположительно может быть достигнуто за счет образования кармана связывания SAH, который создает стерический блок дополнительной метильной группы на SAM.

Судя по текущим данным, нет ничего особенного в SAM как лиганде рибопереключателя.Существование разнообразных рибопереключающих аптамеров для SAM и SAH, по-видимому, связано с важностью, которую клетки придают восприятию этих лигандов, и, возможно, в большей степени из-за богатого структурного потенциала, на который может полагаться РНК для формирования селективных связывающих карманов для метаболитов. В качестве доказательства этого структурного потенциала мы обнаруживаем, что несколько классов рибопереключателей эволюционировали, чтобы ощущать другие метаболиты, включая preQ1 (Roth et al. 2007; Meyer et al. 2008). Тот же самый структурный потенциал, конечно, был бы доступен и организмам из мира РНК.

7. УВЕЛИЧЕНИЕ ВОЗМОЖНОСТЕЙ ЗА СЧЕТ КОМПОНЕНТОВ РИБОСВИЧА

Архитектура простых рибопереключателей, состоящих из одного аптамера и одной платформы экспрессии, имеет очень ограниченные функциональные возможности. Наиболее очевидным является тот факт, что рибопереключатель будет реагировать только на свой лиганд-мишень или, возможно, также на близкий химический аналог, который также может присутствовать в клетке. Кроме того, кривая доза-реакция для простого рибопереключателя не может быть лучше, чем соответствовать функциональному оптимуму для взаимно-однозначного взаимодействия между рецептором и его лигандом.В частности, простой рибопереключатель, который функционирует до совершенства, потребует 81-кратного изменения концентрации лиганда, чтобы перейти от 10% к 90% генной модуляции (B). Если некоторые из создаваемых рибопереключающих РНК не будут функционировать должным образом, например, из-за проблем с укладкой, тогда динамический диапазон для контроля генов будет уменьшен, а динамический диапазон для восприятия лиганда может быть расширен.

Кинетика связывания для простых рибопереключателей или сложных рибопереключателей, использующих кооперативное связывание, или тандемную архитектуру с использованием рибопереключателей того же класса.( A ) Кривая доза-реакция для типичного рибопереключателя, несущего единственный аптамер, который отлично функционирует. Обратите внимание, что на графике представлена ​​производительность популяции отдельных молекул рибопереключателей, где [R] представляет долю рибопереключателей, вызывающих изменение экспрессии генов при связывании лиганда. Концентрация лиганда [L] выражена в произвольных единицах, а T 50 (Wickiser et al. 2005b) представляет собой концентрацию лиганда, необходимую для полумаксимальной модуляции экспрессии гена. ( B ) Сравнение кривой доза-реакция для простого рибопереключателя (один аптамер и одна платформа экспрессии) по сравнению с кооперативным рибопереключателем (два аптамера и одна платформа экспрессии).Кривая кооперативного рибопереключателя отражает идеальную кооперативность между аптамерами и коэффициент Хилла ( n ), равный двум. Обратите внимание, что [Y], доля рибопереключателей, связанных лигандом, эквивалентна [R], если связывание лиганда всегда вызывает изменение экспрессии гена. ( C ) Сравнение кривой доза-реакция для простого рибопереключателя и тандемного расположения независимо функционирующих рибопереключателей того же класса и почти идентичных значений T 50 . Другие аннотации описаны в A и B .(Адаптировано с разрешения Welz and Breaker 2007.)

Эти биохимические закономерности для простых рибопереключателей накладывают серьезные ограничения на рабочие характеристики РНК, воспринимающих метаболиты. Однако современные организмы (и, вероятно, их предки из Мира РНК) нашли способы преодолеть биохимические ограничения простых рибопереключателей. Например, рибопереключатели для аминокислоты глицина обычно несут два аптамера и только одну платформу экспрессии (А). Эти аптамеры функционируют совместно, так что связывание глицина одним аптамером увеличивает сродство связывания глицина с соседним аптамером.Эта кооперативная функция связывания позволяет рибопереключателю демонстрировать гораздо более узкий динамический диапазон восприятия лиганда, что приводит к генетическому переключателю, который имеет более цифровой характер (B).

Архитектура и функции тандемных рибопереключателей. ( A ) Система кооперативного глицинового рибопереключателя, которая дает более цифровой генетический ответ у многих грамположительных бактерий, включая 5′-UTR гена B. subtilis gcvT (Mandal et al. 2004). ( B ) Тандемные рибопереключатели TPP из 5′-UTR гена метаболизма тиамина tenA из Bacillus anthracis (Welz and Breaker 2007).( C ) Тандемные рибопереключатели SAM-II и SAM-V, идентифицированные в океанских бактериях, таких как « Cand. P. ubique» (Poiata et al. 2009). ( D ) Булев логический вентиль НЕ-ИЛИ с двумя входами, состоящий из тандемных рибопереключателей для SAM и AdoCbl, расположенных в гене metE из Bacillus clausii (Sudarsan et al. 2006).

Связывание лиганда глициновым рибопереключателем из Vibrio cholerae , который включает два кооперативных аптамера, показывает коэффициент Хилла, равный 1.64 (Мандал и др., 2004). Это значение не достигает совершенства, но должно давать клеткам, несущим кооперативные аптамеры, эволюционное преимущество. Многие глициновые рибопереключатели контролируют экспрессию генов, белковые продукты которых образуют систему расщепления глицина, что позволяет клеткам использовать избыток глицина в качестве источника энергии. По-видимому, некоторые клетки используют кооперативный рибопереключатель для более быстрой продукции белков для расщепления глицина, когда аминокислота находится в небольшом избытке, а затем отключают производство системы расщепления глицина до того, как концентрация глицина упадет до точки, которая может поставить под угрозу синтез белков.

Также существуют другие конфигурации рибопереключателей с тандемным расположением, которые дополнительно расширяют функциональные характеристики РНК, связывающих метаболиты. Например, наблюдался тип архитектуры тандемного рибопереключателя, который может производить более цифровой генетический ответ без кооперативного связывания лиганда. Два независимо функционирующих рибопереключателя из одного и того же класса (или воспринимающие один и тот же лиганд) могут встречаться в одной и той же мРНК, что приводит к более крутой кривой доза-реакция, чем у одного рибопереключателя (b).Пример такого типа системы контроля генов у Bacillus anthracis состоит из двух рибопереключателей TPP (Sudarsan et al. 2006; Welz and Breaker 2007). Если концентрации лиганда, необходимые для полумаксимальной модуляции экспрессии гена (значения T 50 ), почти идентичны, то для прогресса от 10% до 90% модуляции гена требуется только 40-кратное изменение концентрации лиганда.

Очень похожий тип архитектуры тандемного рибопереключателя недавно наблюдался у Candidatus pelagibacter ubique (Poiata et al.2009). Эта компоновка состоит из представителей классов рибопереключателей SAM-II и SAM-V (C). Рибопереключатель SAM-II возникает первым в зарождающейся мРНК и имеет платформу экспрессии, которая включает внутренний терминаторный стебель. Рибопереключатель SAM-V появляется вторым и, вероятно, контролирует экспрессию генов, регулируя доступ к сайту связывания рибосомы. Такое расположение может дать более цифровую кривую доза-реакция, как описанные выше тандемные рибопереключатели TPP. Кроме того, две различные платформы экспрессии, которые контролируют либо транскрипцию, либо трансляцию, обеспечивают особенно экономичный генетический переключатель.Если концентрации SAM адекватны, вновь инициированные транскрипты терминируются рибопереключателем SAM-II до образования кодирующей области. Если концентрации SAM становятся адекватными только после образования полной мРНК, то рибопереключатель SAM-V может подавлять трансляцию, не требуя деградации мРНК. Эта возможность может быть особенно полезной для организмов, живущих в среде с постоянным дефицитом питательных веществ.

Хотя простые рибопереключатели реагируют только на один тип лиганда, это ограничение в сложности передачи сигналов может быть преодолено путем объединения тандемных рибопереключателей из разных классов связывания лигандов таким образом, чтобы экспрессия гена реагировала более чем на один химический сигнал (D).Действительно, естественный пример такого булева логического вентиля с двумя входами наблюдался в мРНК metE из бактерии Bacillus clausii (Sudarsan et al. 2006). Аптамер рибопереключателя SAM-I предшествует аптамеру для AdoCbl, и каждый аптамер связан со своим собственным внутренним терминаторным стеблем. Связывание либо SAM, либо AdoCbl вызывает терминацию транскрипции до образования кодирующей области мРНК, и, таким образом, тандемное расположение функционирует как логические ворота NOR.

Примеры, описанные выше, несомненно, являются лишь небольшим примером того, как рибопереключатели могут быть соединены или объединены с другими функциональными доменами для создания еще более сложных устройств РНК.Многие типы РНК-переключателей создаются (или воссоздаются) в лабораториях молекулярными инженерами (Breaker 2004; Silverman 2003). Напр., интеграция множественных аптамеров в структурно чувствительный участок рибозима в виде головки молотка продуцирует кооперативный аллостерический рибозим, который функционирует как логический вентиль И (Jose et al. 2001). Эта конструкция РНК включает в себя несколько свойств природных рибопереключателей с функцией рибозима, что является лишь одним из примеров невероятной сложности функций, которые могут быть достигнуты с помощью РНК.Хотя в современных клетках может быть небольшая потребность в контроле функций рибозимов с использованием аптамеров в качестве сайтов аллостерического связывания, организмы мира РНК могли широко использовать рибозимы, кинетика реакции которых контролировалась аптамерами, связывающими метаболиты, интегрированными в их структуры. Конечно, рибопереключатели из мира РНК не обязательно должны были нести платформы экспрессии, подобные тем, что имеются в современных клетках, но могли использовать другие структурные изменения, опосредованные лигандами, для регуляции ранних метаболических процессов.

8. ПРОИСХОЖДЕНИЕ РИБОСВИЧОВ

Тот факт, что некоторые современные клетки доверяют рибопереключателям воспринимать многие соединения и регулировать ключевые метаболические гены, убедительно подтверждает гипотезу о том, что организмы мира РНК могли использовать аналогичные датчики и переключатели на основе РНК. Однако мы не можем предполагать, что все современные рибопереключатели являются прямыми потомками гомологичных рибопереключателей из мира РНК. Биологические инновации с РНК-полимерами не прекратились бы с появлением белков, поэтому новые или заново изобретенные классы рибопереключателей, вероятно, продолжают появляться.

Некоторые классы рибопереключателей, особенно те, которые воспринимают TPP, AdoCbl и FMN, исключительно широко распространены (Barrick and Breaker 2007). Более того, предполагается, что эти лиганды-рибопереключатели являются молекулярными реликвиями из мира РНК (White 1976, Benner et al. 1989). Именно такие характеристики можно ожидать от рибопереключателей древнего происхождения. Кроме того, наиболее распространенные классы рибопереключателей имеют одни из самых сложных структур аптамеров, и вряд ли эти богатые информацией структуры часто возникают в ходе эволюции.Скорее, широко распространенные сложные рибопереключатели, скорее всего, имеют раннее происхождение и, возможно, мир РНК.

Напротив, более узко распространенные рибопереключатели с менее сложной структурой могут представлять собой более поздние эволюционные изобретения. Даже относительно широко распространенные рибопереключатели с упрощенными аптамерами, такие как те, которые связывают пурины (Kim and Breaker 2008) или preQ 1 (Roth et al. 2007), могут быть заново изобретены, а не происходить непосредственно от первичных гомологов. Возможно, современные классы аптамеров рибопереключателей имеют смешанное происхождение; некоторые из них появились относительно недавно, чтобы удовлетворить новые регуляторные потребности, в то время как другие представляют собой непрерывную структурную и функциональную линию от РНК, мало изменившихся со времен Мира РНК.

Одна интригующая гипотеза состоит в том, что некоторые рибопереключающие аптамеры, особенно те, которые связывают коферменты, могут быть потомками древних рибозимов, которые синтезировали эти коферменты или использовали их для катализа метаболических реакций. И кофермент-зависимый рибозим, и кофермент-чувствительный рибопереключатель должны образовывать карман селективного связывания для соединения, и поэтому вполне вероятно, что некоторые последовательности РНК, которые функционируют как рибозимы, могут быть очень близки в пространстве последовательностей к тем, которые функционируют как рибозимы. рибопереключатели ().

Возможный путь происхождения современных рибопереключателей от рибозимов Мира РНК. В качестве примера произвольно выбраны SAM-зависимые РНК. ( Стадия I ) Появление рибозимов, синтезирующих SAM. Рибозимы могли связывать метионин с 5′-концевой частью АТФ или связывать метионин со свободным субстратом АТФ. ( Стадия II ) Использование SAM различными рибозимами метилтрансферазы. В сложном мире РНК могли присутствовать различные рибозимы метилтрансфераз, которые использовали SAM в качестве простетической группы или в качестве диффундирующего кофактора.( Stage III ) Кооптация субдоменов рибозимов для создания переключателей РНК. Аллостерические системы, контролирующие функцию рибозимов или контролирующие биосинтез новых РНК, могли использовать вариантные SAM-связывающие домены некоторых рибозимов метилтрансфераз. ( Стадия IV ) Стойкость древних аптамеров, связывающих SAM, и их использование в современных рибопереключателях. (Адаптировано с разрешения Breaker 2006.)

9. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Существование столь многих классов рибопереключателей, участвующих в ключевых регуляторных процессах, подтверждает гипотезу о том, что организмы мира РНК могли использовать структурный и функциональный потенциал аптамеры для создания сложных сенсорных и регуляторных сетей без необходимости в белках.Также, как и в случае с современными организмами, когда для регуляторной задачи требуются более сложные биохимические функции, можно собрать несколько рибопереключателей с различной архитектурой, чтобы обеспечить более сложные РНК-устройства. Тандемные аптамеры, которые дают больше цифровых генетических ответов, мультимеханизм генного контроля или функцию логических вентилей, являются результатом простого прививки частей двух или более рибопереключателей вместе. Поскольку примеры сложных рибопереключателей успешно конкурируют с белками за ответственные роли в современных клетках, есть основания полагать, что организмы Мира РНК могли использовать подобные РНК для регуляции очень сложных метаболических состояний до появления белков.

Существует также значительный потенциал использования рибопереключателей для практического применения. Существующие рибопереключатели могут быть слиты с кодирующими областями для создания генетических конструкций, контролируемых лигандами. Реверс-инжиниринг природных рибопереключателей может помочь в создании дизайнерских рибопереключателей для расширения инструментов, доступных для генетических исследований (Suess and Weigand 2008). Кроме того, аналоги лигандов рибопереключателей можно использовать для дерегуляции ключевых метаболических путей у бактерий и, таким образом, они могут служить новыми классами антибиотиков (Blount and Breaker 2006; Breaker 2009).Поэтому продолжающееся открытие и анализ рибопереключателей должны помочь усилиям по созданию молекулярных инструментов и мишеней для лекарств из РНК, а также предоставить современные примеры РНК, функции которых могут близко имитировать функции из мира РНК.

БЛАГОДАРНОСТЬ

Исследования РНК в лаборатории Breaker поддерживаются Медицинским институтом Говарда Хьюза и грантами Национального института здравоохранения.

Сноски

Редакторы: Джон Ф. Аткинс, Рэймонд Ф. Гестеланд и Томас Р.Cech

Дополнительные перспективы мира РНК доступны на сайте www.cshperspectives.org

ССЫЛКИ

  • André G, et al. 2008. Рибопереключатели S-box и T-box и антисмысловая РНК контролируют оперон метаболизма серы Clostridium acetobutylicum . Нуклеиновые Кислоты Res 36: 5955–5969 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Ames TD, Breaker RR 2009. Открытие и анализ бактериального рибопереключателя. В кн.: Химическая биология нуклеиновых кислот, Мейер Г., изд., Джон Вили и сыновья, ООО; (в печати) [Google Scholar]
  • Barrick JE, Breaker RR 2007. Распределение, механизмы и структуры рибопереключателей, связывающих метаболиты. Геном Биол 8: Р239. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Benner SA, Ellington AD, Tauer A 1989. Современный метаболизм как палимпсест мира РНК. Proc Natl Acad Sci USA 86: 7054–7058 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Блаунт К.Ф., Брейкер Р.Р. 2006. Рибопереключатели как мишени для антибактериальных препаратов.Нат Биотехнолог 24: 1558–1564 [PubMed] [Google Scholar]
  • Бокобза С., Адато А., Мандель Т., Шапира М., Нудлер Э., Ахарони А. 2007. Зависимая от рибопереключателя регуляция генов и ее эволюция в царстве растений. Гены Дев 21: 2874–2879 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Borsuk P, Przykorska A, Blachnio K, Koper M, Pawlowicz JM, Pekala M, Weglenski P 2007. L-аргинин влияет на структуру и функцию мРНК аргиназы в Aspergillus nidulans . Биол Хим 388: 135–144 [PubMed] [Google Scholar]
  • Breaker RR 2002.Спроектированные аллостерические рибозимы как компоненты биосенсора. Курр Опин Биотехнолог 13: 31–39 [PubMed] [Google Scholar]
  • Breaker RR 2004. Природные и искусственные нуклеиновые кислоты как инструменты для изучения биологии. Природа 432: 838–845 [PubMed] [Google Scholar]
  • Breaker RR 2006. Рибопереключатели и мир РНК. В: Мир РНК, 3-е изд., Гестеланд Р.Ф., Чех Т.Р., Аткинс Дж.Ф., ред., Cold Spring Harbour Laboratory Press, стр. 89–107 [Google Scholar]
  • Breaker RR 2009. Рибопереключатели: от древних систем контроля генов до современных мишеней для лекарств.Будущая микробиология 4: 771–773 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Brooks KM, Hampel KJ 2009. Ограничивающая скорость конформационная стадия каталитического пути рибозима glmS. Биохимия 48: 5669–5678 [PubMed] [Google Scholar]
  • Чеа М.Т., Вахтер А., Сударсан Н., Брейкер Р.Р. 2007. Контроль альтернативного сплайсинга РНК и экспрессии генов с помощью эукариотических рибопереключателей. Природа 447: 497–500 [PubMed] [Google Scholar]
  • Cochrane JC, Lipchock SV, Smith KD, Strobel SA 2009.Структурная и химическая основа связывания глюкозамин-6-фосфата и активации рибозима glmS. Биохимия 48: 3239–3246 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Collins JA, Irnov I, Baker S, Winkler WC 2007. Механизм дестабилизации мРНК рибозимом glmS. Гены Дев 21: 3356–3368 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Coppins RL, Hall KB, Groisman EA 2007. Сложный мир рибопереключателей. Курр Опин Микробиол 10: 176–181 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Corbino KA, Barrick JE, Lim J, Welz R, Tucker BJ, Puskarz I, Mandal M, Rudnick ND, Breaker RR 2005.Доказательства второго класса S -аденозилметиониновых рибопереключателей и других мотивов регуляторной РНК у α-протеобактерий. Геном Биол 6: Р70. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Croft MT, Moulin M, Webb ME, Smith AG 2007. Биосинтез тиамина у водорослей регулируется рибопереключателями. Proc Natl Acad Sci 104: 20770–20775 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Cromie MJ, Shi Y, Latifi T, Groisman EA 2006. Сенсор РНК для внутриклеточного Mg 2+ .Клетка 125: 71–84 [PubMed] [Google Scholar]
  • Dann CE 3rd, Wakeman CA, Sieling CL, Baker SC, Ironv I, Winkler WC 2007. Структура и механизм металлочувствительной регуляторной РНК. Клетка 130: 878–892 [PubMed] [Google Scholar]
  • Edwards AL, Batey RT 2009. Структурная основа распознавания 2′-дезоксигуанозина пуриновым рибопереключателем. Джей Мол Биол 385: 938–948 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Fuchs RT, Grundy FJ, Henkin TM 2006. Блок S MK представляет собой новую SAM-связывающую РНК для трансляционной регуляции SAM-синтазы.Nat Struct Мол Биол 13: 226–233 [PubMed] [Google Scholar]
  • Garst AD, Edwards AL, Batey RT 2010. Рибопереключатели: конструкции и механизмы. Колд Спринг Харб Перспект Биол [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]
  • Гельфанд М.С., Миронов А.А., Йомантас Ю., Козлов Ю.И., Перумов Д.А. 1999. Консервативный элемент структуры РНК, участвующий в регуляции генов синтеза рибофлавина у бактерий. Тенденции Жене 15: 439–442 [PubMed] [Google Scholar]
  • Gilbert SD, Rambo RP, Van Tyne D, Batey RT 2008.Структура рибопереключателя SAM-II, связанного с S -аденозилметионином. Nat Struct Мол Биол 15: 177–182 [PubMed] [Google Scholar]
  • Gilbert SD, Stoddard CD, Wise SJ, Batey RT 2006. Термодинамическая и кинетическая характеристика связывания лиганда с аптамерным доменом пуринового рибопереключателя. Джей Мол Биол 359: 754–768 [PubMed] [Google Scholar]
  • Grundy FJ, Henkin TM 1998. Регулон S-бокса: новая глобальная система контроля терминации транскрипции для генов биосинтеза метионина и цистеина у грамположительных бактерий.Мол Микробиол 30: 737–749 [PubMed] [Google Scholar]
  • Гусаров И., Нудлер Э. 1999. Механизм внутренней терминации транскрипции. Мол Ячейка 3: 495–504 [PubMed] [Google Scholar]
  • Gutiérrez-Preciado A, Henkin TM, Grundy FJ, Yanofsky C, Merino E 2009. Биохимические особенности и функциональные последствия регуляторной системы T-box на основе РНК. Микробиол Мол Биол Рев 73: 36–61 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Halls C, Mohr S, Del Campo M, Yang Q, Jankowsky E, Lambowitz AM 2007.Участие белков DEAD-box в сплайсинге интронов I и II групп. Биохимическая характеристика Mss116p, механизмы, зависящие от гидролиза АТФ и независимые от гидролиза, и общая активность РНК-шаперона. Джей Мол Биол 365: 835–855 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Hougland JL, Piccirilli JA, Forconi M, Lee J, Herschlag D 2006. Как работает интрон группы I: тематическое исследование структуры и функции РНК. В: Мир РНК, 3-е изд., Гестеланд Р.Ф., Чех Т.Р., Аткинс Дж.Ф., ред., Cold Spring Harbour Laboratory Press, стр.133–205 [Google Scholar]
  • Йоханссон Дж. 2009. РНК-термосенсоры у бактериальных патогенов. Контриб микробиол 16: 150–160 [PubMed] [Google Scholar]
  • Jose A, Soukup GA, Breaker RR 2001. Кооперативное связывание эффекторов аллостерическим рибозимом. Нуклеиновые Кислоты Res 29: 1631–1637 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Kim JN, Breaker RR 2008. Чувствительность пуринов с помощью рибопереключателей. Биол Клетка 100: 1–11 [PubMed] [Google Scholar]
  • Ким Дж. Н., Рот А., Брейкер Р. Р. 2007.Варианты гуанинового рибопереключателя из Mesoplasma florum избирательно распознают 2′-дезоксигуанозин. Proc Natl Acad Sci 104: 16092–16097 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Klinkert B, Narberhaus F 2009. Микробные термосенсоры. Cell Mol Life Sci 66: 2661–2676 [PubMed] [Google Scholar]
  • Kubodera T, et al. 2003. Регулируемая тиамином экспрессия гена Aspergillus oryzae thiA требует сплайсинга интрона, содержащего домен, подобный рибопереключателю, в 5′-UTR.FEBS Lett 555: 516–520 [PubMed] [Google Scholar]
  • Lee ER, Blount KF, Breaker RR 2009. Розеофлавин представляет собой природное антибактериальное соединение, которое связывается с рибопереключателями FMN и регулирует экспрессию генов. РНК Биол 6: 187–194 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Lu C, Smith AM, Fuchs RT, Ding F, Rajashankar K, Henkin TM, Ke A 2008. Кристаллические структуры рибопереключателя SAM-III/S MK раскрывают SAM-зависимый механизм ингибирования трансляции. Nat Struct Мол Биол 15: 1076–1083 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Mandal M, Breaker RR 2004а.Регуляция генов рибопереключателями. Nat Rev Mol Cell Biol 5: 451–463 [PubMed] [Google Scholar]
  • Mandal M, Breaker RR 2004б. Адениновые рибопереключатели и активация генов путем нарушения терминатора транскрипции. Nat Struct Мол Биол 11: 29–35 [PubMed] [Google Scholar]
  • Mandal M, Lee M, Barrick JE, Weinberg Z, Emilsson GM, Ruzzo WL, Breaker RR 2004. Зависимый от глицина рибопереключатель, использующий кооперативное связывание для контроля экспрессии генов. Наука 306: 275–279 [PubMed] [Google Scholar]
  • Мейер М.М., Рот А., Червин С.М., Гарсия Г.А., Брейкер Р.Р. 2008.Подтверждение второго природного класса аптамеров preQ 1 у бактерий Streptococceae. РНК 14: 685–695 [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]
  • Миронов А.С., Гусаров И., Рафиков Р., Лопес Л.Е., Шаталин К., Кренева Р.А., Перумов Д.А., Нудлер Э. 2002. Обнаружение небольших молекул зарождающейся РНК: механизм контроля транскрипции у бактерий. Клетка 111: 747–756 [PubMed] [Google Scholar]
  • Montange RK, Batey RT 2006. Структура регуляторного элемента мРНК рибопереключателя S -аденозилметионина.Природа 441: 1172–1175 [PubMed] [Google Scholar]
  • Нахви А., Баррик Дж. Э., Брейкер Р. Р. 2004. Коэнзим B 12 Рибопереключатели являются широко распространенными элементами генетического контроля у прокариот. Нуклеиновые Кислоты Res 32: 143–150 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Нахви А., Сударсан Н., Эберт М.С., Цзоу X, Браун К.Л., Брейкер Р.Р. 2002. Генетический контроль с помощью мРНК, связывающей метаболит. Химия Биол 9: 1043–1049 [PubMed] [Google Scholar]
  • Poiata E, Meyer MM, Ames TD, Breaker RR 2009.Вариант класса аптамеров рибопереключателя для S-аденозилметионина, распространенного у морских бактерий. РНК 15: 2046–2056 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Родионов Д.А., Витрещак А.Г., Миронов А.А., Гельфанд М.С. 2004. Сравнительная геномика метаболизма метионина у грамположительных бактерий: разнообразие регуляторных систем. Нуклеиновые Кислоты Res 32: 3340–3353 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Roth A, Breaker RR 2009. Структурное и функциональное разнообразие рибопереключателей, связывающих метаболиты.Анну Рев Биохим 78: 305–334 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Roth A, Winkler WC, Regulski EE, Lee BW, Lim J, Jona I, Barrick JE, Ritwick A, Kim JN, Welz R, et др. 2007. Рибопереключатель, селективный в отношении предшественника кевеозина preQ 1 , содержит необычно маленький аптамерный домен. Nat Struct Мол Биол 14: 308–317 [PubMed] [Google Scholar]
  • Шарин Э., Шейн А., Манн Х., Бен-Асули Ю., Джаррус Н. 2005. РНКаза P: роль различных белковых кофакторов в распознавании субстрата тРНК и катализе на основе РНК.Нуклеиновые Кислоты Res 33: 5120–5132 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Silverman SK 2003. Руб Голдберг переходит на (рибо)ядерную энергетику? Молекулярные переключатели и сенсоры из РНК. РНК 4: 377–383 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Skordalakes E, Berger JM 2003. Структура терминатора транскрипции Rho: механизм распознавания мРНК и загрузки хеликазы. Клетка 114: 135–146 [PubMed] [Google Scholar]
  • Sudarsan N, Barrick JE, Breaker RR 2003. Метаболитсвязывающие РНК-домены присутствуют в генах эукариот.РНК 9: 644–647 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Sudarsan N, Hammond MC, Block KF, Welz R, Barrick JE, Roth A, Breaker RR 2006. Архитектуры тандемных рибопереключателей демонстрируют сложные функции контроля генов. Наука 314: 300–304 [PubMed] [Google Scholar]
  • Sudarsan N, Lee ER, Weinberg Z, Moy RH, Kim JN, Link KH, Breaker RR 2008. Рибопереключатели у эубактерий чувствуют циклический ди-ГМФ второго мессенджера. Наука 321: 411–413 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Suess B, Weigand JE 2008.Инженерные рибопереключатели: обзор, проблемы и тенденции. РНК Биол 5: 24–29 [PubMed] [Google Scholar]
  • Серганов А., Юань Ю. Р., Пиковская О., Полонская А., Малинина Л., Фан А. Т., Хобартнер С., Микура Р., Брейкер Р. Р., Патель Д. 2004. Структурная основа дискриминационной регуляции экспрессии генов аденин- и гуанин-чувствительными мРНК. Химия Биол 11: 1729–1741 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Томпсон К.М., Сиретт Х.А., Кнудсен С.М., Эллингтон А.Д. 2002. Аптазимы группы I как генетические регуляторные переключатели.БМК Биотехнолог 2: 21. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Wachter A, Tunc-Ozdemir M, Grove BC, Green PJ, Shintani DK, Breaker RR 2007. Riboswitch контролирует экспрессию генов в растениях путем сплайсинга и альтернативного 3′-процессинга мРНК. Растительная клетка 19: 3437–3450 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Wang JX, Breaker RR 2008. Рибопереключатели, воспринимающие S -аденозилметионин и S -аденозилгомоцистеин. Биохим Клеточная Биол 86: 157–168 [PubMed] [Google Scholar]
  • Wang JX, Lee ER, Morales DR, Lim J, Breaker RR 2008.Рибопереключатели, которые обнаруживают S -аденозилгомоцистеин и активируют гены, участвующие в переработке коферментов. Мол Ячейка 28: 691–702 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Weinberg Z, Regulski EE, Hammond MC, Barrick JE, Yao Z, Ruzzo WL, Breaker RR 2008. Ядро аптамера рибопереключателей SAM-IV имитирует сайт связывания лиганда рибопереключателей SAM-I. РНК 14: 822–828 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy R, Breaker RR 2010.Сравнительная геномика выявила 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов. Геном Биол (представлен). [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Welz R, Breaker RR 2007. Характеристики связывания лиганда и контроля генов тандемных рибопереключателей в Bacillus anthracis . РНК 13: 573–582 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • White HB, III. 1976 год. Коферменты как окаменелости более раннего метаболического состояния. Джей Мол Эвол 7: 101–104 [PubMed] [Google Scholar]
  • Wickiser JK, Cheah MT, Breaker RR, Crothers DM 2005а.Кинетика связывания лиганда чувствительным к аденину рибопереключателем. Биохимия 44: 13404–13414 [PubMed] [Google Scholar]
  • Wickiser JK, Winkler WC, Breaker RR, Crothers DM 2005б. Скорость транскрипции РНК и кинетика связывания метаболитов управляют рибопереключателем FMN. Мол Ячейка 18: 49–60 [PubMed] [Google Scholar]
  • Winkler WC, Cohen-Chalamish S, Breaker RR 2002а. Структура мРНК, которая контролирует экспрессию генов путем связывания FMN. Proc Natl Acad Sci 99: 15908–15913 [бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Winkler W, Nahvi A, Breaker RR 2002б.Производные тиамина напрямую связываются с информационными РНК, чтобы регулировать экспрессию бактериальных генов. Природа 419: 952–956 [PubMed] [Google Scholar]
  • Winkler WC, Nahvi A, Roth A, Collins JA, Breaker RR 2004. Контроль экспрессии генов природным рибозимом, чувствительным к метаболитам. Природа 428: 281–286 [PubMed] [Google Scholar]
  • Витрещак А.Г., Родионов Д.А., Миронов А.А., Гельфанд М.С. 2004. Рибопереключатели: древнейший механизм регуляции экспрессии генов? Тенденции Жене 20: 44–50 [PubMed] [Google Scholar]
  • Yarnell WS, Roberts JW 1999.Механизм внутренней терминации и антитерминации транскрипции. Наука 284: 611–615 [PubMed] [Google Scholar]

Список книг и серий Аллана Коула

Список книг по порядку: 32 наименования

  • Стен и королева пиратов

    Пока Империя находится на грани войны, Стен возглавляет борьбу Вечного Императора с пиратами и предательскими спекулянтами, которые вооружают его врагов жизненно важными военными припасами.Для того, чтобы заманить злодеев в ловушку, устроена ловушка – тройка…


  • S.O.S.

    Это прекрасный исторический роман времен Второй мировой войны (основанный на семейном опыте Аллана Коула), действие которого происходит во Флориде, в «тылу». Нападения фашистских подводных лодок у побережья — только начало проблем для местных жителей. Но человеческая воля к…


  • Стен и мятежники

    На службе у Вечного Императора запрещено даже говорить слово.Присоединение к повстанческому движению равносильно расстрелу. Итак, когда члены экипажа «Пламя» становятся предателями и крадут целый космический поезд Империума X — второй по ценности эл…


  • Утонувшие надежды

    ПОТЕРЯННЫЕ В РАЙ: Эллен думала, что достигла дна, когда ее любовник оставил ее, а власти Ямайки закрыли ее галерею и конфисковали ее картины.Она надеялась начать новую жизнь и карьеру в Бока-Ратон, штат Флорида. Но там она обнаруживает, что ее мать…


  • День Империи: 2013

    Вдохновленные научно-фантастическим сериалом Стен Аллана Коула и Криса Банча, сотни читателей со всего мира присоединились к празднованию второго ежегодного Дня Империи (15–17 марта 2013 г.), положившего начало истории Вечного Императора. 3000-летнее царствование…


  • День Империи: 2012

    Сотни читателей международного бестселлера Sten отпраздновали первый ежегодный День Империи 15-18 марта множеством галлонов Stregg, потрясающими рецептами из кухни Вечного Императора, имперскими анекдотами и все же сумели как-то быть..


  • Мои голливудские злоключения

    Рассказы Иногда высокие, но всегда правдивые, о годах Аллана Коула в Голливуде с его покойным партнером Крисом Банчем.Как голая дама чуть не стала нашим первым агентом. Как мы выжили в Ла-Ла Ленде, потеряв лишь половину клеток мозга. Как Банч и К…


  • To Dream Of Wolves — Part 1

    TO DREAM OF WOLVES PART ONE — Эрик наконец выслеживает Скорцени (которого играет Чак Коннорс), но узнает, что он не является создателем их родословной. Чтобы избавиться от проклятия, Эрик должен сначала вступить в смертельную схватку со Скорцени.Тогда я…


  • Во сне о волках — Часть 2

    В МЕЧТЕ О ВОЛКАХ: ЧАСТЬ ВТОРАЯ Кажется, все руки обернулись против Эрика, когда он выслеживает настоящего Короля Оборотней — существо, которое, кажется, восходит к заре человечества. Думаешь, это я убил Эйбла, спрашивает он Эрика?…



  • Удивительная грация

    ИЗУМИТЕЛЬНАЯ ГРАССИВНОСТЬ: Эрик непреднамеренно несет ответственность за то, что милую старушку отправили в психиатрическую лечебницу из ада, с злодейским персоналом прямо из «Гнезда кукушки».Что делать одержимому чувством вины оборотню? Сломай старую л…


  • Большой папа

    БОЛЬШОЙ ПАПА: В этом эпизоде ​​культовой телевизионной классики, созданной Фрэнком Лупо (Команда А, Охотник, Умник), авторы бестселлеров и сценаристы Аллан Коул и покойный Крис Банч рассказывают историю легендарного политика — Большого Папочка Frasier — у кого есть что-то …


  • Черный корабль

    В одном из эпизодов этого культового телесериала ужасов, созданного Фрэнком Лупо («Команда А», «Охотник», «Умник»), авторы бестселлеров и сценаристы Аллан Коул и покойный Крис Банч рассказывают ужасную историю, в которой Эрик Корд застрял на борту заброшенного скитальца…


  • King Of The Road

    КОРОЛЬ ДОРОГИ: Следуя по ужасному следу серийного убийства бродяги, Эрик оказывается в ловушке с бандой злодеев-братьев дороги в товарном вагоне, который едет экспрессом на свалку металлолома. Один из мужчин на борту — оборотень — инф…


  • Let Us Prey

    Let Us Prey: В этой культовой телевизионной классике, созданной Фрэнком Лупо (Команда А, Охотник, Умник), авторы бестселлеров и сценаристы Аллан Коул и покойный Крис Банч рассказывают историю о монастыре, где некоторые из святые братья берут добычу на весь ди…


  • Материальная девушка

    МАТЕРИАЛЬНАЯ ДЕВУШКА: вооруженный пистолетом с серебряными пулями, Эрик преследует Скорцени в торговом центре после его закрытия. Там он встречает сбежавшую девушку, которая прячется в торговом центре и живет в украденной роскоши. Тем временем Король оборотней…


  • Кошмар в синем

    КОШМАР В СИНЕМ: В этом эпизоде ​​культовой телевизионной классики, созданной Фрэнком Лупо (Команда А, Охотник, Умник), авторами бестселлеров и сценаристами Алланом Коулом и покойным Крисом Банчем, ведущим Эриком Кордом, — кто один из них? на шаг впереди Аламо Джо — в па…


  • ВОЛК, КОТОРЫЙ ДУМАЛ СЕБЯ ЧЕЛОВЕКОМ

    В этом культовом сериале ужасов, созданном Фрэнком Лупо (Команда А, Охотник, Умник), авторами бестселлеров и сценаристами Алланом Коулом и покойным Крисом Банчем, Эрик Корд знакомится с человеком, который вывел кровавое искусство охоты на совершенно новый уровень…


  • Охота на волков

    ОХОТА НА ВОЛКОВ: В этой культовой телевизионной классике, созданной Фрэнком Лупо (Команда А, Охотник, Умник), авторы бестселлеров и сценаристы Аллан Коул и покойный Крис Банч рассказывают историю о волке, который подружился с Эриком. Шнур.Но владелец ранчо…


  • Параллакс ненависти

    Что, если бы холодная война никогда не закончилась, а продолжалась тысячу лет? Авторы бестселлеров Аллан Коул (американец) и Ник Перумов (россиянин) рассказывают завораживающую историю «а что, если?» сказка, действие которой происходит через тысячу лет в будущем, в роли американца и русского суп…



  • МакГрегор в

    МакГрегор в: Умереть во благо — Мак думал, что видел каждое человеческое зло.Бывший сотрудник Компании, он был свидетелем массовых убийств и систематических пыток. И он вершил правосудие над преступниками всякий раз, когда у него была возможность. Но теперь, когда он жил…


  • The Sten Cookbook

    Босс Стена — Вечный Император — вернулся и готов раскрыть свои самые драгоценные секреты! Нет, это не секрет АМ2, вы, глупые сгустки.Есть вещи поважнее основного источника энергии Галактики. Мы говорим о еде, ребята. Кулинарная…


  • Книга анекдотов Алекса Килгура

    СОТРУДНИК СТЕНА НА СВОБОДЕ! Да, парни и девчонки, это правда, как вкусный глоток Стрегга. Одноногие свиньи, пятнистые змеи и все такое. Есть еще несколько удивительных историй, о которых писатели не забыли в красивых стенных книгах.Стрижка из меха спа…


  • Книга шуток Алекса Килгура

    Книга шуток Алекса Килгура: Читатели серии Стен во всем мире требовали книгу, в которой собраны все действительно ужасные шутки, рассказанные напарником Стена из тяжелого мира — Алексом Килгуром. Ну, ты должен был обратить внимание на свою маму, когда она…



  • Lucky In Cyprus

    LUCKY IN CYPRUS — это история о взрослении, действие которой происходит на Ближнем Востоке в разгар холодной войны.Американский подросток, сын оперативника ЦРУ, вдохновляется грандиозными событиями и учителем-греком-киприотом. Он становится свидетелем землетрясений, беспорядков и тер…


  • MacGregor

    50 ДЕТИ СКОРО УМИРАТЬ: Мак думал, что видел каждое человеческое зло. Бывший сотрудник Компании, он был свидетелем массовых убийств и систематических пыток. И он вершил правосудие над преступниками всякий раз, когда у него была возможность.Но теперь, когда он жил…


  • Lords of Terror

    Что, если холодная война никогда не закончится? Что, если демоническая клика изменила историю, чтобы питаться ненавистью, которая никогда не закончится? И затем тысячу лет держали американцев и русских на острие войны, чтобы утолить этот голод?…



  • The Gods Awaken

    Отправляйтесь в мир тайн, волшебства и опасностей в триумфальном эпическом фэнтези, вдохновленном «Рубайитом» Омара Хайяма! Царство терзается катастрофой.Лорд Сафар Тимура, великий волшебник, заперт в обреченном мире Хадин, обреченный на…



  • Wolves of the Gods

    Безымянное зло бродит по земле, охотясь на все живое, как на людей, так и на демонов. Только один человек способен остановить бушующий поток: Сафар Тимура, величайший волшебник эпохи, чья непревзойденная магия когда-то вознесла Раджа Протара на трон ала…


  • Когда боги спали

    Король царей, повелитель людей и демонов: только один правитель когда-либо носил этот титул, и теперь Ирадж Протарус, принц-сирота, сосланный в маленькую деревню высоко в Долине Облаков, мечтал стать следующий великий завоеватель. Ключ от его дома…


  • Волшебник ветров

    Войдите в интригующее царство нового провокационного фэнтезийного сериала, вдохновленного «Рубайатом» Омара Хайяма! Царь королей, повелитель людей и демонов.Только один правитель когда-либо носил этот титул, и теперь Ирадж Протарус, принц-сирота, сосланный в с…


Полный список серий в заказе

Антерос
Возвращение воина (апрель 1996 г.)
Tales of the Timmura
1) Wizard of the Winds (июнь 1997 г.)
2) Волки богов (март 1998 г.)
3) Пробуждение богов (сентябрь 1999 г.)
Трилогия о Тимурасе
1) Когда боги спали (февраль 1998 г.)

Автоэтнографическое путешествие в фэнтези-фантастику для молодежи

Ссылки

1.Сноу, CP (1959). Ценность культуры: две культуры. В Мелвин Брэгг (2 января

2013). Радио Би-би-си. Получено с http://www.bbc.co.uk/programmes/b01phhy5.

2. Уиллис, О. (7 мая 2018 г.). Кризисы психического здоровья приводят к тому, что все больше детей вынуждены обращаться за помощью в отделение неотложной помощи;

эксперты призывают к увеличению инвестиций. Новости АВС. Получено с

http://www.abc.net.au/news/health/2018-05-07/youth-mental-health-emergency-

Departments/9728918.

3. Бекман, К.и Токкио, К. (2011). Молодежь в движении: молодежь как агенты

поведенческих изменений. Международная федерация обществ Красного Креста и Красного Полумесяца.

Получено с http://www.ifrc.org/PageFiles/53475/FinalYABC.

4. Кон, М. А., и Фредриксон, Б. Л. (2010). В поисках прочной позитивной психологии

вмешательств: предикторы и последствия долгосрочных позитивных изменений поведения. J

Posit Psychol., 5(5), 355-366.

5.Йорм, А.Ф. (2012).

Грамотность в области психического здоровья: расширение прав и возможностей сообщества для принятия мер для улучшения психического здоровья. Am Psychol., 67(3), 231-243.

6. Ивасаки, Ю. (2015). Роль вовлечения молодежи в позитивное развитие молодежи и

развитие молодежи социальной справедливости для маргинализованной молодежи из групп высокого риска. Международный журнал

подростков и молодежи, 21 (3), 267-278. Дой: 10.1080/02673843.2015.1067893.

7. Лэм, Л. Т. (2014). Грамотность в области психического здоровья и состояние психического здоровья подростков.Детский

и Подростковая психиатрия и психическое здоровье, 8, 26. Получено из

https://capmh.biomedcentral.com/articles/10.1186/1753-2000-8-26.

8. Гордильо, Т. Л. (2015). Эустресс, дистресс и использование технологий австралийскими учащимися

в возрасте 15–25 лет. Ворота исследований [Технический отчет]. Получено с

https://www.researchgate.net/publication/309396476_Eustress_Distress_and_Technology

_Use_in_Australian_Students_Aged_15-25.

9.Весп, Э. (2014). Слишком связный мир: исследования игр и миф о «нарративных

медиа». Международный журнал исследований компьютерных игр, 14(2), n. п. Получено

с http://gamestudies.org/1402/articles/wesp.

10. Остенсон, Дж. (2013). Изучение границ повествования: Видеоигры в классе английского

. Английский журнал 102 (6), 71-78.

7

Ник Перумов: биография, карьера и личная жизнь

Николай Даниилович Перумов прославился как популярный автор современных фантастических произведений под псевдонимом Ник Перумов.Его путь — ироничная фантазия по мотивам Толкина.

Ник Перумов: биография, карьера и личная жизнь

Биография

Писатель родился в Ленинграде в семье биолога в 1963 году. Свой день рождения отмечает 21 ноября. Отец Перумова, Даниил Александрович, прожил долгую жизнь и занимался исследованиями в области биологии. Николай пошел по стопам отца и стал биофизиком. Десять лет Николай Перумов работал в НИИ в области молекулярной биологии.В составе группы ученых Перумов занимался разработкой методов лечения детей, пострадавших от радиации во время трагедии на Чернобыльской АЭС, и внес большой вклад в решение этой проблемы.

Первые произведения Перумова появились в конце 1970-х гг. Николай увлекался чтением фантастических книг и был поклонником Толкина. Перумов читал произведения Толкина на языке писателя, самостоятельно переводил на русский язык. Долгое время он был участником фанатского движения Толкина и общался с единомышленниками.

Творческая карьера

В 1993 году Перумов дебютировал. Два рассказа по сюжетам Толкина были опубликованы в издательстве «Кавказская библиотека». Позже Перумов отредактировал и переиздал произведение. Книга вышла под названием «Кольцо тьмы» и сразу же стала популярной. История хоббитов получила продолжение в приключениях потомков Мериадока, о которых рассказал Ник Перумов на страницах своей книги.

Роман «Кольцо тьмы» получил множество противоречивых откликов.Ярые противники даже устроили нападение на Перумова в 1994 году. Поклонники считали, что русская фэнтези-литература родилась из публикаций Перумова.

По мотивам «Кольца тьмы» Перумов выпустил еще две книги, где действие продолжилось в толкиеновском Средиземье. Новые книги не получили такого мощного резонанса, как первые. На этом Перумов закончил описание развития событий в Средиземье и начал выдумывать истории из собственных фантастических миров. «Смерть богов» описывает целую систему реальностей, особым образом связанных между собой.

Современный период

В 1998 году Николай Перумов вместе с семьей, женой и тремя детьми эмигрировал в США, где был востребован благодаря профессии биоинженера, и продолжал работать в области молекулярной биологии и биофизики.

В 1999 году писатель стал лауреатом премии «Странник» за книгу из серии «Хранители мечей». В 2004 году Перумов был назван лучшим писателем-фантастом года в России и Европе. В 2007 году произведение Перумова «Смерть богов» впервые было переведено на английский язык.В том же году Перумов снова стал лучшим писателем-фантастом года.

Помимо жанра фэнтези, Ник Перумов в соавторстве с Лукьяненко работал в жанре стимпанк и с Камшей в жанре альтернативной истории, выпускал собственные работы в жанре космической фантастики. В 2007 и 2008 годах были созданы компьютерные игры по сюжетам произведений Ника Перумова.

Синтетическая биология: приложения достигают зрелости

Цепная связь биологических частей и их способность коллективно обрабатывать логические операции были впервые оценены почти 50 лет назад 1 .Это вдохновило на попытки описать схемы биологической регуляции с помощью математических моделей 2,3,4,5 и применить аналогии электрических цепей к биологическим путям 6,7 . Тем временем прорывы в геномных исследованиях и генной инженерии (например, технология рекомбинантной ДНК) обеспечили инвентарь и методы, необходимые для физического конструирования и сборки биомолекулярных частей. В результате синтетическая биология родилась с широкой целью инженерии или «связывания» биологических цепей — будь то генетических, белковых, вирусных, путей или геномных — для проявления логических форм клеточного контроля.Синтетическая биология, оснащенная инженерными подходами модульности, рационализации и моделирования, быстро развивалась и породила постоянно растущий набор генетических устройств и биологических модулей.

Успешный дизайн и создание первых синтетических генных сетей — генетического тумблера 8 и репрессилатора 9 (вставка 1) — показали, что инженерная методология действительно может быть использована для создания сложного, похожего на компьютер поведения. в биологические системы.В этих двух случаях основные регуляторные элементы транскрипции были спроектированы и собраны для реализации биологических эквивалентов хранения электронной памяти и хронометража (Box 1). В рамках, обеспечиваемых этими двумя синтетическими системами, биологические схемы могут быть построены из более мелких, четко определенных частей в соответствии с модельными чертежами. Затем их можно изучать и тестировать по отдельности, а их поведение можно оценивать в сравнении с модельными предсказаниями динамики системы. Эта методология была применена к синтетическому конструированию дополнительных генетических переключателей 8,10,11,12,13,14,15,16,17,18 , элементов памяти 8,14,15,19 и генераторов 9 ,10,20,21,22,23 , а также к другим электронным генетическим устройствам, включая генераторы импульсов 24 , цифровые логические элементы 25,26,27,28,29,30 , фильтры 31 ,32,33 и модули связи 23,31,34,35 .

Теперь, спустя 10 лет после демонстрации первых устройств синтетической биологии 8,9 , инженерные биомолекулярные сети начинают переходить на стадию применения и дают решения многих сложных социальных проблем. Хотя еще предстоит проделать работу по разъяснению принципов биологического дизайна 36 , этот набег на практические приложения знаменует захватывающее время взросления для этой области.

Здесь мы рассмотрим практическое применение синтетической биологии в биосенсорных технологиях, терапии и производстве биотоплива, фармацевтических препаратов и новых биоматериалов.Многие из приведенных здесь примеров не подходят исключительно или точно только к одной из этих трех категорий приложений; однако именно эта многосторонняя применимость делает платформы синтетической биологии такими мощными и многообещающими.

Биосенсор

Клетки развили множество регуляторных цепей — от транскрипционных до посттрансляционных — для восприятия и реагирования на разнообразные и кратковременные сигналы окружающей среды. Эти цепи состоят из тщательно подобранных чувствительных элементов, которые связывают аналиты и устанавливают пороги обнаружения сигналов, а также модулей преобразователей, которые фильтруют сигналы и активируют клеточный ответ (вставка 2).Два основных сенсорных модуля должны быть тщательно сбалансированы: это достигается за счет программирования модульности и специфичности в биосенсорных схемах на транскрипционном, трансляционном и посттрансляционном уровнях, как описано ниже.

Транскрипционное биозондирование . Будучи первой специальной фазой экспрессии генов, транскрипция служит одним из методов, с помощью которых клетки мобилизуют клеточный ответ на возмущение окружающей среды. Как таковые, гены, которые должны быть экспрессированы, их промоторы, РНК-полимераза, факторы транскрипции и другие части механизма транскрипции — все они служат потенциальными инженерными компонентами для транскрипционных биосенсоров.Большинство синтетических дизайнов были сосредоточены на промоторах и связанных с ними факторах транскрипции, учитывая обилие известных и охарактеризованных бактериальных, архейных и эукариотических промоторов, реагирующих на окружающую среду, которые включают хорошо известные промоторы Escherichia coli lac , tet и или оперонов.

Как сенсорное, так и трансдукционное поведение биосенсора можно поставить под синтетический контроль путем непосредственного конструирования промоторных последовательностей, реагирующих на окружающую среду.Фактически, это была ранняя стратегия дизайна, принятая для создания индуцибельных систем экспрессии 37,38,39,40 . Путем введения, удаления или модификации сайтов активатора и репрессора можно настроить чувствительность промотора к молекуле. Синтетические системы трансактивации млекопитающих являются общими версиями этой стратегии, в которой чувствительный к окружающей среде фактор транскрипции сливают с трансактивационным доменом млекопитающих, чтобы вызвать зависимые от индуктора изменения в экспрессии генов. Синтетические биосенсоры млекопитающих, основанные на этой схеме, были созданы для восприятия таких сигналов, как антибиотики 41,42,43 , молекулы, чувствительные к кворуму 44,45 , газы и метаболиты 46,47,48,49 и изменения температуры 50,51 .Фуссенеггер и его коллеги даже внедрили этот трансгенный дизайн в цепи млекопитающих, создав синтетические сети, реагирующие на электрические сигналы 52 .

Хотя разработка промоторов, реагирующих на окружающую среду, была ценной, дополнительный контроль над модульностью и специфичностью может быть достигнут путем встраивания реагирующих на окружающую среду промоторов в сконструированные генные сети. Достижение истинной модульности с генетическими частями по своей природе затруднено из-за непреднамеренной интерференции между нативными и синтетическими частями и, следовательно, требует тщательного разделения функциональных модулей.Одна из таких стратегий модульного дизайна использовалась Кобаяши и др. . 34 для разработки цельноклеточных биосенсоров E. coli , которые реагируют на сигналы программируемым образом. В этой конструкции сенсорный модуль (то есть промотор, реагирующий на окружающую среду, и связанный с ним фактор транскрипции) был соединен со сконструированной генной цепью, которая функционирует как центральный процессор. Клетки E. coli были запрограммированы реагировать на вредные эндогенные воздействия, в частности на стимулы, повреждающие ДНК, такие как ультрафиолетовое излучение или митомицин С.Схема гена, которая была выбрана в качестве тумблера (коробка 1), обрабатывает входящую сенсорную информацию и переключается из состояния «ВЫКЛ» в состояние «ВКЛ» при превышении порога сигнала. Поскольку биосенсор имеет несвязанную модульную природу, его можно подключить к любому желаемому результату, от экспрессии стандартного флуоресцентного репортера до активации естественных фенотипов, таких как образование биопленки (например, посредством экспрессии traA ) или клеточный суицид (например, посредством экспрессии ccdB ).

Иногда один сигнал может быть слишком общим для характеристики или определения среды. Для таких ситуаций Андерсон и др. . 25 разработали транскрипционные ворота И, которые можно использовать для интеграции нескольких сигналов окружающей среды в единую генетическую цепь (вставка 2), таким образом программируя желаемый уровень биосенсорной специфичности. Генетические биосенсоры такого рода могут быть полезны для передачи информации о состоянии конкретной микросреды (например, в промышленном биореакторе) в «море» условий окружающей среды, таких как температура, уровни метаболитов или плотность клеток.

Трансляционное биозондирование . Молекулы РНК выполняют разнообразный и важный набор клеточных функций 53 . Некодирующие РНК могут сплайсировать и редактировать РНК, модифицировать рибосомную РНК, катализировать биохимические реакции и регулировать экспрессию генов на уровне транскрипции или трансляции 53,54,55,56 . Регуляторное подмножество некодирующих РНК 57,58,59 хорошо подходит для рационального дизайна 60 и, в частности, для биосенсорных приложений.Многие молекулы регуляторной РНК являются естественными сенсорами окружающей среды 61,62,63,64,65,66,67,68,69 , и из-за их способности принимать сложные структуры, определяемые их последовательностью, эти молекулы могут выполнять различные модульные функции. через различные домены последовательности. Рибопереключатели 70 , например, связывают специфические низкомолекулярные лиганды через аптамерные домены и индуцируют конформационные изменения в 5′-UTR их собственной мРНК, тем самым регулируя экспрессию генов. Аптамерные домены, смоделированные по образцу рибопереключателей, являются универсальными и широко используемыми чувствительными элементами для биосенсоров на основе РНК.Выбор и количество доменов аптамера могут обеспечить контроль над специфичностью. Создание цельного биосенсора на основе РНК обычно требует связывания домена аптамера (чувствительный элемент) с посттранскрипционным регуляторным доменом (модуль преобразователя) на каркасе модульной молекулы РНК.

Антисмысловые РНК 59,71 являются одним из таких классов природных регуляторных РНК, которые могут контролировать экспрессию генов посредством посттранскрипционных механизмов. Связав рибопереключающий аптамер с антисмысловым репрессором на одной молекуле РНК, Bayer и Smolke 11 сконструировали транс--действующих, лиганд-чувствительных риборегуляторов экспрессии генов в Saccharomyces cerevisiae (вставка 2).Связывание аптамера с его лигандом (например, с небольшой молекулой теофиллина) индуцирует конформационные изменения в РНК-сенсоре, которые либо изолируют антисмысловой домен в стабильной стволовой петле (переключатель ON), либо высвобождают его для ингибирования трансляции выходного гена-репортера. (выключатель). В результате кооперативной зависимости как от лиганда, так и от мРНК-мишени этот биосенсор демонстрирует бинарное переключение при пороговой концентрации лиганда, подобное конструкции генетического переключателя. Важно отметить, что этот порог обнаружения можно регулировать, изменяя последовательность РНК и, следовательно, термодинамические свойства структуры.В принципе, структура «антипереключателя» является модульной; другими словами, аптамеры для разных лигандов и антисмысловые стебли, нацеленные на разные нижележащие гены, могут быть включены в каркас для создания новых сенсоров. На практике разработка новых сенсоров путем замены аптамера и антисмысла часто включает повторный скрининг совместимых вторичных структур для создания функционирующих переключателей. В будущем эта платформа может быть объединена с методами быстрой аптамерной селекции in vitro 72,73,74,75 для создания набора биосенсоров РНК, которые сообщают об уровнях различных видов мРНК и метаболитов в клетке.Однако и здесь следует отметить, что аптамеры проявляют специфичность к смещенному лигандному пространству, в результате чего не всегда можно найти аптамеры для целевого лиганда.

Другим методом преобразования сенсорной информации, захваченной аптамерными доменами, является регулирование трансляции посредством саморасщепления РНК 69,70 . Расщепление РНК катализируется рибозимами, некоторые из которых естественным образом обладают аптамерными доменами и реагируют на метаболиты 69 . иен и др. . 76 воспользовались этой природной структурой и закодировали чувствительные к лиганду рибозимы в последовательностях мРНК репортерных генов.В отсутствие его родственного лиганда конститутивное ауторасщепление репортерной мРНК приводило к небольшому количеству сигнала или его отсутствию. Биосенсор РНК переворачивается, когда присутствует родственный лиганд, подавляющий активность рибозима. Подобно структуре «антипереключатель» (и с теми же техническими проблемами), эти сконструированные РНК потенциально могут использоваться в качестве эндогенных сенсоров для сообщения о различных внутриклеточных видах и метаболитах.

Посттрансляционное биозондирование .Пути передачи сигнала демонстрируют огромное разнообразие и сложность. Такие факторы, как характер молекулярных взаимодействий, количество взаимосвязанных белков в каскаде и использование пространственных механизмов, определяют, какие сигналы передаются, усиливается или ослабляется сигнал, а также динамика ответа. Несмотря на множество факторов и взаимодействующих компонентов, пути передачи сигнала представляют собой по существу иерархические схемы, основанные на чувствительных элементах и ​​последующих модулях преобразователя, и как таковые могут быть рационализированы для создания биосенсоров на основе белков.

Основным чувствительным элементом для большинства путей передачи сигнала является белковый рецептор. В то время как реагирующие на окружающую среду промоторы и РНК-аптамеры обычно идентифицируются в природе или отбираются с помощью высокопроизводительных комбинаторных методов, белковые рецепторы могут быть сконструированы de novo на уровне молекулярных взаимодействий. Например, Looger и др. . 77 разработали вычислительный метод для перепроектирования рецепторов природного белка для связывания новых лигандов-мишеней.Начав с «основы» из пяти белков из суперсемейства периплазматических связывающих белков (PBP) E. coli , исследователи заменили каждый из лигандов дикого типа новым, неприродным лигандом-мишенью, а затем использовали алгоритм для комбинаторного исследовать все мутации связывания карманных остатков и конфигурации стыковки лигандов. Эта процедура использовалась для предсказания новых рецепторов тринитротолуола (ТНТ; канцероген и взрывчатка), L-лактата (важный с медицинской точки зрения метаболит) и серотонина (химическое вещество, связанное с психическими заболеваниями).Экспериментально подтверждено, что предсказанные конструкции рецепторов являются сильными и специфическими сенсорами in vitro , а также биосенсорами in vivo на основе клеток.

Белковые рецепторы, такие как рассмотренные выше, обычно связаны с мембраной; они запускают белковые сигнальные каскады, которые в конечном итоге приводят к клеточному ответу. Однако можно использовать несколько синтетических методов для передачи захваченной сенсорной информации настраиваемым и желаемым образом. Скеркер и др. . 78 рационально перепрограммировали передачу информации через двухкомпонентные системы, определив правила, определяющие специфичность гистидинкиназы к родственному ей регулятору ответа. В качестве альтернативы, инженерные белковые каркасы могут быть разработаны для физического рекрутирования модуляторов пути и синтетического изменения поведения динамического ответа системы 79 (Box 3). Это представляет собой модульный метод программирования биосенсоров на основе белков для получения любого желаемого ответа, включая ускоренный, отсроченный или сверхчувствительный ответ на восходящие сигналы.

Гибридные подходы . Объединение синтетических транскрипционных, трансляционных и посттрансляционных цепей в гибридные решения и использование желаемых характеристик каждого из них может привести к созданию клеточных биосенсоров, столь же надежных, как и у природных организмов. Используя синтетический гибридный подход, Фойгт и его коллеги 80,81,82 разработали оптические датчики на основе E. coli . Была сконструирована синтетическая сенсорная киназа, позволяющая клеткам идентифицировать и сообщать о наличии красного света.В результате бактериальная лужайка из сконструированных клеток могла точно «напечатать» спроецированное изображение на биологическом эквиваленте фотопленки. В частности, связанный с мембраной фоторецептор цианобактерий был слит с внутриклеточной гистидинкиназой E. coli , чтобы вызвать светозависимые изменения в экспрессии генов 80 (вставка 3). В умном примере его использования бактериальный оптический датчик был применен для обнаружения края изображения 82 . В этом случае, подключив оптический датчик к транскрипционным цепям, которые выполняют межклеточную коммуникацию (система распознавания кворума из Vibrio fischeri ) и логические функции (вставка 3), исследователи запрограммировали только клетки, которые получают свет и непосредственно соседствуют с клетками. клетки, которые не получают света для производства пигмента, позволяющего отслеживать края проецируемого изображения.Эта работа демонстрирует, что сложное поведение может возникнуть из-за правильного объединения небольших генетических программ, и что эти программы могут привести к уникальным приложениям в реальном мире.

Терапия

Здоровье человека страдает от новых и старых врагов, в том числе от новых устойчивых к лекарствам микробов, рака и ожирения. Между тем, прогресс в медицине сталкивается с проблемами на каждом этапе терапевтического спектра, начиная от пересыхания фармацевтических конвейеров и заканчивая ограниченным глобальным доступом к жизнеспособным лекарствам.За относительно короткий промежуток времени синтетическая биология добилась многообещающих успехов в изменении и оптимизации этого спектра (вставка 4). Действительно, рациональное и управляемое моделями конструирование биологических частей позволяет создавать новые терапевтические платформы, начиная с выявления механизмов заболевания и мишеней для лекарств и заканчивая производством и доставкой малых молекул.

Механизм заболевания . Инженер-электрик, скорее всего, создаст прототип части схемы на «макете», прежде чем распечатать ее как целую интегральную схему.Это позволяет проводить тщательное тестирование подмодулей в изолированной, хорошо охарактеризованной среде. Точно так же синтетическая биология обеспечивает основу для синтетической реконструкции естественных биологических систем для изучения того, как может возникнуть патологическое поведение. Эта стратегия использовалась для понимания механизма первичного иммунодефицита, агаммаглобулинемии, при которой пациенты не могут генерировать зрелые В-клетки и, как следствие, неспособны должным образом бороться с инфекциями 83 . Исследователи разработали синтетический испытательный стенд путем систематической реконструкции различных компонентов сигнального пути рецептора антигена В-клеток человека (BCR) в ортогональной среде.Это позволило им идентифицировать особенности топологии сети, которые запускают сигнализацию и сборку BCR. Редкая мутация в гене, кодирующем иммуноглобулин-β, была идентифицирована у одного пациента и введена в синтетическую систему, в которой было показано, что она отменяет сборку BCR на клеточной поверхности, тем самым связывая этот дефектный компонент пути с началом заболевания. Аналогичным образом можно реконструировать геномы патогенных вирусов для изучения молекулярных основ пандемий инфекционных заболеваний. Например, синтетическая реконструкция коронавируса тяжелого приобретенного респираторного синдрома (ТОРС) 84 и вируса испанского гриппа 1918 года 85 помогла выявить генетические мутации, которые могли придать человеку тропизм и повышенную вирулентность.

Идентификация мишеней для наркотиков . Создание синтетических путей и систем из отдельных частей является одним из способов определения механизмов заболевания и терапевтических целей. Другой способ — использовать устройства синтетической биологии для систематического исследования функций отдельных компонентов естественного пути. Наша группа, например, разработала модульные риборегуляторы, которые можно использовать для настройки экспрессии токсичного белка или любого гена в биологической сети 86 .Для достижения посттранскрипционного контроля над геном-мишенью последовательность мРНК риборегуляторной 5′-UTR сконструирована так, чтобы образовывать структуру шпильки, которая изолирует сайт связывания рибосомы (RBS) и предотвращает доступ к нему рибосомы. Трансляционная репрессия этой цис -репрессированной мРНК может быть облегчена с помощью независимо регулируемой трансактивирующей РНК, которая нацеливается на ствол-петлю для развертывания. Сконструированные риборегуляторы использовались для жесткой регуляции экспрессии CcdB, токсичного бактериального белка, который ингибирует ДНК-гиразу, чтобы лучше понять последовательность событий, ведущих к индуцированной гибели бактериальных клеток 87 .Эти синтетические биологические исследования в сочетании с системными биологическими исследованиями хинолонов (антибиотиков, которые ингибируют гиразу) 87 привели к открытию того, что все основные классы бактерицидных антибиотиков индуцируют общий путь клеточной гибели, стимулируя окислительное повреждение 88,89 . Эта работа позволила по-новому взглянуть на то, как бактерии реагируют на летальные раздражители, и проложила путь к разработке более эффективных антибактериальных методов лечения.

Открытие лекарств .После того, как дефектный компонент пути или мишень идентифицирован, могут быть разработаны скрининговые анализы целых клеток с использованием стратегий синтетической биологии для открытия лекарств. В качестве демонстрации этого подхода Fussenegger и его коллеги 90 разработали синтетическую платформу для скрининга малых молекул, которые могут усиливать действие антибиотика Mycobacterium tuberculosis (вставка 4). Этионамид, который в настоящее время является последней линией защиты при лечении туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью, зависит от активации M.туберкулез фермент EthA для эффективности. Однако из-за репрессии транскрипции ethA белком EthR терапия на основе этионамида часто оказывается неэффективной. Чтобы решить эту проблему, исследователи разработали синтетическую генную цепь млекопитающих, которая включала трансактиватор репортерного гена на основе EthR, и использовали его для скрининга и идентификации ингибиторов EthR, которые могли бы устранить устойчивость к этионамиду. Важно отметить, что поскольку эта система представляет собой анализ на основе клеток, она по своей природе обогащена ингибиторами, которые нетоксичны и проницаемы для клеток млекопитающих, которые являются ключевыми критериями для лекарств, такими как M.tuberculosis — внутриклеточный возбудитель. Эта структура, в которой открытие лекарств применяется к целым клеткам, которые были сконструированы с цепями, выявляющими патогенный механизм, может быть распространена на другие заболевания и фенотипы.

Терапевтическое лечение . Кроме того, были разработаны устройства синтетической биологии, которые сами могут служить в качестве терапии. Целые сконструированные вирусы и организмы могут быть запрограммированы на конкретные патогенные агенты и патологические механизмы.Например, в двух отдельных исследованиях 91,92 исследователи использовали искусственные бактериофаги для борьбы с устойчивыми к антибиотикам бактериями, наделяя их генетическими механизмами, которые нацелены на бактериальные механизмы уклонения от действия антибиотиков и препятствуют им. Первое исследование было вызвано наблюдением, что биопленки, в которых бактерии инкапсулированы во внеклеточный матрикс, обладают врожденной устойчивостью к антимикробной терапии и являются источником персистирующих инфекций. Чтобы более эффективно проникать в эту защитную среду, фаг Т7 был сконструирован для экспрессии фермента, разрушающего матрикс биопленки, дисперсина B (DspB) при заражении 91 .Двусторонняя атака T7, экспрессирующего DspB, и индуцированный фагом лизис, способствующий созданию и распространению DspB, привели к удалению 99,997% бактериальных клеток биопленки.

Во втором исследовании 92 было высказано предположение, что ингибирование определенных бактериальных генетических программ может повысить эффективность современной терапии антибиотиками. В этом случае бактериофаги были намеренно созданы нелетальными, чтобы не вызывать механизмов резистентности; вместо этого использовали нелитический фаг М13 для подавления бактериального ответа SOS на повреждение ДНК путем сверхэкспрессии его репрессора, lexA3 .Сконструированный бактериофаг значительно усиливал уничтожение тремя основными классами антибиотиков в традиционной клеточной культуре и у мышей, инфицированных E. coli , усиливал уничтожение устойчивых к антибиотикам бактерий и, что важно, снижал частоту появления клеток с резистентностью к антибиотикам.

Синтетически созданные вирусы и организмы, которые способны ощущать и связывать свою терапевтическую активность с патологическими сигналами, могут быть полезны при лечении рака, при котором современные методы лечения часто без разбора воздействуют на опухоли и нормальные ткани.Например, аденовирусы были запрограммированы на связывание их репликации с состоянием пути p53 в клетках человека 93 . Нормальная продукция p53 привела бы к ингибированию критического компонента репликации вируса, тогда как нефункционирующий путь p53, характерный для опухолевых клеток, позволил бы репликацию вируса и уничтожение клеток. В другой демонстрации трансляционной синтетической биологии, примененной к терапии рака, Фойгт и его коллеги 94 разработали бактерии, нацеленные на рак, и связали их способность проникать в раковые клетки со специфическими сигналами окружающей среды.Конститутивная экспрессия гетерологичного гена инвазина ( inv ) (из Yersinia pseudotuberculosis ) может индуцировать клеток E. coli для проникновения как в нормальные клеточные линии человека, так и в линии раковых клеток. Таким образом, чтобы преимущественно проникать в раковые клетки, исследователи поместили inv под контроль транскрипционных оперонов, которые активируются сигналами окружающей среды, характерными для микроокружения опухоли. Эти сконструированные бактерии можно было бы использовать для переноса или синтеза противораковых препаратов для лечения опухолей.

Терапевтическая доставка . Помимо сконструированных терапевтических организмов, синтетические цепи и пути могут использоваться для контролируемой доставки лекарств, а также для генной и метаболической терапии. В некоторых случаях сложный кинетический контроль над высвобождением лекарства в организме может дать терапевтические преимущества и уменьшить нежелательные побочные эффекты. Большинство гормонов в организме высвобождаются импульсами, зависящими от времени. Секреция глюкокортикоидов, напр., имеет циркадный и ультрадианный паттерн высвобождения с важными транскрипционными последствиями для глюкокортикоид-чувствительных клеток -95-.Точное воспроизведение этих моделей при введении синтетических гормонов пациентам с заболеваниями, чувствительными к глюкокортикоидам, такими как ревматоидный артрит, может уменьшить известные побочные эффекты и улучшить терапевтический ответ 95 . Периодический синтез и высвобождение биологических препаратов можно осуществлять автономно с помощью синтетических генераторных цепей 9,10,20,21,22 или программируемых цепей с временной задержкой 96 . В других случаях можно ограничить количество высвобождаемого лекарственного средства, запрограммировав синтетическую систему на самоуничтожение после определенного количества клеточных циклов или импульсов высвобождения лекарственного средства.Наша группа недавно разработала два варианта счетчика синтетических генов 14 , которые можно адаптировать для такого применения.

Генная терапия начинает делать многообещающие успехи в клинических областях, в которых традиционная медикаментозная терапия неэффективна, например, при лечении многих наследственных и метаболических заболеваний. Синтетические схемы предлагают более контролируемый подход к генной терапии, например, способность динамически отключать, активировать и настраивать экспрессию нужных генов.В одном таком примере 12 в клетках млекопитающих был разработан генетический переключатель, который соединяет белки-репрессоры транскрипции и модуль РНКи для жесткого, настраиваемого и обратимого контроля над экспрессией желаемых генов (вставка 4). Эта система будет особенно полезна в приложениях для подавления генов, поскольку было показано, что она обеспечивает > 99% репрессии целевого гена.

Кроме того, создание ненативных путей предлагает уникальный и универсальный подход к генной терапии, например, для лечения нарушений обмена веществ.Работая на стыке синтетической биологии и метаболической инженерии, Ляо и его коллеги 97 недавно внедрили путь глиоксилатного шунта в клетки печени млекопитающих и мышей, чтобы изучить его влияние на метаболизм жирных кислот и, в более широком смысле, на метаболизм всего тела. Примечательно, что исследователи обнаружили, что при пересадке млекопитающим шунт фактически увеличивал окисление жирных кислот, очевидно, создавая альтернативный цикл. Кроме того, мыши с экспрессией шунта продемонстрировали устойчивость к ожирению, вызванному диетой, при переходе на диету с высоким содержанием жиров с соответствующим снижением общей массы жира, уровня триглицеридов в плазме и уровня холестерина.Эта работа предлагает новую модель синтетической биологии для изучения метаболических сетей и нарушений, а также для разработки методов лечения растущей проблемы ожирения.

Наконец, открытие лекарств и эффективных методов лечения не может быть быстро — или когда-либо — доведено до людей, которые больше всего в них нуждаются, потому что процессы производства лекарств могут быть сложными и дорогостоящими. Как обсуждается ниже, синтетическая биология позволяет производить редкие и дорогостоящие лекарства с меньшими затратами (вставка 4).

Биотопливо, фармацевтические препараты и биоматериалы

Недавний ажиотаж, связанный с производством биотоплива, фармацевтических препаратов и биоматериалов из искусственных микроорганизмов, сочетается с проблемами, возникающими при доведении этих технологий до уровня производства и качества.Наиболее широко используемым биотопливом является этанол, производимый из кукурузы или сахарного тростника 98 ; однако тяжелое бремя сельского хозяйства в сочетании с неоптимальными топливными свойствами этанола делает этот подход к биотопливу проблематичным и ограниченным. Микроорганизмы, созданные с использованием оптимизированных путей биосинтеза для эффективного преобразования биомассы в биотопливо, являются альтернативным и многообещающим источником возобновляемой энергии. Эти стратегии будут успешными только в том случае, если их производственные затраты смогут конкурировать с текущими затратами на производство топлива или даже превзойти их.Точно так же существует много лекарств, для которых дорогостоящие производственные процессы исключают возможность их широкого терапевтического действия. Новые инструменты синтетической биологии также значительно продвинут микробное производство биоматериалов и разработку новых материалов.

Создание путей биосинтеза . При разработке биотоплива, лекарств или биоматериалов двумя из первых проектных решений является выбор пути или путей биосинтеза, на котором следует сосредоточиться, и какой организм-хозяин использовать.Как правило, эти решения начинаются с поиска организмов, которые от природы способны к достижению некоторой желаемой биосинтетической активности или фенотипа 99 . Например, для производства биотоплива некоторые микроорганизмы научились преобразовывать лигноцеллюлозный материал в этанол, биобутанол и другие виды биотоплива. Эти нативные изоляты обладают уникальной катаболической активностью, повышенной устойчивостью к токсичным материалам и множеством ферментов, предназначенных для расщепления лигноцеллюлозных компонентов.К сожалению, эти очень желательные свойства существуют в путях, которые жестко регулируются в соответствии с эволюционировавшими потребностями хозяина и, следовательно, могут не подходить в их нативном состоянии для масштабов производства. Давняя проблема метаболической и генной инженерии заключается в том, чтобы определить, следует ли улучшать производственные возможности изолята-хозяина или следует ли трансплантировать желаемые гены или пути в промышленную модель-хозяина, такую ​​​​как E. coli или S. cerevisiae ; эти важные соображения и компромиссы рассмотрены в другом месте 99 .

Пример микробного производства биобутанола, альтернативы этанолу с более высокой плотностью энергии, дает полезное представление об этих конструктивных компромиссах. Бутанол естественным образом превращается из ацетил-КоА в Clostridium acetobutylicum 100 . Тем не менее, он производится с низким выходом и в виде смеси с ацетоном и этанолом, поэтому для производства пригодных для использования количеств бутанола 101,102 необходима значительная клеточная инженерия микроорганизма, для которого не применимы стандартные методы молекулярной биологии.Кроме того, импорт биосинтетических генов в промышленного микробного хозяина может привести к метаболическим дисбалансам 103 . Используя совершенно другой подход, Ляо и его коллеги 104 обошли стандартные пути ферментации и обнаружили, что широкий набор 2-кетокислотных промежуточных продуктов биосинтеза аминокислот E. coli может быть синтетически шунтирован для достижения высокопродуктивного производства бутанола. и другие высшие спирты в две ферментативные стадии.

Действительно, усилия в области традиционной метаболической и генной инженерии дополняются использованием инженерных принципов для создания функциональных, предсказуемых и ненативных биологических путей de novo для контроля и улучшения производства микробов.В качестве показательной иллюстрации этого Кизлинг и его коллеги разработали микробное производство предшественников противомалярийного препарата артемизинина до промышленных уровней 105,106 (вставка 4). В настоящее время существует много таких примеров успешного применения синтетических подходов к построению пути биосинтеза — такие подходы использовались в микробном производстве топлива и химических веществ на основе жирных кислот (таких как жирные эфиры, жирные спирты и воски) 107 , топливо и химические вещества на основе метилгалогенида 108 , поликетидсинтазы, из которых получают лекарства для снижения уровня холестерина 109 , и поликетиды, полученные из мегаферментов, которые кодируются очень большими кластерами синтетических генов 110 .

Оптимизация потока пути . После того, как биосинтетические пути были сконструированы, необходимо согласовать уровни экспрессии всех компонентов для оптимизации метаболического потока и достижения высоких титров продуктов. Стандартный подход заключается в управлении экспрессией компонентов пути с помощью сильных и экзогенно настраиваемых промоторов, таких как промоторы P L tet, P L lac и P BAD из tet , lac и . ara оперонов E.coli соответственно. С этой целью в настоящее время в синтетической биологии предпринимаются усилия по созданию и описанию более пригодных для повторного использования элементов биологического контроля на основе промоторов для предсказуемой настройки уровней экспрессии 111,112 . В дополнение к этому синтетические биологи разработали ряд альтернативных методов достижения баланса биологических путей, начиная от перенастройки сетевого соединения и заканчивая тонкой настройкой отдельных компонентов. Более подробное обсуждение этих тем, включая тонкую настройку частей, применение подходов на основе моделей и разработку интероперабельных частей следующего поколения, представлено в другом месте 113 .Во вставке 5 и 6 мы подробно описываем несколько стратегий синтетической биологии, которые конкретно относятся к оптимизации потока метаболических путей. Эти стратегии варьируются от стратегий, основанных на эволюционных методах, до стратегий, основанных на рациональном дизайне и моделях in silico , до тех, которые сочетают оба подхода.

Программирование новых функций и материалов . Помимо облегчения метаболических задач, синтетические системы могут привносить новые функции в сконструированные организмы для производственных целей или для создания новых материалов.Ранние работы в этой области заложили основу для создания базовых цепей, которые могли воспринимать и обрабатывать сигналы, выполнять логические операции и активировать биологические реакции 114 . Соединение этих модулей вместе для обеспечения надежной функциональности более высокого порядка является одной из следующих основных целей синтетической биологии 113 , и важным приложением этой цели является наслоение «умных» механизмов контроля над метаболической инженерией. Например, схемы, предназначенные для определения среды биореактора и соответствующего сдвига метаболических фаз, еще больше улучшат производство биотоплива.В качестве альтернативы автономные схемы синхронизации могут использоваться для отключения метаболических процессов по истечении заданного периода времени. Биологические таймеры такого типа были разработаны с использованием генетических тумблеров, которые были преднамеренно приведены в несбалансированное состояние с помощью разработки промоторов, управляемых моделями 112 . Эти генетические таймеры использовались для программирования зависящей от времени флокуляции дрожжевых клеток, чтобы облегчить отделение клеток, например, от спирта, полученного в промышленных процессах брожения.

Синтетические системы контроля также могут использоваться для извлечения и очистки синтезированного продукта. Это особенно важно при производстве рекомбинантных белков, биопластиков и других крупных биоматериалов, которые могут накапливаться внутри клеток, вызывать образование телец включения и становиться токсичными для клеток, если они присутствуют в высоких титрах. Чтобы экспортировать рекомбинантные мономеры паучьего шелка, Widmaier et al . 115 искали систему секреции, которая обеспечивала бы эффективную и неизбирательную секрецию белков через обе бактериальные мембраны.Система секреции Salmonella типа III (T3SS) не только соответствует этим критериям, но также обладает естественной схемой регуляции, которая связывает экспрессию секретируемого белка с секреторной способностью клетки; в результате желаемый белок экспрессируется только тогда, когда построено достаточное количество секреторных комплексов. Чтобы получить превосходную скорость секреции рекомбинантного белка шелка, исследователям нужно было только разработать схему управления, которая связывает гетерологичные гены, продуцирующие белок шелка, с врожденным генетическим механизмом для восприятия окружающей среды и секреции.

Наконец, появилась новая отрасль синтетической биологии, которая занимается программированием скоординированного поведения популяций клеток, что может привести к созданию новых биоматериалов для различных применений. Инженерия синтетических многоклеточных систем обычно достигается с помощью межклеточной коммуникации и связанных с ней модулей обработки внутриклеточных сигналов, что было изящно использовано Хасти и его коллегами 23 для обеспечения синхронизированных колебаний в популяции бактериальных клеток.Вайс и его коллеги 24,31 также проделали новаторскую работу по созданию биомолекулярных архитектур обработки сигналов, которые могут фильтровать коммуникационные сигналы, исходящие от клеток-«отправителей». Эти системы, которые можно запрограммировать на формирование сложных многоклеточных паттернов из твердофазного клеточного газона, могут помочь в разработке каркасов без изготовления для тканевой инженерии.

Будущие вызовы и выводы

Будущее трансляционной синтетической биологии зависит от разработки надежных средств соединения небольших функциональных цепей для создания сетей более высокого порядка с предсказуемым поведением.В предыдущей статье 113 мы описали четыре исследовательские работы, направленные на улучшение и ускорение общего цикла проектирования и обеспечение более плавной интеграции биологических схем (вставка 7).

Помимо задачи улучшения цикла проектирования, прикладная синтетическая биология выиграла бы от того, чтобы еще раз обратиться к изначальному вдохновению биокомпьютеров. Возможность запрограммировать процесс принятия решений более высокого уровня в синтетические сети позволила бы создать более надежные и динамичные организмы, в том числе те, которые могут выполнять множество задач одновременно.Более того, поскольку адаптивное и прогнозирующее поведение естественно присутствует во всех организмах (включая микробы) 116,117 , синтетические обучающие сети, построенные из генетических и биологических частей 118,119 , наполнят искусственные организмы более сложной автоматизацией для биосенсорных и связанных с ними приложений.

Наконец, большая часть синтетической биологии в настоящее время практикуется на микробах. Однако многие из наиболее насущных проблем, и в частности проблемы со здоровьем человека, по своей сути связаны с системами млекопитающих.Таким образом, более согласованные усилия по развитию синтетической биологии млекопитающих будут иметь решающее значение для терапевтических решений следующего поколения, включая разработку синтетических генных сетей для генерации и дифференцировки стволовых клеток.

Решая такие задачи, мы будем ограничены не техническими особенностями построения или надежностью синтетических генных сетей, а только воображением исследователей и количеством социальных проблем и приложений, которые может решить синтетическая биология.

Коробка 1 | Ранние разработки в области синтетической биологии: переключатели и генераторы

Переключатели и генераторы, встречающиеся в электронных системах, также используются в биологии и используются в синтетических биологических системах.

Переключатели

В электронике одним из самых основных элементов для хранения памяти является защелка сброса-установки (RS), основанная на логических элементах НЕ-ИЛИ. Это устройство является бистабильным в том смысле, что оно имеет два устойчивых состояния, которые можно переключать при подаче определенных входных данных.После удаления входа схема сохраняет память о своем текущем состоянии на неопределенный срок. Эти формы памяти и переключения состояний выполняют важные функции в биологии, например, при дифференциации клеток из изначально недифференцированного состояния. Одним из средств, с помощью которых клеточные системы могут достичь бистабильности, является генетическая взаимная репрессия. Естественный генетический переключатель P R – P RM от бактериофага λ, который использует эту сетевую архитектуру для управления решением о лизисе-лизогении, состоит из двух промоторов, каждый из которых репрессируется генным продуктом другого (т. белки-репрессоры Cro и CI).Генетический тумблер 8 , созданный нашей исследовательской группой, является синтетической версией этой схемы регуляции ко-репрессированных генов. В одной из версий генетического переключателя промотор P L из фага λ использовался для управления транскрипцией lacI , продукт которого репрессирует второй промотор, Ptrc2 (вариант промотора lac ). Наоборот, Ptrc2 управляет экспрессией гена ( cI-ts ), кодирующего чувствительный к температуре (ts) белок-репрессор λ CI, который ингибирует промотор P L .Активность схемы отслеживают посредством экспрессии промотора GFP. Систему можно переключать в одну сторону экзогенным добавлением химического индуктора изопропил-β-D-тиогалактопиранозида (ИПТГ) или в другую сторону кратковременным повышением температуры. Важно отметить, что при удалении этих экзогенных сигналов система сохраняет свое текущее состояние, создавая клеточную форму памяти.

Осцилляторы

Механизмы синхронизации, как и память, лежат в основе многих электронных и биологических систем.Электронный хронометраж может быть достигнут с помощью базовых схем генератора, таких как LC-схема (катушка индуктивности L и конденсатор C), которые действуют как резонаторы для создания периодических электронных сигналов. Биологический хронометраж, широко распространенный среди живых организмов 120 , достигается с помощью циркадианных часов и подобных колебательных контуров, таких как тот, который отвечает за синхронизацию важнейших процессов фотосинтеза и фиксации азота у цианобактерий. Циркадные часы цианобактерий основаны, помимо других регуляторных механизмов, на переплетенных петлях положительной и отрицательной обратной связи на генах часов kaiA , kaiB и kaiC .Эловиц и Лейблер сконструировали синтетический генетический осциллятор, основанный не на часовых генах, а на стандартных репрессорах транскрипции (репрессиляторах) 9 . Здесь циклическая петля отрицательной обратной связи, состоящая из трех пар промотор-ген, в которой «первый» промотор в каскаде управляет экспрессией репрессора «второго» промотора и т. д., использовалась для управления колебательным выходом в экспрессии гена.

Коробка 2 | Синтетические биосенсоры: транскрипционные и трансляционные архитектуры и примеры

Биосенсоры состоят из двух основных модулей (см. рисунок): чувствительных элементов для распознавания и связывания аналитов и модулей преобразователя для передачи сигналов и сообщения о них.

Транскрипционный

Транскрипционные биосенсоры (детали и ) создаются путем соединения промоторов, реагирующих на окружающую среду, со сконструированными генными цепями для запрограммированных транскрипционных изменений. В показанном примере транскрипционные логические элементы И были разработаны для определения и сообщения только об одновременном присутствии двух сигналов окружающей среды (например, салицилата и арабинозы) 25 . На одном входе исследователи закодировали промотор, реагирующий на окружающую среду (например, P BAD ), который активирует транскрипцию гена РНК-полимеразы T7 в ответ на одиночный сигнал окружающей среды (например, арабинозу).Ген, однако, несет внутренне кодируемые янтарные стоп-кодоны (красные кружки с шипами), которые блокируют трансляцию его транскрипта. Активация входа вторых ворот является ключом к открытию перевода; в частности, трансляцию можно индуцировать, когда второй промотор (например, P sal ) активирует транскрипцию supD амбер-супрессорной тРНК в ответ на второй уникальный сигнал (например, салицилат). Другими словами, только при одновременном присутствии двух сигналов окружающей среды РНК-полимераза Т7 может точно экспрессироваться и использоваться для активации выходного промотора Т7.Это пример того, как сложная специфичность может быть запрограммирована в модуле преобразователя путем творческого связывания сенсорной информации нескольких чувствительных элементов. Кроме того, дизайн транскрипционно модульный, поскольку различные наборы промоторов, реагирующих на окружающую среду, могут быть связаны с воротами AND.

Трансляционное

Трансляционные биосенсоры (деталь b ) обычно создаются путем связывания аптамерных доменов РНК с регуляторными доменами РНК.Показанный пример представляет собой выключенный «антипереключатель». Здесь небольшая молекула теофиллина распознается и связывается аптамерной ножкой биосенсора РНК. Это вызывает конформационные изменения в молекуле, которые высвобождают антисмысловой домен из секвестрирующей стволовой петли и позволяют ему ингибировать трансляцию выходного репортера 11 .

Коробка 3 | Синтетические биосенсоры: посттрансляционная и гибридная архитектуры и примеры

Базовый биосенсор состоит из двух модулей (см. рисунок): чувствительный элемент распознает и связывает аналиты, тогда как модуль преобразователя передает сигналы и сообщает о них.

Посттрансляционный

Посттрансляционные биосенсоры (часть a ) состоят из связанных с мембраной белковых рецепторов, которые запускают каскады передачи сигнала через сигнальные белки, такие как регуляторы ответа двухкомпонентных систем. В показанном примере синтетический белковый каркас был сконструирован для физической локализации компонентов пути дрожжевой митоген-активируемой протеинкиназы (MAPK), который здесь запускается α-фактором спаривания 79 .Привлекая положительные и отрицательные модуляторы пути (±) к каркасу, систему можно настроить, чтобы обеспечить желаемые ответы на восходящие сигналы (например, ускоренные, отсроченные или сверхчувствительные ответы).

Гибрид

Гибридный пример (деталь b ) показывает синтетическую схему обнаружения генетических границ 82 . Чувствительным элементом является светотеневой сенсор Cph8, выполненный в виде химеры фоторецепторного домена фитохрома Cph2 цианобактерий и киназного домена Escherichia coli EnvZ.Этот синтетический датчик активирует сконструированную генную цепь, которая объединяет межклеточную связь (гены и промоторы оперона Lux) с логическим логическим элементом И (P lux-λ ) для отслеживания краев изображения. В частности, отсутствие света запускает активность киназы Cph8, которая, соответственно, активирует промотор ompC . Таким образом, клетки, не получающие свет, будут продуцировать молекулу межклеточной связи 3-оксогексаноил-гомосеринлактон (АГЛ; желтый кружок) посредством экспрессии своего биосинтетического фермента LuxI.Кроме того, эти клетки будут продуцировать репрессор транскрипции CI (серый овал). AHL связывается с конститутивно экспрессируемым фактором транскрипции LuxR (голубой овал), чтобы активировать экспрессию с промотора P lux-λ , который одновременно и доминантно репрессируется CI. В результате только клетки, которые получают свет (и, следовательно, не экспрессируют транскрипционный репрессор CI) и находятся рядом с темными клетками, продуцирующими AHL, будут активировать конечные ворота и продуцировать пигмент посредством активности β-галактозидазы (кодируется lacZ ).

Коробка 4 | Влияние синтетической биологии на терапевтический спектр

Открытие лекарства

Часть a на рисунке показана синтетическая генная цепь млекопитающих, которая позволила открыть лекарство для противотуберкулезных соединений 90 . Антибиотик этионамид становится цитотоксичным для Mycobacterium tuberculosis ферментом EthA в инфицированных клетках. Поскольку EthA естественным образом репрессируется EthR, резистентность к лечению этионамидом является обычным явлением.В генной цепи слияние EthR и трансактиватора VP16 млекопитающих связывает минимальный промотор (P min ) с сайтом синтетического оператора EthR и активирует экспрессию репортерного гена SEAP (щелочная фосфатаза, секретируемая плацентой человека). Эта платформа позволяет проводить быстрый скрининг ингибиторов EthR в клетках млекопитающих.

Лечение и родоразрешение

Часть b демонстрирует синтетический генетический переключатель млекопитающих для жесткого, настраиваемого и обратимого контроля желаемого гена в терапевтических целях или для доставки генов.В выключенной конфигурации (верхняя панель) экспрессия интересующего гена (зеленый) подавляется как на уровне транскрипции, так и на уровне трансляции. Конститутивно экспрессируемый репрессор LacI (красный) связывается с операторными сайтами lac в трансгенном модуле интересующего гена, тем самым подавляя его транскрипцию. Любая утечка транскрипции подавляется на уровне трансляции интерферирующей РНК (синяя), которая нацелена на 3′-UTR гена. Система включается (нижняя панель) добавлением изопропил-β-D-тиогалактопиранозида (IPTG), который связывает белки-репрессоры LacI и, следовательно, снимает обе формы репрессии.

Производство наркотиков и доступ к ним

Открытие наркотиков не всегда приносит пользу людям, которые больше всего в них нуждаются, потому что процессы производства лекарств могут быть сложными и дорогостоящими. Антибиотики промышленно производятся из микробов и грибков, поэтому широко распространены и дешевы. И наоборот, многие другие лекарства выделяются из хозяев, которые не так хорошо поддаются крупномасштабному производству и, следовательно, являются дорогостоящими и дефицитными.К таким препаратам относятся противомалярийный препарат артемизинин и противораковый препарат таксол. К счастью, глобальный доступ к лекарствам обеспечивается гибридными стратегиями синтетической биологии и метаболической инженерии для микробного производства редких натуральных продуктов. В случае артемизинина (часть c ) существует два пути биосинтеза для синтеза универсальных предшественников всех изопреноидов, большого и разнообразного семейства натуральных продуктов, членом которого является артемизинин. Нативный путь изопреноидов, обнаруженный в Escherichia coli (путь дезоксиксилулозо-5-фосфата (DXP)) было трудно оптимизировать, поэтому вместо этого исследователи синтетически сконструировали и протестировали весь Saccharomyces cerevisiae мевалонат-зависимый (MEV) путь в . Э.coli по частям (например, путем разделения «верхнего» и «нижнего» оперонов). Первоначально исследователи использовали E. coli в качестве простой ортогональной платформы-хозяина для создания, отладки и оптимизации большого метаболического пути 105 . Затем они связали оптимизированный гетерологичный путь с оптимизированной по кодонам формой растительной терпенсинтазы ADS , чтобы направить метаболическую продукцию на специфический терпеновый предшественник артемизинина. Эта работа позволила им создать полноценное оптимизированное решение, которое в конечном итоге можно было без проблем развернуть обратно в S.cerevisiae для рентабельного синтеза и очистки промышленных количеств непосредственного предшественника лекарственного средства артемизинина 106 . FPP, фарнезилпирофосфат.

Коробка 5 | Управление метаболическим потоком: эволюционные стратегии и рациональный дизайн

Эволюционные стратегии

При производстве предшественников артемизинина нативный изопреноидный путь Escherichia coli (дезоксиксилулозо-5-фосфатный (DXP) путь) был исключен в пользу гетерологичного пути, чтобы обойти сложный регулирующий контроль, налагаемый хозяином (вставка 4).В альтернативном методе снятия регулирующего контроля над большим количеством компонентов пути DXP Wang et al . 121 диверсифицировали и, как следствие, оптимизировали путь биосинтеза нативного DXP в E. coli (см. рисунок, часть a ). Исследователи разработали быстрый автоматизированный метод для направленной эволюции путей in vivo , который они назвали мультиплексной автоматизированной инженерией генома (MAGE). Затем они применили его для развития эффективности трансляции компонентов пути DXP для достижения максимального производства ликопина.В частности, клетки подвергали циклам генетических модификаций (путем олиго-опосредованной аллельной замены) в автоматическом режиме для изучения достаточного геномного разнообразия для оптимизации путей биосинтеза в лабораторных временных масштабах.

Рациональный дизайн

На другом конце спектра находятся стратегии, основанные на количественных моделях и чертежах для рационального проектирования оптимизированных сетей и путей (часть b ).Как правило, интересующий компонент (например, сконструированный промотор (P*) или последовательность сайта связывания рибосомы (RBS*)) будет встроен в простую тестовую сеть. Затем сеть и ее данные ввода-вывода будут переданы в модель, которая пытается определить набор параметров, оптимально описывающий динамику компонента в рамках модели. Наконец, оптимизированный набор параметров будет использоваться для разработки новых сетей и компонентов. Например, были разработаны стохастические биохимические модели для фиксации динамики экспрессии синтетически сконструированных промоторов; эти модели впоследствии использовались для предсказания правильного in vivo поведения различных и более сложных генных сетей, построенных из смоделированных компонентов 122,123 .Сходным образом, на уровне трансляции, термодинамические модели, которые предсказывают относительную скорость инициации трансляции белков, могут быть использованы для рационального конструирования синтетических последовательностей RBS для получения желаемых уровней экспрессии , 124, . Такие методы используют смоделированные генетические параметры (транскрипционные или трансляционные) для прогнозирования уровня экспрессии белков и ферментов в сети. DMAPP, диметилаллилдифосфат; FPP, фарнезилдифосфат; G3P, глицеральдегид-3-фосфат; ИПП, изопентенилдифосфат.

Коробка 6 | Управление метаболическим потоком: гибридные подходы

В гибридном рационально-комбинаторном подходе Dueber et al . 125 предположили, что метаболический поток можно контролировать путем пространственного рекрутирования ферментов желаемого пути биосинтеза с использованием синтетических белковых каркасов. Чтобы сконструировать каркас фермента, исследователи привязали домены межбелкового взаимодействия (например, домены GBD, Sh4 и PDZ) к сигнальным белкам многоклеточных животных. Эти домены распознают и связывают родственные пептиды, которые были слиты с рекрутируемыми ферментами (ацетоацетил-КоА-тиолаза (AtoB) из Escherichia coli и HMG-CoA (HMBS) синтаза и HMG-CoA-редуктаза (HMGR) из Saccharomyces cerevisiae ). ).Изменяя количество повторов домена взаимодействия, исследователи могли дополнительно контролировать стехиометрию ферментов, рекрутируемых в комплекс. Используя гетерологичный мевалонат-зависимый (MEV) путь в E. coli в качестве модели, они комбинаторно (хотя и в значительно меньшем масштабе) оптимизировали стехиометрию трех ферментов, ответственных за производство мевалоната из ацетил-КоА. Наконец, они показали, что оптимизированный синтетический каркас может существенно увеличить титр продукта при одновременном снижении метаболической нагрузки на хозяина; иными словами, их высокие титры продуктов не требовали сверхэкспрессии биосинтетических ферментов в клетке.

Коробка 7 | Рекомендации по совершенствованию цикла проектирования синтетической биологии

  • Масштабирование до более крупных и сложных биологических систем при одновременном минимизации взаимодействия между частями потребует расширенного набора инструментов для синтетической биологии и, в частности, библиотек совместимых частей. Эукариотические системы являются благодатной почвой для открытия таких частей, поскольку многие устройства синтетической биологии основаны на небольшом наборе регуляторных элементов бактерий и архей.

  • Особое внимание следует уделить моделированию и тонкой настройке синтетических сетей, особенно по мере увеличения размера и сложности сети. Это облегчит правильное согласование поведения ввода-вывода (т. е. передаточных функций) при подключении отдельных модулей.

  • Существует необходимость в разработке новых зондов и высокопроизводительных методов для in vivo измерения динамики цепи для быстрой характеристики частей и отладки сетей.

  • Платформы для тестирования сотовой связи должны быть разработаны, чтобы ускорить процесс выявления проблемных сетевых узлов и облегчить подверженные сбоям скачки, связанные либо с построением более сложной сети, либо с развертыванием сети в более сложном организме.

Post A Comment

Ваш адрес email не будет опубликован.